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ovito cna和csp

ien883958
ovito上cna和csp如何操作的有人知道吗?(很详细的那种,最好有例子),急求~~~
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求助分子模拟大神

刘晓锋cry
想知道如图中结构怎么画
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autodock批量对接,虚拟筛选

时空心物
使用autodock进行对接,每完成一个化合物比较耗时,想请教过来人指点一下用pyrx批量操作,pyrx要装在什么路径呢?有没有相关操作教程可以得到对接结果。谢谢
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电脑刚安装薛定谔软件,但是在准备配体或者受体的时候就错误,不知道什么原因?

feg007
电脑刚安装薛定谔软件,但是在准备配体或者受体的时候就错误,不知道什么原因?如图:微信图片_20200211145002.png
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求CCDC GOLD SUITE V5.3

benben_2016
求CCDC GOLD SUITE V5.3
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求助:ms中的FORCITE模块施加应变后怎么得应力?

dmpbyidong
求助:ms中的FORCITE模块施加应变后怎么得应力?
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MS建模后用msi2lmps转化成的data文件里出现了很多质量为零的粒子

xt_chen
我的体系是只有CHO的多个有机大分子,用msi2lmps转化导出data文件之后出现了十几种原子,一看发现除了CHO的其他那些奇奇怪怪的原子质量都是零,不知道是哪里出错了。然后尝试跑一下能量最小化,in文件刚读到readdata就报错“invalidmassv...
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lammps命令中bond_coeff 中的系数是怎么确定呢

关关雎鸠113
如计算水分子时的命令bond_styleharmonicbond_coeff110000.9572angle_styleharmonicangle_coeff13000104.52中的3000和1000怎么确定的呢,他们代表什么值?谢谢各位大佬
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分子动力学MS模拟

风尽二十一
有没有大神推荐几篇分子动力学模拟的文献,最好用MS软件的,步骤较清晰的那种,或者推荐下MS相关的分子动力学视频(淘宝或其他)等
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MS二氧化硅改性模型构建

ngulcy
在做改性二氧化硅表面时遇到问题,切开面后,然后构建超胞,我在想怎么在二氧化硅表面构建其他官能团
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寻求指导lammps(有偿),沈阳地区优先

yin2122926
刚入手学习lammps,有没有大神指导下
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MS如何计算各种模量

甜甜甜面酱?
我看到一篇文章可以计算bulkmodulusyoungsmodulusshearmodulus和poissonratio但是不知道具体怎么操作求助各位大佬
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ERROR: Numeric index is out of bounds

关关雎鸠113
我建了8000个水分子模型,弛豫时出现错误ERROR:Numericindexisoutofbounds(../angle_harmonic.cpp:174)Lastcommand:angle_coeff155104.52我修改了angle_coeff的系数,...
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服务器小白问题 请问一千个原子体系用下面这个服务器 配置足够吗

xt_chen
内存2g是不是太小了啊我看有的前辈服务器都是8核8g的人家体系可能还没我大……服务器计算也受内存影响吗,请各位前辈推荐一下适合的配置,非常感谢
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模拟结果中的能量问题

心酉所属
非键相互作用的能量为啥都是负数?还请大佬指点图片1.png
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薛定谔虚拟筛选

ykd321
也没有大神用薛定谔做过虚拟筛选这一块,化合物库从哪里来,怎么导入,谢谢
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关于MS导出的DATA文件的一些问题

G20198162
我把MS中的模型导出来,生成DATA文件,他说有些数据没有,这怎么办啊?XK40K$6]7DB`0A_F]ZMPUTK.png
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Rotational time correlation function selection操作求助

lzq_buct
能问一下各位大佬,有偿学习!有偿学习!forcie里面关于rotationaltimecorrelationfunctionselection,这个怎么进行操作呀
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请各位看看,动力学升温和平衡过程,结果可以吗??

rppyy
做动力学,升温过程跑了18ps,平衡过程跑了20ps,请教各位老师,这结果可行吗?如果不可以,升温和平衡要跑到什么标准才算可以呢???平衡平衡温度变化升温体系能量变化升温过程
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discovery studio

gy19890111
DS软件有免费的吗?求助,必有重谢!
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多个势函数命令

一把天堂伞
有个基础的势函数命令问题请教各位,看了官网又百度了一通还是没搞懂哪里错了我想用多个势函数描述不同组元素之间的相互作用,但是一直报错望前辈指导谢谢各位范例:pair_styleeam/alloypair_coeff11Fe.eam.alloyFepair_coe...
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关于gromacs中itp文件的位置限制问题

wy11223
各位老师好,我在做网上那个溶菌酶的练习,请问是否是在第一步pdb2gmx同时生成的itp文件中查看或者修改蛋白质的位置限制信息?如果我把posted.itp文件清空后面的NVT计算就不再对蛋白质进行位置限制了?网上查了很多但感觉都是片段性的信息,我总结了一下得...
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请问在NAMD中如何计算溶液的粘度?

southeastBIG
请问在NAMD中如何计算溶液的粘度?
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ReaxFF 力场文件怎么混合使用,

zhanshou14
请问各位老师同学,ReaxFF没有含有所需全部元素的力场文件,但是找到了两个力场文件,怎么可以把它们两个混合使用,比如我需要用CHONSiCuCo,现有第一个力场文件CHONSiCu,另一个是Co
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MS基体硬度模拟

哒哒哒突突突
各位好,我想请问一下ms怎么做硬度模拟?用脚本吗?
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零基础学习分子动力学模拟求赐教

会飞的野猪兄
各位老师好,我是在读博士,目前的研究课题可能需要用到分子动力学模拟,但是我零基础又要考虑时间成本,想请问各位大神这个软件上手入门大概需要多少时间?
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有没有人知道在mac系统下使用lammps的方法

牙佩琪
具体安装完以后要如何操作,有人知道吗
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MS卸载不完全,无法重新安装,如何解决?

KASSYREO
求大神帮忙看看,用卸载软件也卸载不掉
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