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vmd中如何根据dump文件计算的数字(CNA)为原子指定颜色?

北风吹啊
vmd中如何根据dump文件计算的数字为原子指定颜色?其实我是用lammps计算了CNA,可以看出每个原子分别处在什么什么晶体结构中(局部的晶体结构)。cna为1,表示fcc,2为hcp等等。dump文件有idtypexyzc_cna。希望根据cna对原子进行...
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MS用NVT系综进行分子动力学模拟时,状态点在气液共存相的位置,结果文件中压力为负?

jiaozihao
大家好!我用MSforcite做水的分子动力学模拟。采用NVT系综,设置体系温度为124℃,密度是0.32g/cm3。体系此时处于气液共存态的状态。最后的结果文件中压力为负代表什么呢?是MS无法统计这种两相物质的压力吗?QQ图片20181028160922.p...
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Amorphous cell模块的construct task构建的水盒子能量为什么是波动的?

Rodney刘
请问大家,我用MS的Amorphouscell模块的constructtask构建water盒子的时候,得到的数据中,运算结果的能量如下图,是一个波动的能量结果,请问这是什么原因啊?是需要改变什么参数计算还是需要注意哪部分参数的设计啊?烦请大神指教,谢谢!微信...
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求助激光加热铜的模拟in文件,或双温度方程的in文件,

WesleyBirdy
本人最近在做激光加工的项目,刚接触lammps。希望能get到这个激光加工的in文件,有重谢。加我微信:zjg228338448或101232736QQ
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初学lammps不会运行

云沌尽散
有没有好心人告诉我那里弄错了?
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请问哪位大神会算丙烯丙烷分子的长宽高???急求

473766259
请问一下如何用MS计算丙烯丙烷分子的尺寸,我指的是长宽高不是动力学直径。我用MS构象优化之后得到的分子结构,但后面的长宽高怎么测不太知道。非常着急请大神帮帮忙,谢谢!图片是我优化后的丙烯丙烷结构。请指点操作方法。丙烯丙烷
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想问一下这个分子模拟图是怎么得到的,用什么软件?可否给个安装包and教程

邵明月
想问一下这个分子模拟图是怎么得到的,用什么软件?可否给个安装包and教程,感激不尽1.PNG2.PNG3.PNG
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请问分子模拟中这种相图是怎么画的呀?

喵小姐的咪
求助大家这个可以用origin来画吗?
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泰森多边形邻近分析方法

那些流年
我最近用Arcgis做出了泰森多边形,但不知道怎么分析多边形的边数,有没有大神推荐一下方法或软件?6-200_爱奇艺.png
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lammps输入格式求助

cwllxy
各位老师,之前从没有接触过代码,求教一个问题我用ms建模后,通过vesta转换成了vasp格式,然后用脚本转换为lammps格式,可是这个脚本我没有权限放在系统bin目录下,需要改脚本的代码,我改了,变成绿色了,请问为什么还是commandnotfound呢?...
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南科大王阳刚副教授课题组招聘博后及研究助理

wotaoqi
南方科技大学化学系王阳刚副教授领导的理论与计算催化研究组,主要从事催化化学的理论研究,在应用第一性原理理论计算、从头算分子动力学模拟、化学微观动力学分析、平衡态/非平衡态统计力学、分子光谱模拟以及大数据机器学习等当代先进的理论物理/化学方法,对与能源、环境相关...
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sdf文件中有很多重复的结构,怎么去除

tetralone
如题:sdf文件中有很多重复的分子结构,怎么去除重复结构;需要什么软件,最好简单介绍一下;
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ms扩展某一方向求助

njx
元胞建好以后。如何保持元胞里的原子不动而将元胞某一方向进行拓展呢?求各位高手指点
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lammps 有用反应力场的吗

tangjikede
反应力场需要分子结构的电荷信息,charge,怎样得到分子结构中每个原子的电荷信息呢。谢谢!
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分子动力学模拟

hj独步书下
请教一下,分子动力学模拟用什么软件呀,MS可以吗
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小白求助lammps运行

苏堤牧
linux下运行lammps需要把哪几个文件放在同一个文件夹?运行命令是什么?在网上找到很多方法试过了都没有用。
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lammps运行出错 Illegal fix nvt/npt/nph command

木梓华
各位大佬,lammps运行出现这种情况是怎么回事fix1allnpttemp0.010.011.00xyz0.00.01.0drag0.2ERROR:Illegalfixnvt/npt/nphcommand(../fix_nh.cpp:365)Lastcomm...
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WCA势函数 模拟扩散

XMLeong
刚开始用LAMMPS,想模拟tip4p水分子和颗粒的相互作用,看很多文献里面用到了这样一个修正过的WCA势函数,,形式和LJ势很接近,但在手册里查不到,不知道能在哪里找到然后用。%第一次发帖QQ截图20181105153231.png
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寡核苷酸(共22个碱基)的三维结构该怎么得到?

-.-李苏
我要做寡核苷酸与金属离子的分子对接,可是第一步怎么得到三维结构都已经把我卡住了,求助各位大神
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仅仅用分子动力学如何算声子谱?

qytang326
求助!今天和老板讨论,老板突然问,如何仅仅利用分子动力学去计算声子谱?望各位大神集思广益,给个思路,如何去计算?老板给了个提示,说没有K点,K点隐藏在超胞中;用统计力学,用MD去模拟,该如何去做,给个思路?
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咨询生物大分子动力学模拟上博

五绝神鹰
求助:我想上博士,关于生物大分子动力学模拟方向的,这个方向好出文章吗?博士好毕业吗?申请考核制不要求6级的学校求推荐?谢谢
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lammps中势函数用的哪个公式

千千结love
请问大家如何找到lammps里面势函数用的哪个公式的~能大体说一下在手册哪个部分吗~小白主要是想找一下sw势函数用的哪个公式求助~
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请问autodock如何做蛋白与蛋白的对接?

Konekone
我要做酶和抑制剂的对接,请问用autodock可以做吗?我会用autodock做蛋白与小分子对接,但是大分子与大分子不会做,有大神可以教一下吗?万分感谢。
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lammps可以做化学反应吗?

tavyk1
lammps可以做化学反应吗
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使用MS模拟吸附质在聚合物里面的扩散系数

小强同学11
本人最近在用MS计算扩散系数,得到如下图。因为我之前做过一个类似的,上一次做的纵坐标最多也才5,6,也就是说这次这个结果算出来的扩散系数是上次的10倍以上,这是很明显不符合实际结果的,请问是什么原因造成的吗??求指点
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水合物分子动力学模拟in文件

swannnn
lammps模拟学习新手,如果可以的话希望大家可以分享一个水合物的分子动力学模拟in文件给我噢。谢谢各位啦
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LAMMPS如何建圆柱模型?

baochengY
我想建一个如图1所示的圆柱镁单晶纳米线模型,用的命令是:unitsmetalboundarysspatom_styleatomicregionmyboxcylinderz0015050latticehcp3.209create_box1myboxcreate_...
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多糖三螺旋结构模拟

吴修聪
小弟新手一枚,就是我查到一些软件可以做多糖构象的模拟,GROMOS,MaterialsExplorer,DS,HyperChem,Amber,Gromacs可以模拟出多糖的构象来,力场也有多种选择,Amber,Gromacs,CHARMm22,OPLS,MM3...
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