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Lammps结构优化

LLSLLG
请问各位大神,Lammps怎么进行结构优化。比如拿双层石墨烯怎样优化原子位置、晶格常数和层间距离???详细讲解可补加金币
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vmd视频转换问题

小娇
求助!!用Vmd生成的轨迹文件用videomach保存后,生成的avi文件大小有600mb,但是同样的轨迹文件在同学那里就只有5MB,这是什么原因造成的呢?我把videomach重新安装了,但是还是文件大小太大
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autodock做分子对接,show interactions出错

971731043
用autodock做分子对接,对接成功之后有了dlg文件,showinteractions总是出错,其他分子的对接没问题,有没有大神知道什么原因?跪求,谢谢!_20`XKIJMF}%(CGV28_NI(C.jpg
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退火模拟过程周期性盒子尺寸的变化是怎么实现的

暖通111
我用MS中的Forcite模块模拟在周期性盒子中从12000K到500k的退火,文献上说周期性盒子的边长逐渐缩小为25哎,我很纳闷,它是在模拟过程中逐渐自动缩小的,还是最后模拟结束,我们把晶格结构的边长设置为25哎的,求大神赐教
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聚合物分子动力学模拟领域的期刊推荐

staventchoke
请问广大分子模拟的群友,能推荐几个影响因子在0-3之间的外文期刊吗?要求接受快。谢谢!
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lammps计算出现nan

小猪100110
使用MS建模,在Lammps里进行平衡和拉伸计算,数据中出现nan,请问各位大神,是什么原因啊?刚学习lammps,求指点。3FI}8FJ`CXI9{5G%EAS6J9F.png
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气体水合物角序参数的计算

凌云-lee
请教一下,如下图所示。通过对水分子的氢键网络分析可以判断水的不同相态,从而识别所关注的水合物结构。通过“角序参数——F3、F4”来表征气体水合物的结构,GROMACS软件的哪些程序可以计算,怎样计算这些数值的?谢谢!角序参数.jpg
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压痕模拟载荷计算与单位转换

小团子不吃虫
各位老师,要获取下图的载荷压深曲线,,pzz、press、compute1allreducesumc_force这三个命令哪个可以?force=eV/Angstrom怎么转换成nN?1.jpg
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分子对接结果分析

嘎嘣脆彡
求助大神指导如何使用DS给Autodock对接后的复合物pdb文件中的ligand原子重命名,因为ligplot的运行不了如果不修改ligind原子名,如下图问题
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金属配合物分子模拟计算时的Gauss高斯参数设置问题

jieli5568
本人对金属配合物的高斯计算不太熟悉,所以想请教各位一个金属配合物分子模拟计算的问题。具体分子结构如图/cdx文件所示。本人电脑具备软件包括Chemoffice、GaussView、Gaussian09W。哪位高手可否指导一下如何对这个配合物进行参数设置,目的主...
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请问多层氮化硼的模拟应该用什么势函数

jgkaoyan
请问多层氮化硼的lammps分子动力学模拟应该用什么势函数?查了很多文献,很少涉及多层氮化硼的,请问有做过多层氮化硼的模拟告知一下用什么势函数来准确模拟分子作用。
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有做分子对接的单位或个人吗?尤其是小分子肽和靶点蛋白的结合

zuo365838
目前有众多鉴定的小分子多肽,氨基酸序列已知,分子量在2000Da以内,想筛选下哪些是具有较高的活性肽,看文献中有利用分子对接筛选ACE抑制活性的多肽,所以想问下是否有提供服务的单位或者个人?目前刚接触,不是很了解,也希望大家给些建议,可以加QQ15033526...
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用pdb2gmx 得到gro文件时报错

lunan815
我再RSCB上下载的一个复合物(pdb号为:1h9u),目前是我需要这个蛋白来和另外一个小分子进行对接,所以我先把这个复合物里面的配体抽出来(用的grepLG21h9u.pdbLG2.pdb),删掉配体行后运行pdb2gmx它会出现报错:Fatalerror:...
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material studio安装求教

18234838312
本人安装materialstudio8.0版本,总是出现下列情况,大家有遇到过类似问题吗?求大神解答。
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金属配合物的Gauss高斯计算

jieli5568
本人对金属配合物的高斯计算不太熟悉,所以想请教各位一个金属配合物分子模拟计算的问题。本人电脑软件包括Chemoffice、GaussView、Gaussian09W。哪位...
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请问高斯计算加关键词

15764846119
请问高斯计算一个反应时,想加催化剂这个关键词怎么加
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centos上安装cuda求助

hdx1991
有没有在centos6.9上安装过cuda的同学,我安装驱动的时候老是出错,百度后主要是因为没有安装dmks.但是dmks又依赖kmod和systemd,我手动安装的kmod他又检测不到
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求助chemdraw软件安装

荷满馨香
求助chamdrew软件安装
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在MS2017中运行DMol3 Calculation 出现Can't create job for the server: DMol3.

2009云飞扬
各位朋友,我是学习MS的新手,我在笔记本(win10系统)上安装了MS2017做一个分子构型优化时,采用DMol3Calculation时,点run之后,出现一个窗口:Can\'tcreatejobfortheserver:DMol3.此计算机无法与提供服务器...
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求教怎么计算小分子的尺寸啊

upczz
分子用force优化完了,怎么得到分子的长宽高啊,刚上手模拟,不太懂,求指点
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求助会Fullprof的大神

王敬雪
精修XRD全谱的过程,我修改了然后参数不对,想改回原来的,但是改不过来。后来用比较好的XRD仪器测了个样品,基本的都拟合不出来。
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Materials studio中建立γ-Fe晶胞

2009云飞扬
各位朋友,我在MS自带晶胞里面看到了Fe的晶胞(体心立方),但是我需要建立γ-Fe晶胞,不知道自带的有没有,在什么地方?如果没有,我怎么样才能建立出我所需要的γ-Fe晶胞,请知晓的朋友,能指点指点,最好有详细的流程。先在此谢谢大家了。
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请问怎样在LAMMPS里定义一个三棱柱的区域

andw0wfm
我是想在金属表面开一些沟槽,但是没有想出来如何定义这样一个REGION,求大神指点下
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求会Autodock vina的大神

lyyo
本人刚接触Autodockvina,想做蛋白受体与小分子配体的分子对接,但是按着教程做的过程中遇到很多问题,急求会这方面的大神,希望能够交流一下,非常感谢
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lammps里做剪切的应力应变曲线时,应力该取哪个方向的应力?

huang998
lammps里做剪切的应力应变曲线时,应力该取哪个方向的应力?
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lammps怎么运用rerun命令计算截断距离之外的rdf

liuleixmc
用computerdf命令只能计算截断距离之内的gr曲线,lammps手册上说用rerun命令可以得到截断距离之外的rdf。我想把径向分布函数曲线(见下图)的横坐标扩大一些,目前是3.0,想扩大到4.5。请问大家有用过rerun命令的吗?谢谢!
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讨论discovery studio

wenhui1024
本人研一小硕一枚,近期因数据需要,刚刚接触DS,虽然在木虫找到很对培训资料,有很多细节还是不知道,比如说定义BSA为receptor时,总显示theselectedmoleculecontainsalternateconformations.希望有学DS的大神...
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Autodock vina

lyyo
我将pdb数据库下载的蛋白配体复合物用autodocktools分离之后用vina重对接,然后自己用chembiodraw画出同一个配体用chem3D优化之后与该蛋白质对接,结果配体两次结合模式相反,怎么回事两次对接结果比较.png
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CaCO3和甲醇分子的LJ势

13278881195
请问大家知道CaCO3和甲醇分子的LJ势嘛?或者其他相互作用势呢?
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VMD如何把水盒子弄成透明的效果,像下图一样

yj112358
VMD可以做到吗?或者其他软件可以做到这样的效果?微信图片_20180524161425.jpg
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应助之星
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