小木虫

本人MS新手最近在模拟hitec盐的径向分布函数但是423K的径向分布函数的峰值比文献上的小这要怎么办呢？求大神么帮帮忙

可代做蛋白-小分子体系分子动力学模拟，schrodinger分子对接等,除提供结果外，可提供对接参数设置以及优化过程。对少于100个分子的分子对接，可提供至少两种以上分子对接软件（薛定谔+MOE或Autodock）的对接结果，以提高可信性。另：单纯只是感兴趣的...

各位老师，我用lammps设置了一个区域，先在区域里塞一种原子，然后再向这个区域里塞另一种原子，这样会不会有产生两种原子坐标重合的可能性？十分感谢

分享：生成小分子力场TOP（ITP）：使用ATB网站（原文链接：'https://mp.weixin.qq.com/s/YTGpwmkrBpCTbOPDXlOGbA'）在ATB网站生成itp文件之前，需要注册一个ATB账号，该网站主页为：'https://at...

请问有虫友，懂分子动力学模拟的吗？做了一种材料，想做下模拟，谢谢

lammps新手想问大家怎么得到粗粒化的聚合物data文件？是输入全原子的data文件，然后通过lammps的命令粗粒化，还是直接用别的软件建模，直接输出的就是粗粒化后的data文件？

大家好，最近在做镁金属对有机物的吸附，在做分子动力学的过程中发现用COMPASS/COMPASSII力场竟然找不到Mg,只有Mg2+和MgO.但是查了官方数据后发现COMPASS力场里是有Mg金属的。请问这是什么情况呀？我用的是MaterialStudio20...

实验室有两台工作站，cpu相同，均没有gpu，只有内存差别，一个256g，一个384g，但是我在两台机器上计算一样的模型速度差别很大，内存高的快很多，但我看计算时，内存占用率并不高，cpu占用率都是一样的，是什么原因呢？慢的那台是不是安装gromacs的时候哪...

一、Lammps基础与原理MD模拟的基本逻辑思路Lammps软件学习框架Lammps研究的几方面重要资源二、In文件的基本逻辑框架、基本命令三、Lammps建模与进阶四、用Lammps模拟具体物理问题（应用中存在的问题）五、用Lammps输出研究所需要的数据信...

求discoverystudio4.5的安装包及安装教程

非正版的schrodinger缺了好多模块，还有啥软件好用?

请教大佬们，如果用非平衡分子动力学计算热流时可以在nve和nvt联合下统计热流吗？之前用朗之万热浴统计过，但是看文献也有人用N-H热浴下统计热流，请问是否也可以？

没想好怎么说，真的是想交流交流粗粒化思想，建了个企鹅群1154289342，我是最近也才开始做高分子的，希望能够和各位虫友，前辈们多交流交流，祝大家能够早日毕业，早日中基金，早日奔小康吧，也不知道我这个宣传有没有力度

大家好！我想攒一台GPU工作站安装AMBER20和DS用来进行分子模拟研究，看了版块里的帖子和网上的信息，打算买一块新出的RTX3090来用，现在新出的amber20还有一部分工作需要CPU并行运算，DS应该是没有GPU的版本发行，想请教大家CPU要如何选择呢...

求教，我在MS里建了烷烃分子模型，用msi2lmp工具转换为data格式后导入lammps，结果出现了“bondsdefinedbutnobondtypes”问题，我感觉data文件没什么问题呀。网上相关的信息有点少，之前也碰到了类似的问题，但一直没解决，da...

上海交通大学食品风味创新团队招收博士后//与广州大学昆虫食品创新团队联合招收博士后'https://mp.weixin.qq.com/s/BeftK_rG1M5f1ZqHtHx8Tw'一、招聘生物、化学、生理、生化、传感、神经、分子模拟、食品风味相关学科背景的...

各位老师，大家好！想请教大家一个问题：退火动力学Annealdynamics和淬火动力学Quenchdynamics各有什么优缺点呢？我想模拟的体系是：寻找一个特定添加剂分子在特定晶面上的最佳吸附位点。应该用退火动力学更好，还是淬火动力学更好呢？还望各位老师不...

MS软件Forcite模块做分子动力学计算，报错“Thejobhasfailed.Downloadanyresultsgeneratedsofar”。大神指教这是什么原因？

Sorption模块在通过吸附等温线计算溶解度系数时，纵坐标的单位转化问题。percell如何转化为cm3/cm3我再网上看转化成mmol/g时，是除以吸附剂单胞分子量，再乘以1000。请问除以的吸附剂单胞分子量具体是什么？（是吸附剂的相对分子质量吗）我计算的...

请教一下，计算界面导热系数，想通过scalevelocity的方式施加恒定热流，不知道应该用什么命令，这个方法是lammps源文件example里的HEX例子吗，还是别的方法？MD新手，望多包涵！谢谢～～

求甲烷在PAF中吸附的输入文件（吸附温度298K，吸附压力0.01kPa～100kPa）