应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » 测序后发现碱基不一样了
91/1返回列表
查看: 3730  |  回复: 8
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

chenyanzhen

铁虫 (小有名气)

[求助] 测序后发现碱基不一样了 已有5人参与

构建质粒成功后去生工测序，测序结果中CCTCAGTGAGATTGTAGTGCTTGCTTAACAATGGGTTTTGGCTGCAAGTGCAATAATTCTTGCTTTGTGTGCCAGTTTTTATGTGGACATTTGATTACCTTTGCAC
变成了CCTCAGTGAGATTGTAGTGCTTGCTTAACAATGGGTTTTGGCTGCAAGTGCAATAATTCTTGCTTTGTGTGCCCGTTTTTATGTGGACATTTGATTACCTTTGCAC.在nvbi中对这两条序列进行BLAST，发现英文名称不一样，我要的是塔玛亚历山大藻四型，出现这种结果该怎么办啊？
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
活在当下，充实自己
1楼 2014-08-15 17:06:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wangranjun

荣誉版主 (知名作家)

广庭之惘然

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chenyanzhen(西门吹雪170代发): 金币+2, 鼓励回帖交流 2014-08-16 12:49:45
一个点突变可以用融合PCR的方式将这个点重新突变回来……或者选择重新PCR。不同细胞中突变体的类型可能会有区别的，正常情况！祝顺利！
赞一下 回复此楼
他日扬翼九万里，历大千世界，定我红尘心！
2楼2014-08-15 17:10:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ncuduhan

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chenyanzhen(西门吹雪170代发): 金币+2, 鼓励回帖交流 2014-08-16 12:49:53
有一个点突变很正常，如果是同义突变你觉得不影响就继续下去吧，如果你觉得不行的话，就重新PCR吧~没有办法！祝你顺利！
赞一下 回复此楼
3楼2014-08-15 20:07:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

snoopytbw

荣誉版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
chenyanzhen(西门吹雪170代发): 金币+1, 鼓励回帖交流 2014-08-19 20:38:46
测序是允许错误的，一般都有一点点错误率的哦，这个很正常的。你去生工测序，一般都是很多很多个单一起跑一个半导体芯片（二代测序），这个错误肯定不能避免的，一般不会给你再做一次毛细管电泳的。本来就便宜，做了不亏本哇。大家都这样过来的。一个碱基而已哇。
赞一下 回复此楼
4楼2014-08-16 22:48:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

落叶的轨迹

金虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
我的测序结果在中间位置丢失了3个碱基，还是连着的，重新pcr重新测序结果也还是一样，愁

[ 发自小木虫客户端 ]
赞一下 回复此楼
5楼2014-08-16 23:54:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

BioChen

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
chenyanzhen(西门吹雪170代发): 金币+1, 鼓励回帖交流 2014-08-19 20:39:00
引用回帖:
4楼: Originally posted by snoopytbw at 2014-08-16 22:48:32
测序是允许错误的，一般都有一点点错误率的哦，这个很正常的。你去生工测序，一般都是很多很多个单一起跑一个半导体芯片（二代测序），这个错误肯定不能避免的，一般不会给你再做一次毛细管电泳的。本来就便宜，做了 ...

构建质粒测序，走的是一代测序，也就是毛细管电泳，20多块钱野葛反应。建议楼主查看一下图谱，也就是ab1这个文件，看看是不是真的突变了，还是测序质量不高。
NCBI的序列是refseq，也就是说是参考序列，不一定要一模一样的。
赞一下 回复此楼
6楼2014-08-18 18:15:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chenyanzhen

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by BioChen at 2014-08-18 18:15:49
构建质粒测序，走的是一代测序，也就是毛细管电泳，20多块钱野葛反应。建议楼主查看一下图谱，也就是ab1这个文件，看看是不是真的突变了，还是测序质量不高。
NCBI的序列是refseq，也就是说是参考序列，不一定要一 ...

恩，明白了。谢谢
回复此楼
活在当下，充实自己
7楼2014-08-18 18:29:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

snoopytbw

荣誉版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
chenyanzhen(西门吹雪170代发): 金币+1, 鼓励回帖交流 2014-08-19 20:39:11
引用回帖:
6楼: Originally posted by BioChen at 2014-08-18 18:15:49
构建质粒测序，走的是一代测序，也就是毛细管电泳，20多块钱野葛反应。建议楼主查看一下图谱，也就是ab1这个文件，看看是不是真的突变了，还是测序质量不高。
NCBI的序列是refseq，也就是说是参考序列，不一定要一 ...

你说的不准确，如果是公司自己构建会用一代，如果是自己构建送过去，公司除非问你有什么要求，如果不提都是二代的。而且不是外包做测序也会先用二代测下再用一代补一遍。多年送检都这么干的。

[ 发自小木虫客户端 ]
赞一下 回复此楼
8楼2014-08-19 06:49:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

BioChen

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
chenyanzhen(西门吹雪170代发): 金币+1, 鼓励回帖交流 2014-08-19 20:39:23
引用回帖:
8楼: Originally posted by snoopytbw at 2014-08-19 06:49:50
你说的不准确，如果是公司自己构建会用一代，如果是自己构建送过去，公司除非问你有什么要求，如果不提都是二代的。而且不是外包做测序也会先用二代测下再用一代补一遍。多年送检都这么干的。
...

你送检什么样品？
二代测序通量太高，做这种质粒测序，我还没有听二代测序有成本优势的。我们曾经评估过MiSeq做一代测序样品的测序成本，远高于现有的一代测序。
二代测序结果，用一代测序验证，这个很常见。但是能用一代测序解决的，先用二代测序做，还请你具体讲一下。
赞一下 回复此楼
9楼2014-08-19 19:34:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 chenyanzhen 的主题更新
91/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 C79jjtjAKjEn 2026-09-15 3/150 2026-09-18 03:40 by cITaGg3p5edr
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 C79jjtjAKjEn 2026-09-15 3/150 2026-09-18 03:30 by cITaGg3p5edr
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 mibUvS8DDCwf 2026-09-15 3/150 2026-09-18 03:04 by cITaGg3p5edr
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +3 mibUvS8DDCwf 2026-09-15 3/150 2026-09-18 02:54 by cITaGg3p5edr
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 Aj1rhIDL5ixY 2026-09-14 3/150 2026-09-18 01:40 by cITaGg3p5edr
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +6 3n8v2C8RimXI 2026-09-13 7/350 2026-09-17 22:51 by cuPZTDXS3VOd
[找工作] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +4 3n8v2C8RimXI 2026-09-13 4/200 2026-09-17 22:39 by cuPZTDXS3VOd
[基金申请] 国社科系统bug了，是不是要放榜了？ +5 kynobel 2026-09-16 6/300 2026-09-17 21:37 by tosogo
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 Aj1rhIDL5ixY 2026-09-14 4/200 2026-09-17 14:27 by ObVzqQQh1rrE
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +6 40ms4Wlo4umh 2026-09-14 6/300 2026-09-17 13:53 by ObVzqQQh1rrE
[找工作] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 23jxep3nCNZb 2026-09-14 3/150 2026-09-17 13:39 by ObVzqQQh1rrE
[公派出国] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 6F5UbRU2I5hL 2026-09-14 5/250 2026-09-17 13:17 by ObVzqQQh1rrE
[公派出国] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +6 s3fFTmArrBt6 2026-09-14 6/300 2026-09-17 02:38 by Tql5LQhh5rLK
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +3 s3fFTmArrBt6 2026-09-14 3/150 2026-09-17 02:38 by Tql5LQhh5rLK
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +5 s3fFTmArrBt6 2026-09-14 5/250 2026-09-16 19:15 by rRvxEj3zorCy
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 6F5UbRU2I5hL 2026-09-14 6/300 2026-09-16 17:27 by i3KBRD19ERkG
[考博] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 6F5UbRU2I5hL 2026-09-14 4/200 2026-09-16 17:00 by i3KBRD19ERkG
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +5 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 5/250 2026-09-16 02:14 by DgNGHc3h5tPl
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +6 s3fFTmArrBt6 2026-09-14 7/350 2026-09-15 16:47 by CgyNCDVNhGVg
[考博] 27秋季材料博士申请求助 10+3 Cahal1 2026-09-11 4/200 2026-09-14 08:50 by 北京莱茵编辑
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭