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tq-liu

金虫 (著名写手)

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[交流] 【求助】modeller同源建模结果选择

我利用modeller同源建模，得到了5个结构模型，想请教一下大家，哪个结构更好，还有就是用procheck检验后，是不是还得能量最小化，都用什么软件啊？非常感谢！

>> Summary of successfully produced models:
Filename                         molpdf    DOPE score GA341 score
----------------------------------------------------------------------
RhaR.B99990001.pdb          2885.53247 -59417.89063       1.00000
RhaR.B99990002.pdb          2908.28467 -59401.68750       1.00000
RhaR.B99990003.pdb          2893.82813 -59618.50000       1.00000
RhaR.B99990004.pdb          2853.86499 -59416.85938       1.00000
RhaR.B99990005.pdb          2910.96411 -59788.21875       1.00000

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1楼 2011-01-07 18:13:26

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green-tea

金虫 (小有名气)

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★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖

引用回帖:

70134楼: Originally posted by tq-liu at 2011-01-07 18:13:26
我利用modeller同源建模，得到了5个结构模型，想请教一下大家，哪个结构更好，还有就是用procheck检验后，是不是还得能量最小化，都用什么软件啊？非常感谢！

>> Summary of successfully produced models ...

您好，想请教您一个问题。我用modeller建模，按照那个说明书，先关注意的地方我也注意到了，什么路径不要中文，蛋白序列大写什么的都弄好了，但是每次一点建模的时候就出现query,B99990001.pdb'不是内部或外部命令，也不是可运行的程序或批处理文件。这个怎么回事啊？你是怎么弄出来的啊？谢谢楼主

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9楼2012-09-02 18:31:50

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zh1987hs

金虫 (著名写手)

★ ★ ★
ghcacj(金币+3):谢谢 2011-01-08 14:36:53
tq-liu(金币+1): 2011-01-08 22:17:36
tq-liu(金币+1): 2011-01-10 16:33:47

[quote]Originally posted by tq-liu at 2011-01-07 18:13:26:
我利用modeller同源建模，得到了5个结构模型，想请教一下大家，哪个结构更好，还有就是用procheck检验后，是不是还得能量最小化，都用什么软件啊？非常感谢！

没有任何一种评分标准时完全可靠的，不过有一些经验上的规则，一个好的模型GA341会接近1，越大越好，DOPE和MOLPDF越小越好，如果GA341小于0.6都是不好的模型。
能量最小化可以尝试分子动力学软件，比如GROMACS,NAMD等等

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2楼2011-01-08 09:23:00

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