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求助,RASPA新人,求输入文件

刘杰庆
求甲烷在PAF中吸附的输入文件(吸附温度298K,吸附压力0.01kPa~100kPa)
分子模拟
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lammps如何实现耗散粒子动力学控温

TW九九
想问下lammps如何采用耗散粒子动力学控温方式,nvt、npt这种好像都用的Nose-Hoover控温,我看了几个关于dpd的命令感觉都不是。微信图片_20201111160502.png
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Materials studio中DMol3计算

Lurgi
请问,materialsstudio中进行Dmol3计算,点击calculation就弹出,关键词不在字典中,点击run,叉掉DMol3计算框后又显示未将对象引用设置到对象的实例,这个应该怎么解决呢?还有计算不同分子模型,得到的.COSMO文件数据感觉都差别不...
分子模拟
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分子模拟小白求助

贝莹
研一刚接触分子模拟,对此要用的系统Linux不太熟悉,对lammps也不太熟悉,真心想学习,求各位大牛兄弟姐妹们给个零基础入门到进阶的学习方法,拜托拜托
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MS 求助!氢氧根离子电荷分布不对

clyrem
大家好,我请教个问题,关于电荷分配的我在画氢氧根离子的时候,明明已经分配好O为-1,H为0了,为什么用minimizer能量最小化以后的OH变成电中性了?有大佬能给解答一下吗,不胜感激急求好心人给解释一下
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gromacs分子动力学模拟视频教学

wyangdao
本人有相关gromacs分子动力学模拟视频教学,有需要的私聊!
分子模拟
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NPT以后产生不了轨迹文件是为什么

欧阳肥肠
大佬们,为什么我跑完NPT系综以后没有产生轨迹文件,但是在其他电脑上又可以,而且输出文件也显示我的晶胞变小了,可是我就是找不到轨迹文件在哪,请问大佬这是为什么?0194bf1be565a8d84a2b842ef61a032.png48d861fcf9a09ef...
分子模拟
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专业实验室,可做模拟计算

iiye5193
您只需一个电话,剩下的交给我们微信:13811269632(同电话)QQ:19217784521.电镜技术:SEM,TEM,FIB2.形貌分析:表面,内部,三维3.样品制备:SEM制样,TEM制样,EBSD制样,金相制样4.力学性能:常规力学,试样加工,纳米力...
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分子动力学模拟-均方位移

朝阳123321
分子动力学模拟后计算药物分子的均方位移,但是勾选参数时frames选不了,完成不了分析,如图,望大神告知。[Lasteditedby朝阳123321on2020-11-1...
分子模拟
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分子动力学模拟-均方位移

朝阳123321
分子动力学模拟后计算药物分子的均方位移,但是勾选参数时frames选不了,完成不了分析,如图,望大神告知。[Lasteditedby朝阳123321on2020-11-1...
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AIMD 第一性原理分子动力学

3293366780
计算方法后处理程序包括pcfcnvoronoimsdbpaqq1932426689
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VMD程序win版安装失败

JC_YAU
新手入门,在官网下载了win系统的VMD1.9.3,安装时出现了如图片所示的问题。尝试过安装其他版本的也是这个问题。在网上搜索了好久都没有找到解决方法。求大佬支招
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有真空层的结构,lammps怎么计算deform剪切后的剪切应力

Ice_TeaZ
结构在x和z方向加了的真空层,进行了deformyz方向的变形并固定了边界的原子用nvt优化,通过thermo_style输出的pyz要怎么处理得出对应的yz方向的切应力?我与不加真空层的结构进行了对比,发现输出的pyz大小差不了多少,所以上述的pyz是否可以...
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lammps中package包的后续安装错误

libei924
Lammps已经安装完成,但现在在运行in文件时,一些命令需要的package并没安装,怎样后续安装???自己在src文件夹内输入makeyes-MANYBODY,虽然显示安装上了,但在使用命令时仍然显示是未知的style,哪位高手会????小弟求助了
分子模拟
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为什么我的模拟结果原子不动

TW九九
unitsmetaldimension3boundaryffpatom_styleatomicneighbor2.0binneigh_modifyevery1delay5checkyesregionboxblock016901680400create_box2...
分子模拟
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lammps中气液表面张力计算,得不到稳定的结果

dbsydxdm
想问下大家,我想要计算气液表面张力,模型为气液气盒子。将z方向分块,使用ave/chunk命令输出每块法向力和切向力的差值rk最后加和得到表面张力,但是在气相和液相区域的切向力和法向力波动比较大,特别是气相。该怎么得到稳定的表面张力值?还有就是得到每块的str...
分子模拟
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autodock配体结构化学键错乱

笔冰河
使用autodock进行分子对接使,打开的配体结构化学键错乱(如下图),但在pymol和chimera里面打开是对的,请问是什么原因呢?求助各位,非常感谢!
分子模拟
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lammps中的package包的安装

libei924
在装好lammps之后,后续需要用到一些package包,比如MANYBODY,这该如何安装呢
分子模拟
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Amber MD生成体系的力场参数文件不成功

shuigezhi
如下所示,在AmberMD生成体系的力场参数文件不成功saveamberparmcomplexNIT101-SUB.prmtopNIT101-SUB.inpcrdCheckingUnit.Warning:Thereisabondof3.731338angstr...
分子模拟
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求外文书籍Computer Simulation of Liquids 的最新电子版

yidulan51
图书作者:MichaelP.Allen图书标题:ComputerSimulationofLiquids出版社:OxfordUniversityPress出版日期:2017-8-22书籍页数:640书籍格式要求:PDF且可复制ISBN码:978019880320...
分子模拟
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如何利用MS计算水的自扩散系数

ocbrother
各位老师和科研兄弟姐妹们,我想用MS计算水的自扩散系数,但是算的值一直比实验值2.39e-9大两倍左右。计算方法如下。1.Amorphous建立含有500个水分子的体系并进行geometry优化,2.NPT系综,COMPASS力场,控温veolicity-sc...
分子模拟
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求用于ms的clayff力场文件

18320
本人分子模拟入门,目前正在做黏土矿物的模拟,求助用于materialsstudio的clayff力场文件
分子模拟
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上海大学诚聘材料模拟方向博士后(35万起)

tuly
1、研究方向:微电子材料;光化学反应;有机光电材料和器件;共价有机框架材料。2、岗位职责:进行多尺度模拟和材料性质的计算;进行论文的撰写和项目申请;协助指导研究生和实验室管理工作;完成合作导师、博士后流动站、学院和学校规定的相关科研、学科建设等任务。3、薪资待...
分子模拟
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双一流高校杰青团队的计算模拟方向今年招博士生1-2名

franch
双一流高校杰青团队的计算模拟方向今年招博士生1-2名,本小组致力于各类无机材料、矿物材料的结构模拟、以及新型矿物材料的微观结构调控和设计,主要涉及无机材料、层状材料、纳米材料、功能材料等,具体研究内容分为两类:1.利用castep、dmol、vasp、dftb...
分子模拟
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Forcite如何避免局部能量最小化

18320
请教各位大神用Forcite进行几何优化时比较合理的步骤是什么,怎样才能避免陷入局部最小化呢?
分子模拟
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新手入门lammps

微笑nlt
新手入门lammps有什么建议吗?目前很懵,查了很多资料软件还是安装不好。
分子模拟
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上海大学招收材料模拟方向博士研究生(2021级) [封贴]

tuly
诚招2021级材料模拟方向博士研究生,热忱欢迎青年才俊加盟。1、研究方向:微电子材料、光化学反应、有机光电材料和器件、共价有机框架材料等的仿真模拟。涉及理论方法:量子化学、分子动力学、蒙特卡洛、机器学习等。2、招收要求:对计算模拟具有浓厚的兴趣,在材料模拟、程...
分子模拟
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冰块在阵列碳纳米管表面受拉脱附过程和最大黏附力的LAMMPS分子动力学模拟

luyaobao
提供一个in文件和data文件使用LAMMPS采用TIP4P/ice模型模拟冰块在阵列碳纳米管表面的脱附过程并输出黏附力随时间的变化从而得到最大黏附力。冰块所受拉力通过施加一个向上的逐渐增加的均匀加速度场实现。冰块和基底之间的相互作用强度(润湿性)可调节。结果...
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多体耗散粒子动力学(MDPD)液体表面张力的LAMMPS模拟计算

luyaobao
该in文件采用LAMMPS计算MDPD液体的表面张力,计算公式为γ=1/2∫_(y_1)^(y_2)(p_yy-1/2(p_xx+p_zz)dySampleTexty_1和y_2分别为模拟盒子在y方向的上下边界位置,如下图所示。公式中第一个1⁄2是...
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澳门大学 蔡永青课题组 材料模拟与计算 科研助理招聘

dielectric1
研究助理招聘澳门大学蔡永青课题组招聘研究助理一名(本科或硕士毕业即可,年薪15万澳门币),拥有下列研究经验者优先考虑:1)分子动力学,熟练掌握Lammps等软件;2)相场模拟;3)MonteCarlo计算;4)第一性原理计算。有意向着请将cv发送至'yongq...
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