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基因组学、生物信息学博士后及博士生招聘(美国)

wenyuzi
美国佛蒙特大学(TheUniversityofVermont)人类遗传与基因组实验室诚聘基因组学、生物信息学方向博士后、博士生及访问学者数名。博士后申请者需在组学omics方向有一定学习科研经历,且有相应论文发表者优先考虑。申请者请发送个人简历至dawei.l...
分子生物
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做分子动力学模拟,求石墨相氮化碳g-c3n4怎么建立模型

liang502
做分子动力学模拟,求石墨相氮化碳g-c3n4怎么建立模型,谢谢!!!
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moe进行分子对接

Dam keeper
用moe进行分子对接的时候怎么实现多次确定口袋区
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哪位大佬能帮着看看这个 in文件有哪些问题

s455761311
unitsmetal#单位为lammps中的metel类型boundaryppp#边界条件atom_styleatomic#原子模式#special_bondsfeneregionworkpiece1block047.385050045unitsboxregi...
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使用UCSF Chimera怎样做静电相互作用图?

阳光下的你11
求助求助,有没有大神知道用UCSFChimera软件如何做静电相互作用图吗?为什为按照人家的教程做不出来呢??求帮助。或者有没有哪一个软件做静电相互作用图容易一些的???谢谢啦!
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gromacs示例求助

Mr_ANZ
如题,gromacs中文教程初学者,做溶菌酶那个到nvt平衡那一步产生tpr文件时老是出错,具体如下,求大佬指点一下,,,Commandline:gmxgrompp-fnvt.mdp-cem.gro-ptopol.top-onvt.tprIgnoringobs...
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LAMMPS计算吸附能

gottlieb
请教做MD模拟的各位大佬一个问题。如果用LAMMPS计算SiO2/Si和一个带正离子的平面的吸附能,且需要考虑到正离子对SiO2的极化作用,我需要用哪种力场?计算中还需要注意些什么?小弟刚刚接触分子动力学,希望大佬回答的能详细一些。多谢了!
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关于结构熵的模拟

喜欢吃肉
想请教一下关于结构熵的计算,最近在考虑缺陷晶胞的结构熵变化,除了用玻尔兹曼公式S=klnW进行理论计算(跟实验比似乎偏大很多),是否可以用模拟的方法进行计算?有没有前辈做过这个方面的,求赐教。
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金属的体熔点和面熔点

小解是也
用lammps模拟计算金属的面熔点即热力学熔点,固-液界面移动速度即融化速度怎么计算?哪本书上有相关的?想请教一下
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生物柴油和三油酸甘油脂动力学直径

刘宏乾
有哪位大神可以模拟一下吗?在甲醇中溶剂中
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lammps计算neb

Verstarfish
使用lammps计算最小能量路径,结果如图,在起始点之后有两个点比起始点低,不知道原因何在。开始的时候觉得是初始结构不好,于是优化了一下结构,使用lammps的minim...
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活性位点的蛋白表面添加

依叶之秋
求助,配体分子在蛋中表面,用pymol软件可以做蛋白表面的截面图,但配体埋藏在蛋白内部,怎么做能显示整个配体周围的蛋白表面截面图,也就是跟图片差不多。
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超级小白请问各位大佬,请问分子对接模拟可以根据小分子设计大分子么?

77是66
老板给了指示,要求根据分子对接设计一个能与指定小分子(分子量小于500)强力结合的能取代抗体的东西出来。我是超级小白,分子对接方面完全不懂,看了一些资料似懂非懂,好像分子对接只能根据大分子受体去设计一个小分子物质,并不能根据小分子物质设计大分子物质?求各位大佬...
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LAMMPS运行出错 lmp_serial:未找到命令

3216
在安装ubuntu系统上安装完lammps后,试运行出现一下问题,怎么回事?求大神指点QQ截图20191227092128.jpg
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MS模拟SI型甲烷水合物分解问题

熊心勃勃
问题:水合物在273k,30MPa仍分解。不符合水合物赋存温压条件。请问这是水合物模型建立的问题,还是模拟参数设置的问题,求大神指点一二。楼主微信13012409750,可私聊,相互交流,感谢。楼主最近在用MS软件模拟sI型甲烷水合物的稳定性。CVFF力场,N...
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AUTODOCK安装运行时报错

zhangyu112
AUTODOCK安装后,运行时报错,怎么解决报错.jpg
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求助,atomsk教程中,twin boundary结果显示

DetekT1ve
在跑atomsk官网的教程过程中,完成twinboundary模型建立之后,在用atomeye看.cfg文件时,所有原子只显示成一种颜色,并不能得到官网教程上所说的clearlyvisible的twinboundary。请问要怎样得到跟教程中一样的显示?
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MS 怎么截取球体结构

puyanghou
我建立了某单质金属晶胞,然后在此基础上建立了超晶胞,去周期,得到了一个长方体形状结构,请问我现在怎么操作,才可以将其截取球体团簇结构?可以某一点为圆心,自设半径进行截龋
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reaxff分子动力学键级求助

alphabetliu
各位前辈,我最近在学反应分子动力学(reaxff)。生成的boodreaxc不知道该怎么样分析。求各位前辈指点哈
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关于DL_POLY的问题

woshiyalu
咨询一个关于DL_POLY的问题,用程序自带的TEST30计算后获得的history文件,用OVITO分析间隙子和空位数为什么都为零。对程序没有任何改动埃
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MS中如何隐藏和显示选中的原子?

liang502
请教:1.建一个超大晶胞2.选中中心附近的一个原子3.选择原子选择半径(atomselection选项中)4.隐藏选中的这些原子————————怎么操作?5.删除剩下的原子——————怎么操作??6.显示3选中的原子————怎么操作?小白一个,不胜感激!!!
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求阿霉素,表阿霉素,柔红霉素的pdb

PWX159357
求阿霉素,表阿霉素,柔红霉素的pdb
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蛋白晶体结构如何选择

qingkong0122
各位大神好,求问进行分子对接时的蛋白晶体结构如何选择啊?完全不会看PDB中的蛋白晶体的信息啊!求指导,非常感谢!
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LAMMPS-热导率计算

daipacu2
求助各位大佬,在计算热导率的时候,采用GREEN—KUBO计算固体的热流,然后后处理热流/截面。请问如果体系截面并不等于盒子截面应该如何处理?因为热流只在固体中,是取最大截面?
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求助如何在MS中构建自由基模型,比如CH3-

xysxys
求助如何在MS中构建自由基模型,比如CH3-
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分子动力学兼职

hazheng
本公司常年招聘分子动力学模拟相关人才兼职,最好是硕博学历在读,毕业亦可,需要有足够的业余时间,熟悉任意一款分子动力学相关软件(lammpsmsgaussianvaspnamdgromacsamber等),同时公司也招聘擅长matlabpythoncc++等软件...
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有没有人看过模拟和实验结果的对比方面的文章,求分享

chuwei1996
最好是有有关与熔体性质方面,模拟和实验结果对比;有关于针对模拟尺度(时间和尺寸)跟实验结果不同原因方面的也可以,跪求
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有机分子在受力后,键角会不会发生变化?

DDD29
有机分子,例如甲基菲等,在受到库伦力和范德华力的作用下,分子的键角、键长等会不会变化呢?或者分子形态会发生什么样的变化呢?或者,受力发生变化是否跟分子的刚性、柔性有关呢?
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求助大家,羟基化的二氧化硅的势函数

awuli张
请问各位老师、前辈,羟基化后二氧化硅中二氧化硅可以继续用BKS表示吗,那其中的H跟其他原子的势函数怎么表示。麻烦大家了,在这谢谢了
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利用forcite做动力学分析,能否得到该过程的内应力

国战
在分析里看见的,与力相关的,只有压力和应力自相关函数,各位虫友有没有人做过呀。
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