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【【【【autodock vina 结果导入pymol的显示不正确?】】】

cxcj09
请教各位大神,autodockvina的结果导入pymol以后我的硬脂酸(绿色部分)怎么会出现两条平行连接的线呢?奇怪的是呢,导入autodock以后又变成外围大分子出现各种连接线了?是处理什么东西的时候没弄好吗?跪谢!微信图片_20180903111812....
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Materials Studio中Morphplogy相关问题求助交流

学霸在宇宙
Morphology模块采用Growthmorphology方法的话,如何根据每个晶面的接触能得到具体的形貌?自带help教程里写晶面的接触能与晶面的生长速率成正比,根据接触能可以得到生长速率和晶体中心到每个晶面的距离,然后根据Wullf图可以推导出形貌,我想...
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请问gromacs怎么中止mdrun?

cheap_81
请问gromacs怎么中止mdrun?
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discovery studio2.5安装时的问题

luxingru77
本人刚开始用DS,直接卡安装上卡了好久。discoverystudio2.5安装时的问题,installlicense导入时候一直显示如下错误,用管理员身份运行也一样,时...
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关于SYBYL—2.0在win10系统安装问题

18839125307
SYBYL—2.0安装完成后,打不开,显示初始化错误怎么办,是不是必须用win7系统啊?换系统,资料都没了,求解决方法
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新手求助,关于MS8.0建模问题

汗燃4561
我在文献中看到一个模型,想在软件中重现出来,在建模时之间按着文献中的图形画可不可以呢,建模时要不要键角什么的完全符合?TIM图片20180906164933.pngTIM图片20180906164952.png
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求MS代算-有偿

呗儿努力
如题,本人当前论文需要一部分模拟计算,由于以前没有接触过模拟软件,而且最近实验较多,分身乏术,所以求一枚大神代做,价格私聊(ps计算部分为氢氧化镁晶面能)
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LAMMPS模拟中盒子大小如何选择

liuliyanatqx
请教大家在用Lammps模拟时,选用的盒子大小尺寸怎么决定?有相关的文献吗?拜求大神帮助。
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Material Studio2017的安装问题

Jang
各位大佬请问MaterialStudio2017可不可以win10(64位)安装啊兼不兼容?之前安装了个8.0win10不兼容,还重装了回系统
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lammps data文件 设置问题

rjh74110
“Dihedralsdefinedbutnodihedraltypesdefinedbutnodihedraltypes”我查过很多相关问题,包括官网、手册、别人的帖子,但是始终没有一个明确的解决方法,所以希望知道的大神不吝赐教。官网的解释是写了二面角但没有定...
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分子动力学相关资料

二十三星瓢虫
自己搜集的一些分子动力学的资料,希望对大家有用
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电解质溶液LiTFSI/PC建模求解

2412065923
目前用lammps来研究锂离子在电解液中的扩散性质和结构特征,需要建立模拟盒子,模拟盒子由51个Li+,51个TFSI-(双三氟甲烷磺酰亚胺阴离子),以及600个PC(碳酸丙烯酯)溶剂分子组成,请问要怎样建立这个模型,有没有大神能给个思路啊,跪谢
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分子动力学模拟

夏末至,转身
哪位大神能帮我做一个分子动力学模拟,找出蛋白构想不稳定的区域,登录号为AII80415.1,求各位大神,救命啊!!!
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用deform拉伸出现原子和盒子分离是什么原因?

huang998
用deform拉伸出现原子和盒子分离是什么原因?如下图所示SXYEC~5]RIULQM)$0}T2Z99.png
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分子动力学和DFT计算模拟求助

Zhou_zw
大家好,我想通过小木虫这个平台找个会做MC(kineticMonte-Carloalgorithm)模拟的同学合作模拟计算一下有机半导体的载流子迁移率的相关问题。本人是香港大学机械系博士三年级学生。模拟计算的内容和方法可以参看Phys.Chem.Chem.Ph...
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Lammps如何输出一个群组(group)的摩擦力?

superwh678
dump3hi-fixedcustom300f.txtidxfx上面是in文件里摩擦力输出命令,hi-fixed是一个group,但是输出的是每个原子的位移和摩擦力,如何输出整个hi-fixed群组的位移和摩擦力,应该用什么命令呢?求各位大神指点。。
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建立的孪晶在弛豫后,孪晶晶界出现一些微小空隙是什么原因?

huang998
建立的孪晶在弛豫后,孪晶晶界出现一些微小空隙是什么原因?它正常吗?如果正常,在论文中如何解释捕获.PNG
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分子动力学模拟

Y.Zhang.
请问哪里有可以做分子动力学模拟的公司?求大神
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lammps建模完成后如何添加一组原子在原模型中

2009云飞扬
各位大神,请教一个问题,在lammps中构建了BCC结构的晶体A,需要在晶体A中删除一部分原子(比如删除一个球形区域),然后在这个区域中添加另外一种原子B。这样的操作需要哪些命令才能实现呢?能量最小化是在构建完晶体A后实现,还是在添加完B后在进行能量最小化。劳...
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lammps建模-如何在晶体A中添加另一组原子B在原模型中

2009云飞扬
各位大神,请教一个问题,在lammps中构建了BCC结构的晶体A,需要在晶体A中删除一部分原子(比如删除一个球形区域),然后在这个区域中添加另外一种原子B。这样的操作需要哪些命令才能实现呢?能量最小化是在构建完晶体A后实现,还是在添加完B后在进行能量最小化。劳...
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请教大家,羟基自由基最先攻击有机物的哪个部位,可以用分子模拟来研究么?

541bababa
请教大家,羟基自由基最先攻击有机物的哪个部位,可以用分子模拟来研究么?
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关于孪晶建模层数问题

super晨
现在想用分子动力学模拟孪晶压痕的仿真,小白求问:关于建模层数有什么讲究吗,一般是建几层呢
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如何在MS里建立一个氮化镓GaN分子模型

billvasp
如题,想在MS里建一个氮化镓的分子模型,按照教程只能做成下面这样,感觉不太对,所以请教各位。1.jpg
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如何去掉MS中build polymer中的repeat unit

hgdzyb
如下图如何去掉repeatunit中已添加的单元QQ截图20180919180235.png
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求助:单晶硅退火模拟

hxcluck
菜鸟求助。我是一个分子动力学模拟的菜菜鸟,现想模拟单晶硅材料(材料表面有1微米见方的小孔)在高温退火时的原子扩散及重结晶的情况,及退火温度、压力及时间等对其影响。不知用分子动力学模拟可否做出来?用什么软件合适?或是能帮着做出来的也可以联系我。谢谢!
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江湖救急,请问各位大侠关于build layer的问题

汗燃4561
我用buildlayer建立了两个沥青分子的layer,但在用forcite做动力学模拟时一直出错,请问下大家知道怎么解决么,另外请问下大家谁有全套的MS8.0help文件么,我软件中自带的那个help打不开,谢谢大家TIM图片20180920111516.p...
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分子静电势能图的绘制

小强同学11
求救如何使用dmol3模块进行分子静电势能图的绘制啊??我画出来的是如图1这种,但和文献上报道的不一样啊,我看文献上的是图2这种的,求教!多谢啦!
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求教,做酶蛋白和底物分子对接最好的软件是哪个?

sootiey
想通过酶蛋白和底物的对接大概知道酶的结合部位,做这种对接最好用哪种工具?
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Materials studio中轨迹文件*.xtd数据导出问题求助

学霸在宇宙
跑动力学之后会有一个轨迹文件*.xtd,有的时候需要某些帧的数据,譬如导出最后100帧的原子位置文件*.pdb,某一帧文件*.xsd,结构文件*.cif等等。有没有什么办法可以批量导出这些文件,且文件名以所在帧数命名。如果有大神会操作的,是否可以分享一下操作过...
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