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请教各位vmd转的data文件lammps运行后,出现shake clusters are connected

luckied
请教各位vmd转的data文件lammps运行后,出现shakeclustersareconnected,这是什么原因?请教各位!我构建的是水和si,vmd导出的data文件,谢谢大家
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sailVina2.0算是正式版发布【Vina批量分子对接/反向对接GUI】

beikwx
写写停停快半年,算是发布一个正式版本吧。基本功能:1.批量准备配体,自动提取受体中的配体2.无需ADT,自动准备受体3.通过共晶配体自动计算对接位点4.批量对接/反向对接5.生成受体-配体复合物。基本界面:下载以及教程地址:'https://github.co...
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几何优化 NVT NPT 动力学模拟 聚合物掺杂 机械性能

蛤蛤蛤额
本人用数据库里导出的晶胞构建了图一所示的氧化铝团簇,并把它放在了盒子的中间,然后掺杂进优化好的高聚物分子,按照之前的流程是进行几何优化收敛后在跑NVT和NPT的模拟,最后算机械性能;但是问题出在每次跑NVT的时候都出现图四所示的情况,Dynamicscalcu...
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同源模件-分子对接

52songshuang
用modeller构建的蛋白结构,无法用schrodinger(maestro)进行准备的情况。在H-bondassingment时一直不出结果,运行了20几个小时
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MS 中用Discover的Minizer老是说计算失败 哪位大神给指点下

euygnay
软件在discover模块minimize后出现Thejobhasfailed,Downloadanyresultsgeneratedsofar?点击yes后导出的结果如下:DISCOVERMolecularSimulationProgramVersion:2...
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求助用materials studio 做界面研究的童鞋

暖我心安
如题相关题目也行平时可以交流一下呢
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安装ms8.0出现的问题

一个小懒虫88
各位大佬,想问下安装ms8.0时,1、对安装包中的?“win/crack/crack/msi.lic”已经改完计算机名之后,2、运行开始菜单“Accelrys/Licensing/LicenseAdministrator7.6.11”,3、选择“Install...
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ms 优化完之后是在xtd文件上继续做还是xsd

追影qwe
ms优化完之后是在xtd文件上继续做还是xsd???三个文件是选择哪个在进行NVT模拟???微信图片_20190316150653.png
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MS计算两种混合物的结合能

追影qwe
计算图一中两种物质的结合能,是不是通过图二计算方法计算这个混合物的总能,然后(1)在晶胞AC删除一种物质,在计算单点能,(2)在晶胞AC删除另一种物质,在计算单点能,然后混合物总能-(一种物质的总能+另一种物质总能)的负数就是结合能啊????在线等?图一.jp...
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水球在高龄石表面的铺展

量子力学112
请问一下,我模拟水滴在高龄石表面的铺展水分子在盒子中运动剧烈布满了整个盒子完全没有铺展现象。这是什么原因望高人指教。后面图为文献中的图。
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求助分子模拟的软件

zengxiaozhe
已知的分子,想从化学键长,键级角度分析键的断裂顺序?做分子模拟,求助分子模拟软件?
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Lammps运行求助哇

kouyoufe
我写的in文件每一万步(1PS)输出一帧,但是我算了好多次都发现:已经跑到53万步了(还在跑),但是轨迹文件输出停留在23帧一直没动了,这是怎么回事啊,计算还在进行
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谁有virtual box

932464477
谁有virtualbox,发一下,多谢
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lammps周期性边界设置压力

放逐孤岛
大家好,本人初学lammps不久,目前遇到问题。我想在周期性边界上设置压力(压力用变量表示),请问我该用什么命令呢?另外本人对周期性边界适用的情况存在疑惑,周期性边界和非周期性边界适合用于什么情形下呢?金币不多,望大家不吝赐教
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MS吸附,有偿指导一下

追影qwe
MS聚合物(不是晶体上)上吸附小分子,有偿指导一下,价格商议
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分享两个安卓手机上使用的LAMMPS学习小软件

googon
给大家推两款在安卓手机上使用的LAMMPS学习小软件:(软件一)LAMMPS学习手册,能够在手机上离线快捷浏览lammps文档,比纯PDF文档使用起来更加便捷;(软件二)LAMMPS演示软件,可以演示很多分子动力学模拟过程,很实用。欢迎大家下载使用!!!1.l...
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小白新接触LAMMPS,求助!

xueteng2
我是因为做本科毕业论文才接触LAMMPS的,现在不知道该怎么计算接触角,请问大家有教程方法吗?
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ReaxFF 分子模拟、分子键长,键能分子软件

zengxiaozhe
ReaxFF分子模拟用什么软件?以及做气体分子键长,键能分析,求计算化学专业朋友看看用什么软件?
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有没有人知道,通过Xshell什么命令可以怎么让lammps后台运行(电脑关机不影响计算)

kouyoufe
有没有人知道,通过Xshell什么命令可以怎么让lammps后台运行(电脑关机不影响计算)
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Forcite跑Quench一直running但是没有任何结果文件产生

小fengshan
Forcite跑Quench一直在running之中,但是没有任何结果文件产生,txt文件一直是空白的,Energy曲线也一直没有出现,有人知道怎么回事吗?被困扰好久了,求大神指教,感激不荆
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MS可以做非平衡分子模拟吗??

追影qwe
MS可以做非平衡分子模拟吗??
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本人新接触LAMMPS软件计算碳纳米管热导率,恳请各位指点一二

三岁薇恩
我是用MS建模现在百度看很多方法将MS输出的文件格式转换为data文件不知道各位有什么好的方法推荐,或者推荐一个比较简单好用的软件实现格式转换?最后希望各位有做MD模拟计算碳纳米管热导率的大大能不能留下你的联系方式咱们多多交流也欢迎各位+我的微信指点我一二sk...
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Packmol软件求助

S-Loser
各位,有Windows系统可以安装的packmol软件吗,跪求一份,谢谢。
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MS离子如何构建

AbaFlu
刚开始学MS,通常的化合物等构建已经基本掌握了,但如何构建离子(如钠离子或硫酸根离子)迷惑了好长时间,能否坛子里的各位老师帮我解开迷惑
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路在脚下,做好自己

chuntao118
出来访学,已经一周。感觉尚可!感觉导师交给的研究任务还十分模糊。需要查阅好多资料!另外,似乎目前的研究任务与自己的预期有点距离,也许跨越这段距离就是一种进步吧!加油^0^~!做过访学的朋友们能否给点建议!为了家人,对得起自己,不能荒废大好时光!
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服务器 ,多核CPU好还是GPU好

dandingge
请问一下大家,我要做材料的模拟,会用到MS,comsol,lammps,dl-poly,那么多核CPU好还是GPU好?谢谢
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求助MS,模拟晶习最后一步

西风youare
请问在模拟晶习时,通过修正的AE模型计算得到能量后,如何生成晶习,就是std文件中选择哪几行,是都选中还是就是计算的几个晶面及能量。MS说明里没有人太看明白。谢谢各位!1553522381(1).png
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求助TiC 的勒纳琼斯势能参数

空气菌
求助碳化钛分子计算勒纳琼斯势能时,里面Ti-C的epsilon,sigma的参数。
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问一个很基本的问题,分子动力学和统计力学的区别以及径向分布函数所属的学科

huanyuezhi
最近小弟在看一些关于径向分布函数的内容,对其所属的学科有些疑惑。看网上有些地方说是分子动力学中的(Moleculardynamics),而维基百科和百度百科却说是统计力学中的(Statisticalmechanics)。小弟对这个领域不是很了解,想知道分子动力...
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