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duanming123

木虫 (正式写手)

[求助] actin扩不出来?

刚反转录出的cDNA, actin扩不出来,引物没问题,用的是Mix,模板稀释了5倍,RNA质量还行,是不是模板浓度太高了,在稀释做做?大家谁遇到种问题?
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blessed

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
adslye(金币+2): 鼓励交流~祝顺利! 2011-08-14 09:18:40
duanming123(金币+1): 5 2011-08-14 17:10:37
duanming123(金币+2): 2011-08-16 19:52:31
以20ugRNA反转录起始,一般cDNA稀释5-10倍后作为模板进行PCR扩增,大概23-26个cycle就可以。如果Primer没有问题,反转录过程也没问题,那就是PCR不work了,检查PCR所使用的各个组分有没有问题。同时也要确保你的反转录过程是好的。Actin是很容易扩的。
2楼2011-08-14 01:55:43
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qingyuansw20

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
adslye(金币+1): 反转录一般20Ul体系2ugRNA没问题,cdna可以电泳看 2011-08-14 09:20:42
adslye(金币+1): 鼓励交流,cdna跑电泳没意义 2011-08-14 09:22:36
duanming123(金币+1): 5 2011-08-14 17:10:49
1、RNA浓度问题,不知道你测定RNA浓度了吗?一个反转录体系RNA浓度要求在500ng以内。高了不行。超了引物浓度还怎么扩?一般我提出的总RNA,要稀释20倍以上。
2、CDNA没成,建议反转录后做个电泳看下,CDNA电泳一条带。
3、PCR时,内参相当容易出。按着说明书就能出。我分析是你前面的问题。
3楼2011-08-14 08:43:44
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adslye

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
duanming123(金币+1): 5 2011-08-14 17:11:51
看天(金币+2): 鼓励回答 2011-09-09 11:41:39
解决方法:反转录按你的kit说明书做,不同公司体系中RNA的量不一样。PCR设阳性对照。
最可能问题:RNA的质量。你说的质量好包括RNA条带完整,OD比为1.9-2.0 ?反转容易失败很多是酚抽提后去除不完全,导致RNA中酚超标,体现为OD比很低。
4楼2011-08-14 09:26:14
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sp515

铁虫 (初入文坛)

★ ★ ★ ★ ★
看天(金币+5): 鼓励新人回答 2011-09-09 11:41:51
你跑一下CDNA,2ul就行,如果能看到弥散的带,那么反转录就没问题,你重做PCR就行了。
如果是CDNA的问题,你就要看看你的RNA本身有没有问题,可能是降解,也可能是有影响反转的东西,如淀粉、蛋白、残存的酒精一类的东西。如果不是,那就是反转本身的操作不当,或者试剂盒有问题
5楼2011-09-09 08:09:50
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悠游乾坤

新虫 (初入文坛)

我也遇到过同类问题,反转录以后,其他引物pcr有条带,反而actin引物没有跑出条带,郁闷
6楼2011-11-30 08:36:54
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lxmzhj1984

银虫 (小有名气)

RNA的好坏包括RNA浓度,完整性,还有是否有DNA及其它成分污染。本人一般以5ug RNA做模板,20 ul 反转录,结束后稀释到100ul,跑PCR,一般都不会有问题。建议楼主重新测试一下RNA质量好坏。好运!
继续拼搏!
7楼2012-03-29 15:24:46
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