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parallel_studio_xe_2019_update1_cluster_edition.tgz

啦啦shan
求助安装包parallel_studio_xe_2019_update1_cluster_edition.tgz
分子模拟
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Autodock分子对接要多久时间啊

well9103
我使用遗传算法其他全是默认值(run10次吧)来进行分子对接,用的电脑是4000块的笔记本电脑要跑多少时间呢?因为我已经跑了大概8个小时了。
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CASTEP模拟1,2,4-三唑在Fe(110)表面吸附问题

空景七路
看文献,大多杂环缓蚀剂在铁表面的吸附,平行吸附比垂直吸附更好,但是我的模拟计算刚好相反,想请问各位大佬,我是哪里有错误才导致这个结果吗?
分子模拟
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新手提问①:晶格常数

以心画眉
特定一直材料的晶格常数应该是确定的,在哪里可以找呀,晶体点阵类型应该也是确定的叭?
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lammps模拟聚合物使用amber力场如何设定力场参数和建立data文件

莹儿的老牛
目前有人教我用msi2lmp建立data文件但是这样子虽然能够得到键,角和二面角的信息然而相关力场参数全都是0最为关键的力场参数怎么设定呢?求高手指教,先谢过了
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3DQSAR pharmacophone generation

药剂学4398
基于TF抑制剂,课题组做了24个生物碱类,12个黄酮,10皂苷,这些化合物可用于构建3D—QSARpharmacophone么?
分子模拟
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新版本Pymol2.5安装教程及安装包

lihong9639
前言pymol是一款由python语言开发的开源的分子三维结构显示软件,被广泛运用于科学研究与教育领域,现由schrodinger公司提供技术支持。可从官网直接购买pym...
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求助,关于Hexagonal Close Packing(HCP)结构建模

leighcl
想建立一个HCP结构的模型,但是代码不太会写。哪位虫友,可以共享一小段构建HCP结构的代码吗?不胜感激!
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MS分子动力学模拟出来的吸附能和吉布斯吸附能有何区别?

番茄龙利鱼
做缓蚀剂吸附,实验数据拟合得到langmuir吸附曲线,得到缓蚀剂的吉布斯自由吸附能。这个能量和用ms分子动力学模拟出来的吸附能有什么区别吗?都叫吸附能
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sorption 分子筛吸附有机分子模拟

ngulcy
在sorption中我用了fixedloading然后出来的结果好像是以吸附的有机分子的电子云形式展现的(如图圈出部分)。我想问能不能以吸附分子的结构显示(如图绿色的那部...
分子模拟
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锂离子在石墨中扩散

莱克芙拉沃
我想请教一下lammps建模时如何设定原子数目(例如c原子180个),有二层石墨,锂离子每隔10ps进入一个,共17个。有没有大佬能够帮助下萌新。。。
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material studio模型导出到lammps的data文件

笔逆流年
我采用materialstudio构建环氧树脂和碳纳米管的混合模型,在做结构优化时,碳纳米管似乎只能使用compass力场,但是lammps自带的msi2转换data文件时,不支持这个力常而使用atomsk转换的话,我得到的只有原子坐标,没有键角信息,所以想请...
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xtd最小能量构型的寻找

ngulcy
请问一下大家,我用forctieanalysis模块中的potentialenergycomponents分析是不是得到的最小能量。我个人认为最小能量是总能量,但是和势能有什么关系。。。感觉有点迷
分子模拟
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log.lammps文件无法在VMD中打开

赤鱼7
我用的是VMD1.9.3,Windows系统上运行输出一个log.lammps文件,拖到VMD中总是显示unabletoloadmolecule有大神知道怎么办吗。即使我改成了log.lammpstrj也不行。
分子模拟
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Materials Studio求助

朝阳123321
我在运行MS中Modules板块的Blends板块时,强行关掉了运行程序,然后就显示下图的问题,请问这个怎么解决呀
分子模拟
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求助:Forcite模块里没有Ewald选项

yangy9310
最近在用MS,文献里别人在Elecrostatic和vanderWaals部分采用的是Ewald,但是我的软件中没有这个选项,请问这是什么原因,求各位帮帮忙,谢谢!
分子模拟
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利用msd求扩散系数出错,望大神告知

迈奎恩特
出现下面的错误,怎么解决,希望遇到过类似情况的告知一下如何操作,赶集万分
分子模拟
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小白一枚,autodock对接时出现了问题

0____O
图一是出现的问题,toofewvaluesreadin,后面是我的maps文件,是我设置的参数有问题吗。。。请问怎么解决呢,救救救
分子模拟
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蛋白稳定性设计使用哪个软件分析比较好?

627455987
请教各位,蛋白改造小白一个,最近想做蛋白的热稳定性改造,不知道哪个软件好上手一些,且认可度较高的?谢谢
分子模拟
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大神帮我看看这个结构怎么画

莫名的?
我自己有画,但是感觉非常不标准的那种,哪位大神教我一下(图片不知道为啥发不上来)放在评论里面
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GULP拟合Buckingham力场问题求助

klatios
新人刚上手GULP,在拟合Buckingham力场参数的时候遇到一些问题,烦请大家帮忙看看,多谢!1我在输入文件里设置了每种原子的电荷,但是力场参数的初始设置只有buck形式的,如下:buckLicoreLicore270000.000.1430000.000...
分子模拟
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autodock分子对接

rll3502063
有谁遇到过在运行autogrid的过程中出现下图这种情况是什么原因吗?捕获.PNG
分子模拟
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DS对接后的蛋白和小分子无法另存为一个复合体文件,求助!!!

威少一条龙
从PDB下载的6MJY,蛋白结构和小分子在一组,可以进行后续的动力学处理。自己做的分子对接后,把蛋白结构和构象较好的小分子一起保存为PDB文件,打开后为两个model,用...
分子模拟
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Materials studio

风尽二十一
请问下Sorption模块里,分子见作用力截断半径设置不超过最小晶胞线长的一半,这个晶胞指的是所有晶胞类型吗?还是只指正方体或长方体这种三个角都是90度的
分子模拟
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有偿重谢,Lammps, 之后怎么计算有序参数的问题

cqhMD
大家好,想请问一下怎么计算有序参数(orderparameter),我想计算CO2的有序参数,计算公式是常用的:S=1/2<3*cos(theta)^2-1。我是只需要lammps输出xyz文件,还是其他的文件,之后再用程序计算S,求指教。如果能提供代码...
分子模拟
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Material Studio关于吸附的模拟应该怎么入手

shifei313
本人最近想做吸附相关的,就是用吸附剂在溶剂里吸附离子之类的,可本人从未接触过相关内容,也不是化学材料专业的,自学了一个月的分子模拟理论和MS的基本操作,但是仍然感觉没有入门,想请区内大神提出指导意见,最好可以私下交流,谢谢!
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基于Linux系统下GULP做分子模拟

LSY吖哈哈
各位同行大家好,刚打算做GULP分子模拟,入门好难啊,有没有做过的科研指点一下啊拜托,GULP做分子模拟的输入文件怎么做呀?非常感谢非常感谢解答
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MS跑分子动力学

qiangpu142
请教一下我用MS中forcite模块做分子动力学模拟NVT和NPT的仿真时间都设置多少?NVT我设置的1000ps,NPT我设置2000ps
分子模拟
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forcite 结构优化分子筛

ngulcy
请问一下大家,我建好孔径为6nm的分子筛模型(超胞8*8*1),用forcite作结构优化出错,返回报告里空白,什么都没有。大家知道问题在哪么?此外,我用相同的方法建了1...
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