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Lammps建模求教!!!

hagns
请问lammps的模型各位大神都是怎么建立的?有什么别的好用的软件吗小白求推荐,想学习做界面模拟!
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请问gromacs怎么选取完整的分子?

gentleman_on
请问gmxselect怎么选择完整的分子,比如我要选择z>2andz<3。resnamesolandz>2andz<3。但是我检查了ndx文件,发现选的是原子,不是完整的分子。
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ERROR: Bonds defined but no bond types (../read_data.cpp:1121)

l532982747
今天做模拟的时候出现了ERROR:Bondsdefinedbutnobondtypes(../read_data.cpp:1121),手册上说是data文件中,文件头列出了bond但是没有bond类型。可是我在in文件里已经给出了bondstyle,这是怎么回...
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MS8.0 material studio8.0 软件下载及必备入门教程大集合

qq420701920
本人学习MS软件,找资料找的心累,终于集齐了,且证明可用软件下载链接:https://pan.baidu.com/s/12nchiDrVtxxLkaCnvYiRIg密码:wx8q
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GROMACS中使用MARTINI力场进行粗粒化之后,氨基酸数量为什么会减少?

shaxiu
大神们好!我在GROMACS中使用MARTINI力场对蛋白质进行粗粒化,但是粗粒化之后的氨基酸数量会减少,请问这是为什么呢?大家有没有遇到过类似的情况呢?怎么解决的呢?比如:HSA.pdb中含有585个氨基酸,但是粗粒化之后只有578个氨基酸了。
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Materials studio 对分子筛中模板剂进行模拟,共同讨论

艾吴江
感觉现在分子筛合成你没有分子模拟,理论计算,你都不好意思拿给编辑看哎如题,以Corma大牛的“Abinitio”synthesisofzeolitesforpreestablishedcatalyticreactions为例,使用公式Eint=E(TSM-ZE...
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MS forcite模块 分子RDF分析

乐天派的秘密
MS中forcite模块中跑完动力学之后,我想分析分子之间的径向分布函数,请教一下大家,set应该怎么设?
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计算热导率的时候,为什么体系温度一直特别高?

举重若轻I
各位大侠,请问一下我在计算二氧化铪hfo2热导率的时候,采用的常热流密度法,为什么最后统计的温度特别高,吓死人。以下是In文件,请各位大侠指点迷津。图片横坐标沿厚度方向取的点,纵坐标是温度。为什么会那么高?unitsmetalboundarypppdimens...
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如何用region plane 建成如下图的样子,三个坐标的矢量是什么?

huang998
如何用regionplane建成如下图的样子,三个坐标的矢量是什么?无标题.png
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pair_coeff命令的含义

小萌新在这里
看了manual只知道IJ是什么意思,args是什么意思?如果我用的epsilon是0.0104eV,sigma为0.3400nm,这个pair_coeff命令是不是就是pair_coeff**0.34000.01042.5??
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我想问一下ICSD软件的文件里的X Y Z坐标问题

一点一滴去做11
data_40107-ICSD#?2009byFachinformationszentrumKarlsruhe,andtheU.S.Secretaryof#CommerceonbehalfoftheUnitedStates.Allrightsreserved....
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想做一些3d-qsar建模 和分子对接 需要助服务器吗

cewinhot
如题量都不大实验室没有服务器不知道需不需要租用服务器还是个人电脑就够用
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考虑周期性边界条件怎么计算键角分布

想发TOP
大家好,我是做熔盐分子动力学模拟的,用的是Forcite模块,现在在探索怎么根据最终得到的轨迹文件里的原子坐标计算键角分布,但是我如果要考虑周期性边界条件的话,不知道怎么去编程计算,如果考虑周期性边界条件,需要注意哪些吗,对周期性边界条件一直是一知半解,希望有...
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MS中的显示问题

乐天派的秘密
如题,MS中的几种显示方式有什么不同呢?original、in-cell、default。是不是选哪个都行,还是说特定情况下选的不一样?或者说,对于自己的模拟,从头到尾选择一样的?我知道显示对最后的分析没有影响,但是想看一下不同时刻体系中分子的状态。求大神指导...
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MS,请问谁遇到过dynamics优化后化学键变得贼长??

lgs666
MS优化后c=s键变得如图中那么长,是优化错了吗?怎么修改?有没有影响?1.PNG
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如果几个点的拟合系数是0.99,这说明什么

第三个
比如说拟合成直线的斜率是10,拟合系数是0.99,就说明斜率在9.9到10.1之间吗
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研究一个蛋白,请问从PDB数据库中能得到此蛋白抗原决定簇的信息么?

齐国小药童
研究一个蛋白,请问从PDB数据库中能得到此蛋白抗原决定簇的信息么?如果本不能,该用什么方法得知此蛋白的抗原决定簇呢?求教,谢谢!
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MS中用reaxff力场模拟大分子热解

楼顶的露珠
想请教下,在大分子在热解之后会产生很多小分子产物,但该怎样查看这些产物的数量呢?就像这种图。谢谢啦!
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关于lammps势函数的查找

hagns
请问各位大神势函数都是怎么得到的,作为小白的我只有以下途径:1、lammps自带势函数2、'www.ctcms.nist.gov/potentials'3、'http://xmd.sourceforge.net/eam.html'敬请补充。
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BKS势函数的问题

举重若轻I
各位大侠,我想建一个BKS势函数,但是看手册有点迷糊,我想问一下pair_stylebuck/coul/long语句是指qiqj/rij这一项,还是三项全部都包括了?下面这两种写法又有什么区别呢?请各位大侠指点迷津。pair_stylehybridbuck10...
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氧化石墨烯建模

任性张
想请问一下MS分子模拟怎么在石墨烯上添加含氧官能团成为氧化石墨烯?求大神帮忙,本人刚刚接触MS,菜鸟一枚。1531103662(1).jpg
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forcite和discover

20162944
各位虫友,请问之前版本的discover中的setup,用现在的forcite里面什么来代替呢?QQ图片20180709165225.png
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Sorption, adsorption 与Kinetix模块版权

cskwxy
大家好,小课题组买不起MS的板块,用MS上述三个板块写了一篇sci论文,求购买了上述三个模块的课题组合作,可挂二区sci第三作,如大家谈得来可长期合作。可以私信我,谢谢~
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LAMMPS中如何将restart文件转化为data文件

我如果爱你
如标题,请前辈们不吝赐教,菜鸟新手一个,详细点最好了,感恩!!!!
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初识lammps 却虐我千百遍

shmilyzq
也不需要你多大神,就想知道你们怎么学的,求经验。问学长,学长说你自己去百度吧,你自己看command自己看埃我……找个伴互相交流互相鼓励吧我我我还是本科……望各位别嫌弃我昂
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模拟飞片和靶的的对撞问题

andw0wfm
我想模拟一个对撞的拉伸破坏过程,但是对撞后压强和温度一直上不去,两个Velocity感觉只有一个起了作用(把两个Velocity命令换下行,效果居然差很多),In文件贴在2楼,麻烦大神帮忙看下。我知道Velocity是赋予初始速度,那这种过程需要SETFORC...
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求助分子动力学模拟

wh-joseph
有偿求助一个小分子和蛋白质的分子动力学模拟,会用GROMACS。有意愿请站内留下联系方式。
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gromacs还有amber的一些资料,可以看下

蛋白质111
可以看下文件,特别是对于新手来讲,一些具体内容可以加我好友qq790625730
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求助sybyl-x2.1.1

左右左岸
各位大神,哪位有sybyl_x2.1.1软件啊,能否共享一下,感激不尽埃在此谢过!!!
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gromacs-amber-lammps分子动力学下相关培训资料

蛋白质111
关于举办“分子动力学模拟技术与应用”培训班的通知GROMACS分子动力学模拟技术与应用第一天上午GROMACS基础GROMACS下午入门操作的Linux基础命令?实例操作:编译安装GROMACS?实例操作:GROMACS基本建模工具使用第二天上午GROMACS...
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