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blodemaster

新虫 (初入文坛)

[求助] 进行overlap pcr,结果不仅没有目的片段,跑胶的条带都比模板长度还短 已有3人参与

最近小弟正在做clone,想通过overlap pcr把两组已经fusion过的基因(两个基因已经连接了)再连接在一起,
pcr也采用了2步法,先将两个模板(每个2μl)(长度都在1.5kb左右)以60°c退火温度,做15个循环
之后加1μl的F,1μ的R引物,再以touchdown(从60-50°c)做10个cycle,最后以50°c的退火温度循环25次
结果跑胶不仅没有目的条带,而且p出来的条带在500bp,和120bp

附:marker用的DM5000
进行overlap pcr,结果不仅没有目的片段,跑胶的条带都比模板长度还短
3-10-(+u)2.jpg
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zhaozhibozhi

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
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kx444555: 金币+2, 鼓励交流 2014-03-11 09:41:42
我是将目的片段纯化后,作为模板,直接以常规pcr的体系和程序进行overlapping;所幸每次均能获预期结果
做一个阳光、开朗的小和尚
2楼2014-03-10 20:57:14
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小尾巴亚杰

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

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gyesang: 金币+3, 鼓励回帖交流经验! 2014-03-31 15:37:23
我overlap PCR的时候都是直接把俩片段,加引物还有酶啊之类的全加进去,直接PCR,每次都能扩出来啊
3楼2014-03-11 09:57:37
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yuting916468

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
blodemaster(gyesang代发): 金币+2, 鼓励回帖交流! 2014-03-31 15:37:32
之前做overlap pcr都是将两个模板pcr纯化后再融合的。片段变小一般都是引物结合的问题可以优化一下。我现在做融合都是用无缝克隆酶,直接在一个基因后面插入一个基因。
4楼2014-03-11 10:34:00
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