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fix nvt势能一直下降怎么回事?

Liupeng-MD
用lammps模拟非晶碳,5万个原子,时间步长选的1fs,tersoff势,退火处理时用fixnvt保温1800k,温度基本稳定,但是势能却一直在降,跑了2ns看到势能还是在降,这是为什么?怎么样确定体系平衡?看以前的解答,一种说法是体系一直没有平衡吗?但是我...
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淀粉-蛋白质-脂质三者相互作用的分子模拟

dovekk2009
我想做淀粉,蛋白质和脂质三者的相互作用的分子模拟,看到琳琅满目的软件蒙了。。不知道选择哪种分子模拟软件比较合适,求大神指教!
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急急急急急!Protein-Ligand Interaction Profiler

cifer1230
谁会Protein-LigandInteractionProfiler里面的内容,我感觉看不太懂,里面画x号的,到底是作用还是没作用呢?求告知,在线等
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急急急急急!Protein-Ligand Interaction Profiler

cifer1230
谁会Protein-LigandInteractionProfiler里面的内容,我感觉看不太懂,里面画x号的,到底是作用还是没作用呢?求告知,在线等
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discover studio 分子对接

塘沽特
各位大神,DS中出现这个现象正常吗?,还是我对接前蛋白处理出来问题呢?本人刚自学分子对接这一块,比较渣,对于活性部位球半径一般是怎么调整的呢?求大神带带我
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Pymol用法求助!!!!!急求各位大神!!!!!!!

magicalfish
各位大神,我的蛋白是四聚体,请问如何在pymol里只让它显示其中的一个单体,隐藏另外的三个?我是pymol小白?可否请大家给点具体的操作!!!!!!
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求大神指点CPMD?

zsdlovesky
求安装包和教程,谢谢谢谢谢谢。。。。
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水合物分子动力学模拟

黎诺
有没有date文件和in文件的参数啊,自己写的老是报错
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ds2.5安装后protocol不能用

hupengyan99
之前安装上了可以用后来突然不能用了出现下面图片上的信息请问该怎么解决
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求助Si和SiO的Lennard—Jones参数

xumeng_1025
求助Si和SiO的Lennard—Jones参数,碰撞直径Sigma和特征能量ε(K)本人已经查阅了部分文献如Svehia1962发表的数据,但是未找到Si和SiO,求指点
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如果想做水的分子动力学模拟,lammps和gromacs那个好一点呀?

jiaozihao
大家好!!之前解除了一点MS,但MS用的是compass力场感觉做水不太准确,lammps和gromacs都有自带的水模型,对水计算分析应该会更好一点~请教一下大家,这两者对于新手来说哪个更好上手一些呀?
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求助初学auto dock总是出现错误,心态快炸了,跪求帮助

q591805458
网上的各种教程基本都看完了,还有好多问题如1:如何保存.gpf文件?保存之后总是一个无扩展名文件,如自行编辑扩展名用autodock打开则会出现如下图错误,如不编辑则autodock无法找到此文件。2:如何保存.dpf文件?遇到了跟上面同样的问题,改名拓展名错...
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vina虚拟筛选没有结果

zeuas
用vina进行批量出事后没有结果显示出来知道是生产在其他地方还是哪里错了帮忙看看吧1.png2.png3.png4.png5.png
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安装discovery studio时 发现无scitegic_apache_7_5_2服务

pingzi
安装discoverystudio2.5时,第一次安装未成功,删除文件的时候把scitegic_apache_7_5_2从程序中一起删除了,现在重装了好几次,pipelinepillot按照打开PipelinePilot文件夹[autorun]OPEN=bin...
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安装discovery studio时 发现无scitegic_apache_7_5_2服务

pingzi
安装discoverystudio2.5时,第一次安装未成功,删除文件的时候把scitegic_apache_7_5_2从程序中一起删除了,现在重装了好几次,pipelinepillot按照打开PipelinePilot文件夹[autorun]OPEN=bin...
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gromacs5.0.2并行版是不是有BUG啊

Van_vega
如题,我安装了gromacs5.0.2的并行版,做MD时发现没有solvate工具,只有genbox,尴尬的是启用genbox工具,反馈信息里会提示这个工具已经被废除了
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双靶标抑制剂跟PPI(蛋白蛋白相互作用)抑制剂是一回事吗

sunreiyi86
如题。搞不懂两者之间的关系。双靶标抑制剂是小分子化合物对这两个蛋白都有抑制作用。那小分子抑制剂对PPI的抑制作用呢,是对这两个蛋白作用还是对其他地方作用?求大神给解析。
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如何购买薛定谔软件

gezhenpeng
在薛定谔官网看到薛定谔的中国代理是---极诚信息科技有限公司,但是发邮件打电话都没有响应,公司官网也打不开,想问一下薛定谔软件的中国代理还是这家公司吗?不是的话,如何购买呢?
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Langevin 动力学计算过程中friction coefficient是如何设置的

77585218358
大家好!请教一个问题在lammps中做Langevin动力学时摩擦系数frictioncoefficient是如何设置的在in文件里面?如果采用的单位是LJ,下面文献中的...
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有关pdb文件问题

t67521552
各位前辈好,我在做sybyl实验后,想把我的蛋白用gromacs做一下动力学实验。但是我生成的pdb文件在gromacs中生成拓扑文件时(pdb2gmx),总是出现fatalerorr.想请教一下,sybyl导出的pdb文件要怎样才能在gromacs中做实验。...
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求助:下载的PDB文件是单体,怎样可以得到三聚体结构?

chuxiao9299
如RCSB上,PDBID:1TNR,是TNFβ和受体蛋白的复合物。下载的PDB结构是1个配体和1个受体的复合物。'https://www.rcsb.org/3d-view/1TNR/1'在3Dview界面可以选择assembly模式unitcell,结构显示为...
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lammps,reaxff力场分子可视化问题

2OLEGEND
各位老师好,本人是使用lammps中reaxff力场计算含能材料(只由C,H,O,N四种元素构成)高温热分解的,如何才能实现分子可视化?输出的trj文件,在VMD中也打不开,但是输出的xyz文件,可在mercy软件中打开,里面是某个时刻体系内所有分子的结构图,...
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为什么Pymol做出来复合物interface部分是空心的

lirenke0324
如图,一个抗体抗原复合物,其中一边用cartoon,一边用surface来表示,我做出来surface部分是空心的,而文献中是实心的,我怎么才能做出文献中的样子??谢谢。空心.png
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如何用materials stadio 计算单个分子体积?

太阳下的撒旦
请问如何用materialsstadio计算单个分子体积?图中具体是如何操作的?QQ截图20180209102702.png
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MS在高性能计算平台的使用

dx992348156
各位前辈好,请问各位前辈,校外的网可以用学校的集群算东西(我在家想用学校的集群算MS上建的模型),如果可以的话,我需要怎么做?谢谢!
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有没有分子模拟的网络培训课堂

笑得开心
想报个班学习分子模拟,有没有那种网络视频班的?
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求一个计算径向密度分布函数的脚本

estellalzy
找了好久只看到大家都说有有有,然而我并没有找到。。请求好心人,官方论坛也木有找到大家新年快乐不经常玩不会金币,过年了发个红包吧
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这个program谁用过

超级小小龙
感觉没见过这个程序啊,第一反应是流行音乐。。
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ms软件怎么模拟分子堆砌密度或自由体积啊

aa72012
有没有教程,具体操作啊,或模拟自由体积
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求助碳酸钾的晶体信息

wangyanlin41
求助单斜晶系六方晶系碳酸钾空间群,晶格常数,原子坐标等建模需要的信息,谢谢[Lasteditedbywangyanlin41on2018-2-19at08:54]
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