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ms8.0关于forcite几何优化和指定特定分子

心慌方
小弟最近在做沥青和集料的界面系统,现在已经通过Amorphouscell构建了含12组分的沥青盒子(已经进行过forcite几何优化),对所选取的离子晶体也切割了(001)面并构建了真空层厚度为0A的表面模型(已进行过forcite几何优化),通过buildl...
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求助,MS计算油水界面张力

18018590138
构建了一个水-油-水的盒子,然后想计算油层和水层的界面张力。文献里说可以提取xx,yy,zz方向的压力。但是没有找到。想请教一下,如何知道空间某一位置几个方向的压力分量。
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富勒烯结构模型的搭建

cui751x
PC61BM富勒烯结构模型的搭建,大神指点一下
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MS中的分子动力学快照

甜甜甜面酱?
最近看文献发现有说分子动力学快照的但是我不知道上哪里找有没有大佬知道呀
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用MS做粗粒度模拟

甜甜甜面酱?
有没有大佬用MS做粗粒度模拟的吖新手菜鸟想蹲蹲看有没有教程
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多晶铜单拉,怎么拉都不失效,问题在哪

lxt112358
图1是初始模型图2是工程应变等于0.62时的变形图为什么还没有裂纹萌生,再拉伸也还是没有,不知道问题在哪1.png2.png
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蛋白质的map file怎么得到呢?

leileisjtu
我在学习pymol中提示载入2fofc.map.xplor的mapfile,请问这个是在蛋白质数据库中找到的吗?我没看到啊
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MS中取向相关函数的分析

程龙133
本人在用MS分析取向相关函数时,距离监测完之后(见附件),开始分析,结果是一条直线,是不是set没填的原因,set如何设置,请大神们指点一下。微信图片_20190829104020.png微信图片_20190829104458.png
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Fullfun软件的下载

cui751x
本意是画富勒烯类类结构,用fullfun,网站上说的是开源软件,但是,注册时邮件总是收不到,无法设置密码进入下载页面,有人知道这个该怎么解决吗?
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MS怎么画聚合物链的结构图

龙立轩
看文献中有聚合物链的3D结构模型,如图1和2,其中图2分子链更密集,分子结构为:但是为什么我用MS画出的结构为什么是直线状的?我做了forcite的几何优化,但怎么画他这样的图?是怎么模拟的3.png
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弱弱的问一句, 激光烧蚀分子动力学模拟如何施加激光能量命令?

红衣宋宋
最近在做激光烧蚀陶瓷材料的分子动力学模拟,用的软件是lammps,不知道该如何施加激光能量命令。有哪位大神是做这方面的,介绍一下经验吧。
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请求熟悉lammps同学的帮助

leileisjtu
我按照模板写了一个lammps脚本文件,但是却没有运行成功,提示如下图所示,需要大侠相助帮我看看文件需要怎么修改,感激不尽,在上海的可以请客吃饭的qq图片20190831...
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分子动力学怎么模拟要经历几个小时才会发生的过程?

vallen
某一份溶液在200度下加热10个小时后,会出现分子聚集,而加热时间不够则不会出现,这种情况应该怎么模拟啊?分子动力学只能最多只能模拟到微秒级别,这种几个小时才会发生的过程应该怎么模拟?请高人指教
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请教势函数的书写哪出错了?

huanghehua
之前有一个写法正确但准确性并不好的势函数,其余不动只替换成下图中的势函数之后报错,应该是势函数的写法上出了问题,希望可以得到老师们的指导in.png报错.png势参数.png势函数.png
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分子动力学模拟软件求助

蛋蛋酥~
我想学一种分子动力学模拟软件,但是不知道哪种更好,希望可以听听大家的意见
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想请教下关于分子拓扑,软件类似于Autodock surflex那个好用些?

奋斗的西瓜
想请教下关于分子拓扑,软件类似于Autodocksurflex那个好用些?
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material studio 卡顿问题

风景不梦
MS选择原子时一按住Ctrl就把软件卡死的情况,用的笔记本重启软件重启电脑都不行,电脑win10系统,试过MS7.0/8.0/2016/2018版本都不行,请问有没有前辈遇到过这种情况,万望解惑
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求助,请教粗粒化模型

18018590138
看到文献中粗粒化模型是这样处理。想问一下,两个N4珠子为什么要连起来,不应该是这两个珠子分别连在A6上么?
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对xtd文件进行分子动力学模拟还是取出最后一帧?

一y念n执着
我先进行npt分子动力学,之后应该对npt.的xtd文件进行分子动力学模拟还是取出npt的最后一帧再进行模拟?两者差别大吗?我的npt是500ps,nvt是1000ps
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求助各位大佬,拜托了

awuli张
fixgcmc命令运行出现EERORfixgameputtheatomoutsidebox请问大家这是为什么
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lammps有啥详细教程吗?

humoumou
各位专业大佬,我刚上研究生,要学lammps。看不懂啊,这个东西有没有详细的教程啊?
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关于Amber分子动力学的问题

嘎嘎薇薇
请问在跑分子动力学之前的,优化,升温,密度,平衡四个步骤中,在升温和密度两个阶段对蛋白约束错了,写成了restraintmask=1-5。相当于没对蛋白约束,会对后面的mmpbsa计算产生很大影响吗??整个分子动力学已经跑完了,蛋白和配体的相互作用也分析了,就...
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autodock运行错误

laozuzunzhe
运行autodock出现错误提示,是哪里出了问题了??一直找不到原因,急求大神微信图片_20190916093401.png微信图片_20190916093409.png微信图片_20190916093418.png
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lammps用Green-Kubo方法计算液Ar的热导率

18821677827
这是我的in文件,算出来的值太小了,10的负11次方,我也不知道哪里错了,就是按照example里面的例子来的,希望各位了老师帮我看一下:#Green-Kubo方法计算热导率echoscreenunitsreal#能量=Kcal/mole#时间=fs#长度=A...
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如何用lammps计算水滴的密度?

lukai_1996
想计算一下nvt系综中某一温度下水液滴的密度,在in文件中要采用哪个命令?
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提供法国研究所原子模拟博士和博士后职位。欢迎发邮件申请

跑马君
我是一名博士交换生,现在在法国鲁昂大学的GPM(Groupofphysicalmaterial)研究中心,该中心在法国科研机构中比较有威望。实验表针和原子模拟计算分别有团队在带,两个团队合作非常紧密。实验表针以三维原子探针为主,该中心三维原子探针实验对实验人员...
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请问大家,lammps里这个error怎么解决?

yearsmile
error:virialwasnottalliedonneededtimestep手册里说,youareusingathermokeywordthatrequirespotentialstohavetalliedthevirial.buttheydidn\'t...
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lammps软件USER-MEAMC package的安装问题

lu1222lu
我在lammps/src目录下,单独makeyes-USER-MEAMC,然后运行sudomakempij4,重新生成lmp_mpi的文件之后makepackage-status,显示InstalledYES:packageUSER-MEAMC用lammps自...
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想问下大家关于fix gcmc命令一些问题

awuli张
请问大家这个命令能实现某个区域物质溶度保持恒定吗?我看手册感觉有点迷糊。。感觉那些参数都不能达到这个效果
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autodock vina 对接

small28
同一个蛋白和配体的pdbqt文件,有时候打分值会不一样,打分值是随机分配的吗,写论文要怎么写呢,是所有配体同时做三次,然后取最好的结果吗
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