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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 分类/鉴定 » 对微生物序列结果进行BLAST对比，正向测序和反向测序对比结果不一致怎么办
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daodao1129

新虫 (初入文坛)

[求助] 对微生物序列结果进行BLAST对比，正向测序和反向测序对比结果不一致怎么办 已有3人参与

刚接触PCR测序，不是十分明白，在对微生物序列结果进行BLAST对比的时候，发现正向测序和反向测序对比结果不一致，是要拼接后再对比的结果比较准确吗，求高手指教，非常感谢！
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1楼 2014-12-24 00:32:12
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小白isgood
。

[ 发自小木虫客户端 ]
2楼2014-12-24 00:33:08
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ggyy0911

铁虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
拼接完再对比，并且拼接完的结果如果有不一致的，去看ab1峰图。

[ 发自小木虫客户端 ]
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3楼2014-12-24 07:32:08
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见神一笑

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
亲，你肿么可以不拼接？正向和反向比对结果不致很正常，因为序列长度有限，比对的分辨率也有限，比对时序列越长越好，最好是全长。拼接的话可以下个DNAstar，里面有个seqman可以做拼接
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好好努力
4楼2014-12-24 09:49:06
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daodao1129

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 见神一笑 at 2014-12-24 09:49:06
亲，你肿么可以不拼接？正向和反向比对结果不致很正常，因为序列长度有限，比对的分辨率也有限，比对时序列越长越好，最好是全长。拼接的话可以下个DNAstar，里面有个seqman可以做拼接

我用DNAstar做了拼接，我看网上有人说要去除质量不高的区域，这个应高怎么看？
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5楼2014-12-24 10:20:21
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ccdbaobao

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
正反向肯定不一样的，要拼接起来才行，再依据峰图去掉前后测序不准的序列，之后比对才会准确一些。不过也不是完全的准确，如果不放心，可以再做一个系统发育树看看。
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6楼2014-12-24 11:32:49
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zyc周玉春

新虫 (初入文坛)
我也涉及到一些，学习一下。
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新手上路，请多指教
7楼2014-12-24 16:31:48
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见神一笑

木虫 (著名写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by daodao1129 at 2014-12-24 10:20:21
我用DNAstar做了拼接，我看网上有人说要去除质量不高的区域，这个应高怎么看？...

质量不高的区域主要是在测出来的序列两端，应该去掉。
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好好努力
8楼2014-12-24 18:28:50
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