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分享:生成小分子力场TOP(ITP):使用ATB网站

jrcs
分享:生成小分子力场TOP(ITP):使用ATB网站(原文链接:'https://mp.weixin.qq.com/s/YTGpwmkrBpCTbOPDXlOGbA')在ATB网站生成itp文件之前,需要注册一个ATB账号,该网站主页为:'https://at...
分子模拟
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分子动力学模拟

蓝田雨
请问有虫友,懂分子动力学模拟的吗?做了一种材料,想做下模拟,谢谢
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聚合物粗粒化建模

麦克列
lammps新手想问大家怎么得到粗粒化的聚合物data文件?是输入全原子的data文件,然后通过lammps的命令粗粒化,还是直接用别的软件建模,直接输出的就是粗粒化后的data文件?
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COMPASS力场找不到Mg金属,只有离子态和氧化态,求助!!

nico910902
大家好,最近在做镁金属对有机物的吸附,在做分子动力学的过程中发现用COMPASS/COMPASSII力场竟然找不到Mg,只有Mg2+和MgO.但是查了官方数据后发现COMPASS力场里是有Mg金属的。请问这是什么情况呀?我用的是MaterialStudio20...
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gromacs计算速度

Yolanda9288
实验室有两台工作站,cpu相同,均没有gpu,只有内存差别,一个256g,一个384g,但是我在两台机器上计算一样的模型速度差别很大,内存高的快很多,但我看计算时,内存占用率并不高,cpu占用率都是一样的,是什么原因呢?慢的那台是不是安装gromacs的时候哪...
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Lammps常用基础命令操作讲解

xie122303
一、Lammps基础与原理MD模拟的基本逻辑思路Lammps软件学习框架Lammps研究的几方面重要资源二、In文件的基本逻辑框架、基本命令三、Lammps建模与进阶四、用Lammps模拟具体物理问题(应用中存在的问题)五、用Lammps输出研究所需要的数据信...
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求discovery studio 4.5 的安装包及安装教程

大城小事
求discoverystudio4.5的安装包及安装教程
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非正版的schrodinger缺了好多模块

heixia
非正版的schrodinger缺了好多模块,还有啥软件好用?
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Lammps中nvt和nve系综可以联合使用计算热流吗?

jianxiant
请教大佬们,如果用非平衡分子动力学计算热流时可以在nve和nvt联合下统计热流吗?之前用朗之万热浴统计过,但是看文献也有人用N-H热浴下统计热流,请问是否也可以?
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粗粒化建模交流

暖心的海
没想好怎么说,真的是想交流交流粗粒化思想,建了个企鹅群1154289342,我是最近也才开始做高分子的,希望能够和各位虫友,前辈们多交流交流,祝大家能够早日毕业,早日中基金,早日奔小康吧,也不知道我这个宣传有没有力度
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lammps跑计算时,开32核反而没有1个核跑得快?

三岁薇恩
这是什么原因呢?工作站是32核的(如图1,4颗8核的CPU)。怎么样才能让资源最大化?求指导。每个算例跑48小时太伤了...也就是计算三四千个原子的热导率。mpirun-...
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搭建GPU工作站时CPU的选择

syd89522
大家好!我想攒一台GPU工作站安装AMBER20和DS用来进行分子模拟研究,看了版块里的帖子和网上的信息,打算买一块新出的RTX3090来用,现在新出的amber20还有一部分工作需要CPU并行运算,DS应该是没有GPU的版本发行,想请教大家CPU要如何选择呢...
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msi2lmp转换的data文件导入lammps时出错

ien883958
求教,我在MS里建了烷烃分子模型,用msi2lmp工具转换为data格式后导入lammps,结果出现了“bondsdefinedbutnobondtypes”问题,我感觉data文件没什么问题呀。网上相关的信息有点少,之前也碰到了类似的问题,但一直没解决,da...
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招收博后~食品风味研究~分子模拟~多学科交叉~工作地点北上广~自由度高

naughtydog
上海交通大学食品风味创新团队招收博士后//与广州大学昆虫食品创新团队联合招收博士后'https://mp.weixin.qq.com/s/BeftK_rG1M5f1ZqHtHx8Tw'一、招聘生物、化学、生理、生化、传感、神经、分子模拟、食品风味相关学科背景的...
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请教退火动力学(Anneal dynamics)和淬火动力学(Quench dynamics)各有什么优缺点呢?

清风一郎
各位老师,大家好!想请教大家一个问题:退火动力学Annealdynamics和淬火动力学Quenchdynamics各有什么优缺点呢?我想模拟的体系是:寻找一个特定添加剂分子在特定晶面上的最佳吸附位点。应该用退火动力学更好,还是淬火动力学更好呢?还望各位老师不...
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Sorption模块吸附等温线纵坐标的单位转化

13212742392
Sorption模块在通过吸附等温线计算溶解度系数时,纵坐标的单位转化问题。percell如何转化为cm3/cm3我再网上看转化成mmol/g时,是除以吸附剂单胞分子量,再乘以1000。请问除以的吸附剂单胞分子量具体是什么?(是吸附剂的相对分子质量吗)我计算的...
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NEMD施加热流问题

berbatovbo
请教一下,计算界面导热系数,想通过scalevelocity的方式施加恒定热流,不知道应该用什么命令,这个方法是lammps源文件example里的HEX例子吗,还是别的方法?MD新手,望多包涵!谢谢~~
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Materials Studio建模

MrRockets
请问一下在MaterialsStudio中怎么建立图片中的那种分子都在盒子内的模型,并且还能设置盒子的长宽高?Amorphous中建立的模型分子会跑到盒子外,并且Amor...
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lammps中MANYBODY包运行出错误

libei924
ERROR:Unrecognizedpairstyle"tersoffispartoftheMANYBODYpackagewhichisnotenabledinthisLANMPSbinary(../force.cpp285)Lastcommand:...
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求助,RASPA新人,求输入文件

刘杰庆
求甲烷在PAF中吸附的输入文件(吸附温度298K,吸附压力0.01kPa~100kPa)
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lammps如何实现耗散粒子动力学控温

TW九九
想问下lammps如何采用耗散粒子动力学控温方式,nvt、npt这种好像都用的Nose-Hoover控温,我看了几个关于dpd的命令感觉都不是。微信图片_20201111160502.png
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Materials studio中DMol3计算

Lurgi
请问,materialsstudio中进行Dmol3计算,点击calculation就弹出,关键词不在字典中,点击run,叉掉DMol3计算框后又显示未将对象引用设置到对象的实例,这个应该怎么解决呢?还有计算不同分子模型,得到的.COSMO文件数据感觉都差别不...
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分子模拟小白求助

贝莹
研一刚接触分子模拟,对此要用的系统Linux不太熟悉,对lammps也不太熟悉,真心想学习,求各位大牛兄弟姐妹们给个零基础入门到进阶的学习方法,拜托拜托
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NPT以后产生不了轨迹文件是为什么

欧阳肥肠
大佬们,为什么我跑完NPT系综以后没有产生轨迹文件,但是在其他电脑上又可以,而且输出文件也显示我的晶胞变小了,可是我就是找不到轨迹文件在哪,请问大佬这是为什么?0194bf1be565a8d84a2b842ef61a032.png48d861fcf9a09ef...
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专业实验室,可做模拟计算

iiye5193
您只需一个电话,剩下的交给我们微信:13811269632(同电话)QQ:19217784521.电镜技术:SEM,TEM,FIB2.形貌分析:表面,内部,三维3.样品制备:SEM制样,TEM制样,EBSD制样,金相制样4.力学性能:常规力学,试样加工,纳米力...
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分子动力学模拟-均方位移

朝阳123321
分子动力学模拟后计算药物分子的均方位移,但是勾选参数时frames选不了,完成不了分析,如图,望大神告知。[Lasteditedby朝阳123321on2020-11-1...
分子模拟
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分子动力学模拟-均方位移

朝阳123321
分子动力学模拟后计算药物分子的均方位移,但是勾选参数时frames选不了,完成不了分析,如图,望大神告知。[Lasteditedby朝阳123321on2020-11-1...
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AIMD 第一性原理分子动力学

3293366780
计算方法交流后处理程序包括PCFCNVoronoiMSDBPAqq1932426689
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有真空层的结构,lammps怎么计算deform剪切后的剪切应力

Ice_TeaZ
结构在x和z方向加了的真空层,进行了deformyz方向的变形并固定了边界的原子用nvt优化,通过thermo_style输出的pyz要怎么处理得出对应的yz方向的切应力?我与不加真空层的结构进行了对比,发现输出的pyz大小差不了多少,所以上述的pyz是否可以...
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