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昺昺

木虫 (小有名气)

[求助] 求助-4Kb的基因P不出来

有一个4Kb的基因,我需要把它P出来然后够载体,用cDNA二链为模板,混合酶、rTaq、LA Taq、pfu等酶都试过了,退火温度也做过梯度,还有,分成两段进行拼接的方法也用过,都是P不出来。请各位大虾指点一二,不甚感激!!

[ Last edited by 1949stone on 2012-10-23 at 07:50 ]
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太阳出来,星星要走。
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gwd0312

木虫 (正式写手)

“无冕之王”

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
如果基因片段过大的话,建议分成几段P,然后拼接!
持之以恒、永不放弃!
2楼2012-10-18 10:17:59
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hj890509

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
昺昺: 金币+3, 有帮助 2012-10-18 10:55:04
小丹木木: 金币+1, 鼓励交流 2012-10-18 18:53:37
我们实验室也做一个基因大概4.7kb,刚开始P不出来,后来分成了四段分别P出来后拼接,现在已经做成功了,多试试
3楼2012-10-18 10:45:26
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昺昺

木虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by hj890509 at 2012-10-18 10:45:26
我们实验室也做一个基因大概4.7kb,刚开始P不出来,后来分成了四段分别P出来后拼接,现在已经做成功了,多试试

谢谢指点!那我分成三段也试过,还有,你在做拼接过程中,那些需要特别注意的,比如引物、PCR程序、扩增长度啊等等,我拼接的时候有两段都是1Kb左右,也是照样P不出来
太阳出来,星星要走。
4楼2012-10-18 10:57:56
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吴劲松

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
昺昺: 金币+3, 有帮助 2012-10-18 12:17:46
小丹木木: 金币+2, 鼓励交流 2012-10-18 18:53:49
模板是什么?有没有想办法优化模板质量?
       现在的TAQ酶扩增片段长度的能力有了很大提高,分段扩增显得没有必要。如果你的内参片段能扩增出来,应该尝试直接扩增4KB。分段扩增连来连去很麻烦,是不得以的选择。
生命不息,奋斗不止
5楼2012-10-18 11:39:56
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hj890509

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
昺昺: 金币+3, ★★★很有帮助 2012-10-18 15:23:25
小丹木木: 金币+3, 鼓励应助 2012-10-18 18:54:02
采用的是重叠延伸PCR,有些片段是通过两轮PCR扩增,目的是为了增加重叠区域的长度,例如,  扩增GH片段, 第一轮扩增所用条件和体系为      模板(cDNA扩增后的片段)        1ul
GHu1         1ul
GHd1         1ul
10*buffer        5ul
dNTP         4ul
Taq plus    0.5ul
H2O              37.5ul
GH片段PCR扩增条件为: 94 ℃ 预变性 5min、94 ℃变性30 s、60 ℃退火30 s、72 ℃延伸2min30s、72 ℃最后一轮 10min、进行30 循环 。(GH片段大约为2.5kb)
第二轮扩增条件和体系完全相同,除过模板用第一轮扩增出来的为模板,
  我们刚开始时候也扩不出来经过分析进行调整模板浓度、比例以及PCR条件都摸索了好长时间,之后经过分析之后,问题可能是:①DG片段的浓度过低,于是,重新扩增DG片段,并用少量的TE回收,目的是为了提高DG的浓度。②PCR程序可能需要进行相应的调整。于是,根据实验的结果,对基因片段的浓度进行相应的调整,并对PCR的程序进行相应的改进。即实验——反馈、改进——再实验的过程。
6楼2012-10-18 12:03:32
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昺昺

木虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by 吴劲松 at 2012-10-18 11:39:56
模板是什么?有没有想办法优化模板质量?
       现在的TAQ酶扩增片段长度的能力有了很大提高,分段扩增显得没有必要。如果你的内参片段能扩增出来,应该尝试直接扩增4KB。分段扩增连来连去很麻烦,是不得以的选择 ...

谢谢!我原先用的是cDNA一链,没有P出来,考虑到是不是浓度不够,现在是用cDNA二链。我也试过拉其中的1Kb,也是没有成功,PCR程序、以及各种Taq酶也都试过了,没有作用,从基因组里面可以很容易P出片段,还请继续指点一二,十分感谢!
太阳出来,星星要走。
7楼2012-10-18 12:22:01
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植物园园长

金虫 (小有名气)

天根最近出来一款快速的高保真酶Fast HiFi酶,扩增能力超强,建议试试。
在路上~~Marketing!
8楼2012-10-18 16:15:57
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植物园园长

金虫 (小有名气)

人基因组和cDNA扩增到6kb都很亮,另外,延伸30sec/kb,保真度是pfu的8倍。
在路上~~Marketing!
9楼2012-10-18 16:18:25
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昺昺

木虫 (小有名气)

引用回帖:
9楼: Originally posted by 植物园园长 at 2012-10-18 16:18:25
人基因组和cDNA扩增到6kb都很亮,另外,延伸30sec/kb,保真度是pfu的8倍。

好的,多谢!我试一下。
太阳出来,星星要走。
10楼2012-10-18 16:57:35
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