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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 综合其他 » 【求助/交流】用SMART技术得到一个基因的5‘ RACE后，是不是就知道该基因的转录起始位
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huofuman

木虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】用SMART技术得到一个基因的5‘ RACE后，是不是就知道该基因的转录起始位 已有2人参与

请问：
用CLONTECH公司的RACE试剂盒做一个基因的的5’RACE可以得到mRNA 5‘端的全部序列信息，是不是得到这个序列信息后我就直接可以知道这个基因的转录起始点l？
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1楼 2010-07-23 14:29:42
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won7

金虫 (小有名气)
★
huofuman(金币+2):谢谢参与
用SMART技术，你怎样能确定“得到mRNA 5‘端的全部序列信息”？一般我们不知道5‘端到底有多长，用SMART技术只能说得到了5‘端UTR，说明得到完整CDS，但不能确定得到全部5‘端UTR，也就不能确定是否是转录起始点。用RLM（RNA ligase-mediated）RACE的方法可以确保得到全部5‘端UTR，这才能确定起始位点。
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2楼2010-07-23 16:06:02
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genetics183

木虫 (正式写手)
★
huofuman(金币+2):谢谢参与
引用回帖:
Originally posted by won7 at 2010-07-23 16:06:02:
用SMART技术只能说得到了5‘端UTR，说明得到完整CDS，但不能确定得到全部5‘端UTR，也就不能确定是否是转录起始点。 ...

此为正解！
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士虽有学，而行为本焉。
3楼2010-07-23 22:20:45
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xumin-0120

铁虫 (小有名气)
★
huofuman(金币+2):谢谢参与
你好，我也正要用clontech做5‘race 可以拿到全长吗？
试剂盒上推荐用advantage 2PCR kit 有必要买吗。实验室有takara的 exTaq 酶可以用他做cDNA后面的PCR反应吧，问题大不大？
本来smrter就很贵了，不想再买其他试剂盒了，嘿嘿
3q
clonetech 在设计引物上可以给点建议吗，非常感谢~
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4楼2011-05-12 20:46:21
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poog502

木虫 (正式写手)
★
huofuman(金币+2):谢谢参与
引用回帖:
Originally posted by xumin-0120 at 2011-05-12 20:46:21:
你好，我也正要用clontech做5‘race 可以拿到全长吗？
试剂盒上推荐用advantage 2PCR kit 有必要买吗。实验室有takara的 exTaq 酶可以用他做cDNA后面的PCR反应吧，问题大不大？
本来smrter就很贵了，不想再买其 ...

按照试剂盒的要求设计引物，通常成功率还是很高的
我记得好像是GC含量60%，Tm值70
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5楼2011-05-12 20:59:47
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shaquila

金虫 (正式写手)
★ ★
huofuman(金币+2):谢谢参与
silicare(金币+1, EPI+1): 2011-05-13 18:25:26
我觉得即使是RLM也不能确保，只能说非常靠近，我发现有时候做5RACE时候存在多个长度稍微不同的转录本，不算接头其第一个碱基都是G，十分古怪，说明都有帽子结构
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6楼2011-05-12 21:04:13
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qwertY23

新虫 (小有名气)
★
huofuman(金币+2):谢谢参与
你们说的都有道理。race技术现在在市场上，还是比较难做的 。尤其是5”段。我们实验室的race项目部欢迎各位咨询交流。试剂盒也是有的。
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实验代做，技术服务，race，DGGE，wb，QPCR.流式及免疫组化
7楼2011-11-29 16:32:19
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竹子小小

木虫 (小有名气)
★
huofuman(金币+2): 谢谢参与
5UTR后面可能有好几个ATG，不一定能确定。
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8楼2013-03-13 10:15:39
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