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gromacs无法识别ATB网站生成的小分子拓扑文件,请问怎么修改?

rppyy
请问各位老师,ATB生成的小分子拓扑文件,在添加抗衡离子的时候,现实无法识别原子类型,我也下载了ATB网站的GROMOS54A7_atb.ff,请问该怎样修改力场文件??纯小白一枚,恳请老师能说详细一点
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震惊!!!!!MS, forcite跑完dynamic之后,出现这种奇怪的现象,求解决

jibin93
如图所示,为什么会出现这么长的棍子,怎么消除掉,是参数设置的不对吗?求大神解答!!!zzz.png
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win10安装material studio最后一步许可证安装出现问题

m4040119
win8安装时没有问题,但win10重装了好几次都出现许可证不能载入问题,说是权限问题,win10怎么打开安装权限啊?
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有朋友会用MS建模吗

赵赵赵赵zwl
我想用MS建CTF-1的模型,我没有教程,请问有朋友会吗
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Lammps小白求助

dzf12
各位大佬,我个人原先是搞工程热物理的,由于老师接了新项目换课题了,转行到材料的分子动力学模拟,一点基础都没有,我该从何学起?该如何快速上手lammps?请各位大佬指点迷津。
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MS怎么构建包含2个水分子和1个钠离子的珠子

123hahaha321
我选中钠原子后看到charge显示为1,同时forcefieldtype显示为Na+,这不是代表我已经构建出了钠离子。另外可以用forcite求解这个珠子的溶解度吗?
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求助material studio

994854007
求助materialstudio中的gulp模块中的调用服务器问题,只能使用一个核数,不能调用多个核数,求大佬帮忙解决下,谢谢谢谢
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力和速度的单位问题

心酉所属
MS里施加力的时候发现单位是kcal/mol/Å,换算过来是N/mol吗??设置速度的时候发现单位Å/ps,换算过来是m/s吗?还请大佬不吝赐教!!
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LAMMPS新手快速入门

ktwyw
分享一份自己课题组的内部资料,给零基础正准备学习LAMMPS的同学快速入门用。
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MS模拟计算式,是用单胞还是超晶胞

南至善
有知道的大神吗,利用单胞和超晶胞计算有什么区别
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YASARA对接-受体蛋白准备

chemstudent
从PDB下载了一个蛋白结构,但是PDB文件的蛋白结构本身含有小分子配体,我准备对接一个其他的小分子,请教各位大神,原来这个配体怎么去掉,是直接delete吗?还是要设置一些参数呢?谢谢
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分子动力学计算均方回转半径

这只小铆锚
跑分子动力学计算均方回转半径的时候,跑的步长足够长,但是均方回转半径就是不能稳定在一个值左右,计算平均值也不符合与链长0.6的标度指数。链长越长,偏差越大。(链长分子数20-120)这是为什么。
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MS中遇到的扩散问题

Tracy民工
我做的是气体在分子筛中的扩散问题,有几个关于Forcite中dynamics扩散的问题纠结了很久,请教大家。1.做扩散模拟时的平衡步和弛豫具体是如何实现呢?弛豫就是不固定分子筛,跑一下扩散吗?2.平衡步时间是加在总时间里面吗?算出总时间的MSD,再抛去平衡步时...
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扩散计算前分子怎么放

m825837524
请问一下,ms做孔道扩散时,分子是用fixpressure吸附进去还是fixloading,看文献中很多直接loading的,那分子数目怎么确定
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怎样用forcite画(分子间)!径向分布函数

北城_别
看别人文献里径向分布函数的横坐标r的单位为nm,而在MS8.0中的forcite的RDF的横坐标却是A,而且最大只能设置到1000A(10负三次方nm)这明显是不对的,请...
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小白问题 用Gaussian优化DMF分子 为什么每次结构都会算崩

量子学徒
小白问题用Gaussian优化DMF分子为什么每次结构都会算崩,C和O两个原子会贴到一起,inputfile如下:%mem=120000MB%nprocshared=28%chk=DMFQs.chk#opt=(cartesian,fine)scrf=(cpcm...
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lammps模拟拉伸

小解是也
用lammps模拟拉伸时,拉伸方向长度不变,出现“拉不动”的现象,下面是in文件,不知道问题在哪,边界条件为pps,z方向为拉伸方向。read_restartrestart.previous.2100000#——势函数pair_styleeam/fspair_...
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vasp计算分子动力学,使用VMD做非晶的径向分布函数(rdf),但是最不归一

suncoffee
下面是我用VMD作的图,到了那个距离直接就下降为0,不知道其中的原因。网上查是说可能是截断半径太小了,但是VMD哪里可以设置截断半径嘞?初学VMD,多谢各位的指导了。QQ...
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Medea软件求助

limingxia925
请问有哪位虫友有Medea软件的安装包或是有相关学习群?可以分享一下吗?在这里谢谢大家了!
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硕士做分子模拟很难毕业么?

滑行轨道
为什么上一级的学长们都这么说啊!好恐慌啊!
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MS中Forcite模块几何优化问题

diyuli
有人做Forcite模块不?有个问题请教一下。使用Forcite对一个周期性的矿物晶胞进行几何优化,选择不同力场还是出现晶格常数变化巨大的情况,而文献中则差异较小,请教一下是哪里的问题?或许可不可以对周期性晶胞使用其他模块比如Dmol3模块进行几何优化后再进行...
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求推荐用MS做材料模拟易中的SCI期刊

18320
本人刚开始用ms做材料模拟,初步完成一些模拟后写了篇英文文章,内容不是很深入,求大神推荐容易发表的sci期刊。
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有没有志同道合的做药物设计的朋友

hnzyyfkr
sybyl,薛定谔,moe都用过,但是感觉还是有很多地方不太懂,有没有大神,或者爱好者,我们一起研究,共同进步,私信吧
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材料模拟及分子动力学技术应用与实操

初心_yang
一、微观、介观模拟概述和模型搭建(1)分子模拟介绍及其在高分子材料中的应用实例讲解;(2)高分子及碳材料(碳纳米管、石墨烯等)增强高分子材料模型搭建方法及技巧;a.高分子无定型模型的搭建方法;b.高分子共混物复杂模型的搭建方法;c.碳材料(碳纳米管、石墨烯等)...
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巨正则蒙脱卡诺方法

风尽二十一
用sorption里巨正则蒙脱卡诺方法模拟是怎么确定平衡步数和生产步数?
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离子吸附自由能计算方法求助

东隅已逝~
本人想计算离子与碳管(或其他材料)发生吸附的自由能大小(或自由能势能面),求做过相关计算或熟悉的大佬指导方法,不胜感激!(细致辅导有偿)
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声子色散关系图求助

994854007
通过ms中gulp模块计算得到了声子色散结果数据,但是数据量太大,怎么能够通过别的软件去画图,求大神指导
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MS构建MOF周期性结构

MCQ888
我想利用MS构建一个MOF结构,实验上做的配体是对苯二甲酸,金属是铁,该如何构建周期性结构。
分子模拟
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lammps使用velocity方法进行石墨烯拉伸

lupei努力
最近使用lammps做石墨烯之字形方向的拉伸模拟,按照网上各种资源设计了自己的in文件,一直出现拉不断的情况,边界原子键角已经很平了,可是就是不断裂。应力已经到了170gpa,应变到了0.3还没断。我看很多文献之字形的理论抗拉强度是120,GPA,130GPA...
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