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abczhuazhua

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[交流] 3'RACE测序结果求助已有4人参与

本人现在做3race，测序结果存在一种现象，不知各位大侠遇到过没？在此求揭示！本人按照clontech的试剂盒做的结果，pcr，切胶回收，连接后转化，挑单克隆跑pcr，检查到目的条带后每个基因送测10个菌。测序结果都是我要的基因，但是相同基因不同菌落的序列之间存在差异，即在靠近polyA处，序列长短不一，也就是说3’UTR序列长短不一，但是前提条件是短的序列测序结果也含有polyA。请问这是什么现象？如何选择序列？

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1楼 2015-02-03 14:53:14

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Neo2000

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做个多序列比对，踢掉少数派

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2楼2015-02-03 18:37:59

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abczhuazhua

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2楼: Originally posted by Neo2000 at 2015-02-03 18:37:59
做个多序列比对，踢掉少数派

看到别的帖子上是这么回复的，但是我是做过nest的测序结果，能介绍一下last exon alternative splicing么，谢谢。

3’RACE的一个主要错配来源，就是oligodT不仅仅可以与polyA配对，还可以跟基因组中很多地方存在的一串A配对，而碰巧这段A上游与你的基因上游引物再有错配，就可以产生条带。
所以一般而言，这种3‘RACE需要再找一个上游引物下游一点点的，做一次nest PCR，检测你的产物知否特异。
你的测序结果显示你克隆的确实你关注的基因？
APA就是一个基因有多个polyA site的情况，其中很多时候并不改变CDS，但是如果是last exon alternative splicing的情况，就可以出现CDS不一样的polyA site。

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3楼2015-02-03 22:23:57

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