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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » 微卫星引物做pcr出现问题了
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吉部落zy

金虫 (小有名气)

[求助] 微卫星引物做pcr出现问题了 已有2人参与

微卫星引物做pcr ——同一引物 同一种植物不同个体为什么有的有条带有的没有条带  重复三次都是
谢谢大家，求高人解答！！！

微卫星引物做pcr出现问题了
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我可以哭泣，可以悲伤，但我不可以不坚强。
1楼 2014-12-24 19:52:17
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随风追梦

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
吉部落zy(西门吹雪170代发): 金币+2, 鼓励回帖交流 2014-12-26 20:23:23
感觉你这个很正常呀，就是有些用同一引物扩增然后不同模板有的不出带，如果你操作没问题那就基本可以确定你的引物在不出带的模板上没有结合位点，或者说你设计的引物对应的是显性性状，可以成为显性标记，那隐形性状对应的就没有条带了啊，不是所有的引物都是共显性的，不知道我这样说正不正确。另外感觉你的胶染得听晶莹剔透的，可否相告制胶和染胶的秘诀？
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初心不改！
2楼2014-12-26 15:36:57
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吉部落zy

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 随风追梦 at 2014-12-26 15:36:57
感觉你这个很正常呀，就是有些用同一引物扩增然后不同模板有的不出带，如果你操作没问题那就基本可以确定你的引物在不出带的模板上没有结合位点，或者说你设计的引物对应的是显性性状，可以成为显性标记，那隐形性状 ...

谢谢了
我这是小板跑的：12%的胶   7.4ml无菌水  1.5ml  10xTeb  6ml  30%母液  APS 110ul   10ul  E


银染：固定液   10%无水乙醇  5%乙酸
         银染      2%硝酸银
         显影      3%氢氧化钠  加 1%甲醛
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我可以哭泣，可以悲伤，但我不可以不坚强。
3楼2014-12-27 16:18:57
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随风追梦

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by 吉部落zy at 2014-12-27 16:18:57
谢谢了
我这是小板跑的：12%的胶   7.4ml无菌水  1.5ml  10xTeb  6ml  30%母液  APS 110ul   10ul  E


银染：固定液   10%无水乙醇  5%乙酸
         银染      2%硝酸银
         显影      3%氢氧化钠  ...

咱们的配方什么的都不一样啊，我们用的事8%的胶，染的时候直接就是银染、水洗、显影了……这是平时，到定板的时候固定就加上了……你看我的胶图，新合成的引物，三个一组，不同DNA，结果就是有的不出……不过你还得根据你自己的情况具体分析。
微卫星引物做pcr出现问题了-1
201412132.JPG
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初心不改！
4楼2014-12-29 20:02:56
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吉部落zy

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 随风追梦 at 2014-12-29 20:02:56
咱们的配方什么的都不一样啊，我们用的事8%的胶，染的时候直接就是银染、水洗、显影了……这是平时，到定板的时候固定就加上了……你看我的胶图，新合成的引物，三个一组，不同DNA，结果就是有的不出……不过你还得 ...

如果你觉得你染得不理想你可以根据我的在改一改，你这是在筛选引物么？  筛选引物时先确定好条件还是先筛选多态性的引物 后  再摸条件？
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我可以哭泣，可以悲伤，但我不可以不坚强。
5楼2014-12-30 10:46:02
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lyzjc

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
5楼: Originally posted by 吉部落zy at 2014-12-30 10:46:02
如果你觉得你染得不理想你可以根据我的在改一改，你这是在筛选引物么？  筛选引物时先确定好条件还是先筛选多态性的引物 后  再摸条件？...

筛选引物的时候，最好是一次性多合成一些引物，在大致的退火温度下PCR，有条带的留下，没有条带的去除。再把有条带的引物做聚丙烯凝胶电泳，看有无多态性，有多态性的引物留下，没有多态性的去除。最后筛选下的引物就是你要的引物，再进行STR测序，不知道说的明不明白，尽力了~
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zhaijc@foxmail.com
6楼2015-01-29 23:36:26
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