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tinychan

新虫 (初入文坛)

[求助] 基因组DNA做模板扩增目的片段比cDND扩增得到的短 已有1人参与

请问各位大神有没有用基因组DNA做PCR的呀？我根据目的基因ORF进行引物设计，分别以cDNA和gDNA为模板进行扩增，发现cDNA扩增得到的片段居然比gDNA得到的片段还长，这是什么原因呀？我的实验目的主要是通过基因组DNA扩增查看目的基因的内含子和外显子分布情况,但没想到换了几次引物都得到这样的结果，现在不知道该怎么办，请各位大神指教啊~
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1楼 2014-11-05 22:08:42
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)
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基因组为模板的扩增产物测序了吗？也许只是个非目标片段
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2楼2014-11-05 22:10:57
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tinychan

新虫 (初入文坛)
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2楼: Originally posted by stone2239 at 2014-11-05 22:10:57
基因组为模板的扩增产物测序了吗？也许只是个非目标片段

没有测序，我们做的是植物，没有基因组，该怎么设计引物才能提高特异性呀？请指教
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3楼2014-11-06 14:58:54
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
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3楼: Originally posted by tinychan at 2014-11-06 14:58:54
没有测序，我们做的是植物，没有基因组，该怎么设计引物才能提高特异性呀？请指教...

我的意思是你扩增出的产物测序了吗？比对一下，才能知道扩出的是不是你的目标序列。
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4楼2014-11-06 17:45:43
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tinychan

新虫 (初入文坛)
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4楼: Originally posted by stone2239 at 2014-11-06 17:45:43
我的意思是你扩增出的产物测序了吗？比对一下，才能知道扩出的是不是你的目标序列。...

哦，我明白。只是我还想请教一下有没有较好的方法可以通过基因ORF设计引物得到基因组序列，或者说有没有方法可以得到我基因外显子/内含子剪切位置？
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5楼2014-11-06 21:12:13
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)
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5楼: Originally posted by tinychan at 2014-11-06 21:12:13
哦，我明白。只是我还想请教一下有没有较好的方法可以通过基因ORF设计引物得到基因组序列，或者说有没有方法可以得到我基因外显子/内含子剪切位置？...

你明白，倒是说呀，你测序没有？结果如何？一般通过查资料就可知道该基因是否含内含子。实验方法都是用你这样的方法，这就是最简单的方法了。

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6楼2014-11-06 22:54:03
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tinychan

新虫 (初入文坛)
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6楼: Originally posted by stone2239 at 2014-11-06 22:54:03
你明白，倒是说呀，你测序没有？结果如何？一般通过查资料就可知道该基因是否含内含子。实验方法都是用你这样的方法，这就是最简单的方法了。
...

我们没有测序，做的植物的基因，还有基因组的。我是想知道有没有别的办法可以查到内含子/外显子分布情况的？
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7楼2014-11-07 14:11:21
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tinychan

新虫 (初入文坛)
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6楼: Originally posted by stone2239 at 2014-11-06 22:54:03
你明白，倒是说呀，你测序没有？结果如何？一般通过查资料就可知道该基因是否含内含子。实验方法都是用你这样的方法，这就是最简单的方法了。
...

不好意思，说错了，是没有基因组序列。
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8楼2014-11-07 14:32:07
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)
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8楼: Originally posted by tinychan at 2014-11-07 14:32:07
不好意思，说错了，是没有基因组序列。...

我的意思是你把你自己用基因组为模板的扩增结果拿去测序，同时也把你用mRNA反转录的cDNA为模板的扩增结果也拿去测序，然后比较两种方法扩增的片段，可以判断你的基因有无内含子，或者判断你的扩增结果是否正确。
你的基因应该有同源基因吧，看看拟南芥的对应的同源基因有无内含子，也可以初步推测你的基因有无内含子。
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9楼2014-11-07 19:01:35
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