24小时热门版块排行榜    

查看: 1936  |  回复: 5

abczhuazhua

铜虫 (初入文坛)

[交流] 3'RACE测序结果求助 已有4人参与

本人现在做3race,测序结果存在一种现象,不知各位大侠遇到过没?在此求揭示!本人按照clontech的试剂盒做的结果,pcr,切胶回收,连接后转化,挑单克隆跑pcr,检查到目的条带后每个基因送测10个菌。测序结果都是我要的基因,但是相同基因不同菌落的序列之间存在差异,即在靠近polyA处,序列长短不一,也就是说3’UTR序列长短不一,但是前提条件是短的序列测序结果也含有polyA。请问这是什么现象?如何选择序列?
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Neo2000

木虫 (著名写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
做个多序列比对,踢掉少数派

[ 发自小木虫客户端 ]
2楼2015-02-03 18:37:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

abczhuazhua

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by Neo2000 at 2015-02-03 18:37:59
做个多序列比对,踢掉少数派

看到别的帖子上是这么回复的,但是我是做过nest的测序结果,能介绍一下last exon alternative splicing么,谢谢。

3’RACE的一个主要错配来源,就是oligodT不仅仅可以与polyA配对,还可以跟基因组中很多地方存在的一串A配对,而碰巧这段A上游与你的基因上游引物再有错配,就可以产生条带。
所以一般而言,这种3‘RACE需要再找一个上游引物下游一点点的,做一次nest PCR,检测你的产物知否特异。
你的测序结果显示你克隆的确实你关注的基因?
APA就是一个基因有多个polyA site的情况,其中很多时候并不改变CDS,但是如果是last exon alternative splicing的情况,就可以出现CDS不一样的polyA site。
3楼2015-02-03 22:23:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hihe99

银虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
我也遇到过,感觉有可能是APA,但是也有可能是反转录的时候的错配,因为反转的时候的温度只有42度嘛,不知道怎么验证,先搁着。
mark下,到时候再来看别人怎么说的,或者楼主你怎么解决的。
4楼2015-02-07 16:52:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Forzzainter

新虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
想问一下楼主做连接时是不是直接用的胶回收DNA?有没有再做什么处理?
5楼2017-05-08 16:48:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hx814102

新虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
也可以把序列去做一下BLast同源比对

发自小木虫IOS客户端
Everydayisanewday!
6楼2017-05-08 22:49:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 abczhuazhua 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[硕博家园] 售SCI一区文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 4/200 2026-08-29 04:18 by gy1nBQXYQJqL
[考研] 售SCI一区文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 4/200 2026-08-29 03:58 by gy1nBQXYQJqL
[基金申请] 我就是申请一个面上项目而已,这评审意见是按照杰青的条件评的吧? +3 gouxfjh 2026-08-28 3/150 2026-08-29 01:01 by jurkat.1640
[基金申请] 为什么资助数各大高校都创新高,自己申请怎么就这么难 +12 Kittylucky 2026-08-27 13/650 2026-08-29 00:04 by superceng
[基金申请] 系统查不到 +11 董八千 2026-08-26 11/550 2026-08-28 18:06 by Leogzhya
[基金申请] 基金不中,共勉 +11 eulota 2026-08-26 11/550 2026-08-28 14:22 by 火星超人xi
[基金申请] 怎么查啊 +6 huang1991js 2026-08-26 6/300 2026-08-28 08:42 by winsaint
[基金申请] 哪位高人中了,把查询到的截图贴出来让我看看,让我长长见识 +5 yuleib84 2026-08-26 6/300 2026-08-28 00:02 by yudaoqian88
[基金申请] 申请删除本帖 +6 lyz123lyz 2026-08-27 7/350 2026-08-27 17:31 by 宁静致远sy
[基金申请] 基金未中,这种答复是模板吗? +5 zhaosm1982 2026-08-27 6/300 2026-08-27 16:00 by lfy8008
[基金申请] 看板上这么多中的,有点像50人群里49个人都是骗子的那种感觉…… +5 a089 2026-08-26 6/300 2026-08-27 14:05 by jonewore
[基金申请] 2026年的国家社科基金项目通讯评审的新规则与新动向、新挑战 +7 process2012 2026-08-23 10/500 2026-08-26 19:23 by hmhminy
[基金申请] 2026年8月25日国自然放榜前突然收到列入评审专家邮件,有关系吗? +25 木水思豆 2026-08-25 28/1400 2026-08-26 14:53 by draco1987
[基金申请] 能否退出参与的面上项目解除限项 +23 koalala 2026-08-24 26/1300 2026-08-26 14:29 by 宝贝虫子
[基金申请] 国合可查了 +3 paperzjh 2026-08-26 3/150 2026-08-26 10:41 by LemmonTr
[基金申请] 牛来!米来!面来! +8 beefly 2026-08-26 8/400 2026-08-26 08:37 by xuzhipiao
[基金申请] 在坚冰还盖着北海的时候,我看到了怒放的梅花。 (金币+10) +6 ziyangfang 2026-08-25 9/450 2026-08-25 20:26 by huagongfeihu
[基金申请] 某些机构,以效率低为荣,以效率低作为存在感 +9 yuleib84 2026-08-25 10/500 2026-08-25 17:14 by alexon
[基金申请] 如果此刻你正在为国基感到焦虑,不妨来听听这首《基金之外》 +8 scalable 2026-08-24 8/400 2026-08-25 12:52 by jnhyjjm
[基金申请] 没有任何消息-是不是就凉了 +9 图啦图啦 2026-08-24 10/500 2026-08-25 11:59 by 南海小哥
信息提示
请填处理意见