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Hotspot wozard 3.0 教程

17363392860
请问下,有人用过hotspotwizard这个在线软件吗?预测蛋白氨基酸突变的
分子模拟
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请问在win10安装lammps出现这种情况怎么处理

莫名的?
请问在win10安装lammps出现这种情况怎么处理
分子模拟
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请问非晶合金中结构的团簇配位数能刻画团簇的密堆效率吗

魏明天
请问非晶合金中结构的团簇配位数能刻画团簇的密堆效率吗
分子模拟
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关于计算界面张力

G20198162
我目前在计算油水界面张力的时候遇到了一些问题,计算出来的界面张力波动很大,跑了1nsNPT和0.5nsNVT,具体的设置如图。希望有大佬指教,有偿,本人q12398421...
分子模拟
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金刚石热导率模拟NEMD与EMD的值相差很多

Xxxinn
有没有做过金刚石热导率模拟的伙伴或者前辈呢?想请教一下,为什么用相同的Tersoff势函数,模拟相同的金刚石体系,NEMD方法模拟的热导率只有100多W/mK,而EMD模拟的热导率就有1600多W/mK(T=300K)呢?目前数据处理上暂时没有发现问题,有没有...
分子模拟
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热力学计算软件

雨后春笋!
跪求,可以计算热力学的如见及教程,如焓变、吉布斯自由能等,各位大神江湖救急啊
分子模拟
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可以用autodock模拟共价结合吗,可以的话分析还是看结合能吗?

napatn
刚接触MD模拟,需要做一个硅烷和蛋白发生化学键合的实验用MD分析,我看到说autodock可以用来做共价对接,如果可以的话,结果又怎么分析呢?是看结合能吗
分子模拟
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如何计算有机分子和水之间形成的氢键沿Z方向的密度分布?

得意忘形21
体系由有机分子和水组成,如何计算有机分子和水之间形成的氢键沿Z方向的密度分布?
分子模拟
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急求坐标转换方法

傅晓童
做纤维素模拟时,在网上下载了一个cif文件,想从里边提取出纤维素的分子坐标,由分数坐标转换成卡迪尔坐标,怎么转换?可以由cif文件直接转换吗?看了好多方法好像是需要自己写公式,然后编程去实现,请教各位有没有好的方法可以传授一下!跪谢!
分子模拟
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求助,在做NaCl颗粒吸水问题时,NaCl会在空间中移动的问题

蓝白猫
求助,在做NaCl颗粒吸水问题时,NaCl会在空间中移动,应该如何固定呢?我想过用setforce去消除固体得受力,但是似乎不行,可能是因为setforce是消除所有力,...
分子模拟
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搞模拟的毕业可以干啥?

shizenan
大半夜越想越没出路。这可咋整呢
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分子动力学模拟中的相互作用能

ty_唐
为什么我跑完动力学算出来的相互作用能量达到了几万KJ/mol,最低的时候也有七八千……求各位大神指导下,能量在多少范围内是合理的?(计算公式:E总-Ea-Eb)
分子模拟
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分子的模拟与实践

嘟嘟不吃糖
分享《分子的模拟与实践》
分子模拟
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无机卤素钙钛矿材料CsPbBr3和CsPbI3的经验力场(势模型)

oxox6085
有对利用分子模拟研究无机卤素钙钛矿材料CsPbBr3或者CsPbI3感兴趣的同学,可以使用以下这个简单的模型试一试(lammps的格式):CsPbBr3:groupCstype1groupPbtype2groupBrtype3mass1132.9mass220...
分子模拟
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请问pymol软件可以展示出蛋白的亲疏水分布吗?

huozhongxing
如果可以,怎么操作呢?想看蛋白三级结构中亲水疏水是如何分布的,谢谢!
分子模拟
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Ds对接时显示配体有问题

17363392860
CDOCKER对接时,有时error就是Addedhydrogentoligand,对配体进行prepareligand以后对接显示error:Norefinedpose...
分子模拟
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MS菜鸟想请问一下

欧阳肥肠
建立晶胞的时候那个Entergroup是怎么选择的呢
分子模拟
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lammps学习交流

芥末酱的忧伤
请问大家lammps能模拟金属与非金属之间的界面问题吗
分子模拟
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招收博后~分子模拟~风味研究~工作地点北上广~自由度高

naughtydog
广州大学昆虫食品创新团队与上海交通大学食品风味创新团队联合招收博士后'https://mp.weixin.qq.com/s/BeftK_rG1M5f1ZqHtHx8Tw'一、招聘生物、化学、生理、生化、传感、神经、分子模拟、食品风味相关学科背景的海内外博士。二...
分子模拟
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LAMMPS建模后无法熔化是为什么?

cuiziqi
请问各位大佬一个问题,我在用LAMMPS建了一个三元合金球形颗粒模型之后,给它加热到3000K他依然没有怎么熔化,这是为什么?同样的合金势函数,如果是一个立方体系,它在2...
分子模拟
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有偿求一份Lammps 计算气液,或液液体系,界面张力的 in文件, 请私聊。谢谢

cqhMD
我想用Lammps求气液,液液的界面张力,公式是这个公式:tension=1/2(Pzz-(Pxx+Pyy)/2)Lz.尝试过多次,始终得不出正确结果。求帮助。谢谢
分子模拟
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MS 怎么打开高版本的文件

ngulcy
如题,网上下了个文件,但是文件是高版本的,我的MS版本比较低,除了下载高版本的MS软件,大家还有什么办法么?
分子模拟
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南科大生物系MD simulation博士后职位空缺

shunsunsun
南科大生物系MDsimulation博士后职位空缺,有兴趣的下面回复即可。
分子模拟
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voronoi计算数据

关关雎鸠113
lammps计算出的voronoi数据中原子体积很大,有2910.6的数值正确吗
分子模拟
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Materials Studio中Forcite模块版权求助

化工悠悠
请问哪位朋友有MaterialsStudio中Forcite模块版权,本人普通高校老师,由于论文中用到这个模块,但是所在学院没有这个版权,希望可以挂名,谢谢。(只是论文中一个小的验证部分,不是论文主体部分)
分子模拟
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lampps分子动力学过程如何设置合理的步数

hnu_wjl
lammps分子动力学中,对于特定体系,对于一个确定的问题,我们应该如何设置跑多少步呢?有什么可以借鉴的经验吗?求指点
分子模拟
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跪求mac版pymol软件!

18396855208
谁有mac版pymol软件,万分感谢
分子模拟
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不定形聚合物密度变化

30562027
不定形聚合物,密度可以有很大范围的变化,系统优化后怎么才能查看密度变化呢?
分子模拟
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SPARTA基于蒙特卡洛的模拟软件,大家有用的吗?交流交流啊

smiling458
最近在安装这个开源软件,怎么都不成功,有没有熟练的老哥,帮帮忙,另一做什么大家也可以互相交流,取长补短。
分子模拟
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建立qsar模型,为什么训练集化合物数量不应过多?

SunRuikang
《计算机辅助药物设计》指明,“用于构建方程的训练集最好不要超过50个化合物”。个人认为,训练集化合物数量越多越好,像是过拟合等问题,应该从算法找原因,不是训练集过多的问题。为什么qsar的训练集不能过多?谢谢同好们!
分子模拟
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