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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » 基因片段扩不出来 求助！！
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旭旭大将军

银虫 (小有名气)

[求助] 基因片段扩不出来 求助！！ 已有4人参与

本人是提取不同品种的RNA后 ，用TAKARA的反转录试剂盒反转成cDNA，然后用内参检测所有的cDNA质量都很好，但是扩基因片段的时候就出下了问题，我做的是用一个基因扩不同品种的cDNA，扩了大概40个cDNA样品，只有7个扩出来了，其余的扩不出来，片段大小为1780bp，不知道原因出在哪里，所有的条件都一致，这个基因理论上应该都有表达的，求助？？？？可能存在的问题有什么？？

图片是实验中的一部分，marker是2000的，只有一个出了目的片段


最近太慢没登录小木中，3个金币这已经全部的家当了

基因片段扩不出来  求助！！
全长2 2014-05-28 14 时 57 分.jpg
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1楼 2015-06-30 11:23:08
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jiqinger

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
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旭旭大将军: 金币+1 2015-07-02 12:07:12
不同物种，密码子偏好性不同，因而引物也要不同。
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2楼2015-06-30 13:38:35
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wangminggj

禁虫 (初入文坛)
本帖内容被屏蔽
3楼2015-06-30 17:45:31
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wangminggj

禁虫 (初入文坛)
★
感谢参与，应助指数 +1
旭旭大将军: 金币+1 2015-07-02 12:07:19
本帖内容被屏蔽
4楼2015-06-30 17:47:48
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旭旭大将军

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiqinger at 2015-06-30 13:38:35
不同物种，密码子偏好性不同，因而引物也要不同。

我做的是葡萄果实，只是不同品种的葡萄果实提取的RNA   应该不能这么大差异吧？
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5楼2015-07-01 15:15:58
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旭旭大将军

银虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by wangminggj at 2015-06-30 17:47:48
同意jiqinger
还可能基因在不同品种中表达丰度差异大，太低的就扩增不出来...

我做的是葡萄果实，只是不同品种的葡萄果实提取的RNA   应该不能这么大差异吧？   并且这个基因正常在成熟期应该高表达的
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6楼2015-07-01 15:17:03
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54015918

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
旭旭大将军: 金币+1 2015-07-02 12:07:02
有可能反转失败，有可能引物设计问题，有可能PCR的条件体系不对
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7楼2015-07-01 15:28:23
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再见江湖

铁虫 (小有名气)
分段扩吧，有时太长了难扩。

[ 发自小木虫客户端 ]
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8楼2015-07-01 16:10:51
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fMssop

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
旭旭大将军: 金币+2 2015-07-02 12:05:42
以Cdna 为模板就是容易出现这种问题，按照楼主所说的，cDNA质量很好，那么就不会是模板的问题。按照我个人经验，一般1000-1500左右比较容易克隆。
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9楼2015-07-02 10:26:48
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旭旭大将军

银虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 再见江湖 at 2015-07-01 16:10:51
分段扩吧，有时太长了难扩。

1770 bp片段不算大吧
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10楼2015-07-07 08:04:14
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