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有用MC模拟夹杂物形核长大的吗?

Nick走出去
想用分子动力学模拟钢液中夹杂物的形核长大,做这块的吗?加个好友请教一下。
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高分子分子模拟-分子结构与其力学性能关系-是否可以模拟

腾飞的虫
求教自己有两个高分子,他们仅结构不同,直链分子L和枝化分子B(默认其他没变量);实验结果表明,B在某力学性能上优于L。自己像补一个模拟的结果,接模拟结果上支持实验结果。不知道分子量模拟能不能做高分子结构与材料力学关系的模拟呢求教大家希望能,能的话,自己就去学习...
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data文件力场读取错误

笙笙萸
请教各位老师同学,我用ms导出的data文件,在用lammps运行时出现这样的错误提示,应该是力场选择问题,请教要怎么修改。data文件和in文件如下。MS里建模选择的力...
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请问用NEMD法计算热导率时,每隔多少步交换原子动能有什么说法吗?

三岁薇恩
如图隔10步交换一次动能。那么隔20步隔80步得出来的结果会有什么不一样呢?微信图片_20190520212640.png
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MS建蒙脱石结构后导出data文件,结构只剩一半是怎么回事?

肥肥少爷
第一张图是我建立的蒙脱石周期性结构,层间距9.6埃。导出car格式后用msi2lmp转化为data文件,然后核对文件中的坐标,发现和MS里的不一致;再用ovito可视化打...
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各个方向上的MSD曲线

邓玉成ddd
分析得到MSD曲线后,为什么我的只有一条线,看到文献上的有x,y,z三个方向上的位移曲线。如图,我得到的和文献上的对比。Snipaste_2019-05-22_09-33...
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求助!!!第二张图是什么原因造成的呢?

三岁薇恩
我用lammps计算掺N的碳纳米管热导率第一张图是将管分了40层得到的管内温度分布图第二张是分了100层得到的管内温度分布图,貌似变畸形了..Graph1.jpgGraph1.jpg
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Docking时打不开受体蛋白

慕陵。。
用Autodock进行到Docking时,点Macromolecule,SetRigidFilename,然后点了受体蛋白的pdbqt文件,但是并没有打开,这是因为什么?怎么解决?
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MS跑forcite退火到100%报错

一y念n执着
退火跑到100%对话框显示算完了,但是会有另一个对话框显示错误。虽然打开结果的txt文件最后一行是normal,但是这个结果我一直不敢用。请问有人遇到过这种情况吗?
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forcite模拟粘度求助

1127721434
看了文献里面的shearrate单位是/s,软件里面模拟的时候单位是/ps。软件里的参数要怎么设置才能接近真实。前几天模拟,发现粘度结果里面还有负值,想问问怎么回事。有没有大佬解答一波。
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预测蛋白质或者酶修饰后的结构,需要用什么软件模拟

lizimu566
对蛋白质和酶进行修饰,想知道修饰后的结构,各位都用什么软件,有没有相关的资料和文献可以分享。
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请问各位用origin做拉式图要怎样做

小叶子的水珠
请问用gromacs的gmxrama得到一个rama.xvg用origin要如何进行绘图得到下图,我没有xmgrace软件,那个软件总是安装不了,也不知道怎么回事,只有origin
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我想研究不同大小纳米球队含能热分解的影响

guanjitu
但是我算了4nm5nm6nm7nm,它们的分解速率一直很接近有的还重合,现在不知道葱哪里入手修改,实验上不是说尺寸越小,含能材料热分解越快吗?我算的他们热分解速率太近了
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Autodock使用求助

无言969
求助一下各位做模拟的同学,使用autodock做对接得出的结果怎样才算合理或者能接受。看到文献中有一句话这么说的:Theredockingwasperformedwiththeoriginalligand,GR24,toevaluatethesuitabili...
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关于完全驰豫前后基体内部仍然位错的问题

是西瓜啊
各位老师好建立的孪晶tial模型是200A400A200A系统温度压强原子数不变pps边界条件如下图示模拟后发现无论驰豫前后基体内部均有位错产生孪晶界和晶粒边界的位错较多想问问各位老师这是什么原因产生的呢
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DS4.5 虚拟氨基酸突变

Cherishqj
欲采用DS4.5软件进行虚拟氨基酸突变,请问各位虫友有没有教程,或者有谁做过吗?求帮忙,谢谢大家
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找个人有偿指导NAMD计算结合自由能

birdfly
找个人有偿指导NAMD计算结合自由能
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homo,lumo与分子极性关系判断

Yfeel
请问下我看文献里面有说homo,lumo可以判断分子极性,但是只是带过,没细说,请教下这个是怎么个判断的方式
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请问MS怎么建立200nm、300nm甚至微米级的单壁碳纳米管?

三岁薇恩
如图所示意思是否是MS无法建立微米级的碳纳米管模型呢?微信图片_20190603212042.png
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请问在用lammps计算模拟中 怎么让一部分原子固定不动?

三岁薇恩
请问在用lammps计算模拟中 怎么让一部分原子固定不动?
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请问谁有discovery studio软件安装包,求大神分享一下

5009918144
请问谁有discoverystudio软件安装包,求大神分享一下,急需,感谢!!!
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amorphous cell建模

甜甜甜面酱?
用amorphouscell建立含200个水分子层时一直无法成功显示如下图片请问是什么情况呢?
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美国分子模拟博士后招聘(代发) - Molecular Dynamics Simulations

拾梦南极3240
代发博后职位,有意者请直接通过此链接申请:'https://listings.jobs.vt.edu/postings/98163'如有问题,请发邮件至'sanketadvt.edu'(Dr.Deshmukh)WorkingTitle:Postdoctoral...
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石墨烯剪切变形

shanks2017
石墨烯剪切变形模拟,在VMD中观看变形图,发现在驰豫阶段会出现如下图片情况,出现很多直线上下移动。我用的是周期性边界条件,以下是我的驰豫过程条件min_stylecgminimize1.0e-121.0e-1210001000computenew3dmobil...
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lammps用green-kubo求粘度,关于NVE过程温度升高的问题

amynihao
我目前在用lammps例子中给的green-kubo方法在求粘度,我先在NVT下驰豫了50万步(500ps),然后跑NVE下的100万步,求粘度,跟例子中的设置是一样的,可是我发现在NVE计算过程中,温度一直在升高,比如我想求4484K的粘度,NVT驰豫完后,...
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猎头职位:北京知名创新药物公司急招一名CADD(计算机辅助药物设计)科学家

药小二
猎头职位:北京知名创新药物公司急招一名CADD(计算机辅助药物设计)科学家**接受应届博士毕业生或者即将出站博士后地点:北京1.根据研究项目需求,应用各类CADD软件对相关药物靶点、化合物结构进行探索研究,指导化合物设计;2.针对相关靶点,结合已有化合物库,应...
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导出动力学模拟后的动态图

邓玉成ddd
最近要毕业了,做答辩PPT。想把做的这个扩散过程弄上去,好让老师们看的更清楚明了一些。怎么导出动力学模拟过后的动态图呢?
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MS模拟多孔碳吸附分离CO2和CH4

小小愤青~
现在遇到了好多问题,跪求大神指点:1.如何设置LJ势能参数?2.想用狭缝孔模型进行吸附模拟,如何改变孔宽?3.在吸附时,得到纵坐标的单位如何变成mmol/g?查文献需要知道单个晶胞的质量,我用的是石墨片层,想知道单个石墨晶胞的质量是多少。4.如何把绝对吸附量变...
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晶体结构预测求助

talent2
有个小分子,想做个晶体结构预测,有没有同学帮忙。重金酬谢。有意的加QQ40499814谢谢
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forcite计算rdf求助。

18018590138
我想计算体系中两个带苯环分子间的π—π作用。于是将两个分子的所有支链原子都去掉后分别作为set1和set2。然后使用forcite—analysis进行了计算。得到了图中的结果,发现两个分子,有total,inter,intra三条曲线。inter曲线几乎是0...
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