应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » 测序后发现碱基不一样了
91/1返回列表
查看: 3698  |  回复: 8
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

chenyanzhen

铁虫 (小有名气)

[求助] 测序后发现碱基不一样了 已有5人参与

构建质粒成功后去生工测序，测序结果中CCTCAGTGAGATTGTAGTGCTTGCTTAACAATGGGTTTTGGCTGCAAGTGCAATAATTCTTGCTTTGTGTGCCAGTTTTTATGTGGACATTTGATTACCTTTGCAC
变成了CCTCAGTGAGATTGTAGTGCTTGCTTAACAATGGGTTTTGGCTGCAAGTGCAATAATTCTTGCTTTGTGTGCCCGTTTTTATGTGGACATTTGATTACCTTTGCAC.在nvbi中对这两条序列进行BLAST，发现英文名称不一样，我要的是塔玛亚历山大藻四型，出现这种结果该怎么办啊？
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
活在当下，充实自己
1楼 2014-08-15 17:06:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wangranjun

荣誉版主 (知名作家)

广庭之惘然

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chenyanzhen(西门吹雪170代发): 金币+2, 鼓励回帖交流 2014-08-16 12:49:45
一个点突变可以用融合PCR的方式将这个点重新突变回来……或者选择重新PCR。不同细胞中突变体的类型可能会有区别的，正常情况！祝顺利！
赞一下 回复此楼
他日扬翼九万里，历大千世界，定我红尘心！
2楼2014-08-15 17:10:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ncuduhan

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chenyanzhen(西门吹雪170代发): 金币+2, 鼓励回帖交流 2014-08-16 12:49:53
有一个点突变很正常，如果是同义突变你觉得不影响就继续下去吧，如果你觉得不行的话，就重新PCR吧~没有办法！祝你顺利！
赞一下 回复此楼
3楼2014-08-15 20:07:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

snoopytbw

荣誉版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
chenyanzhen(西门吹雪170代发): 金币+1, 鼓励回帖交流 2014-08-19 20:38:46
测序是允许错误的，一般都有一点点错误率的哦，这个很正常的。你去生工测序，一般都是很多很多个单一起跑一个半导体芯片（二代测序），这个错误肯定不能避免的，一般不会给你再做一次毛细管电泳的。本来就便宜，做了不亏本哇。大家都这样过来的。一个碱基而已哇。
赞一下 回复此楼
4楼2014-08-16 22:48:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

落叶的轨迹

金虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
我的测序结果在中间位置丢失了3个碱基，还是连着的，重新pcr重新测序结果也还是一样，愁

[ 发自小木虫客户端 ]
赞一下 回复此楼
5楼2014-08-16 23:54:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

BioChen

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
chenyanzhen(西门吹雪170代发): 金币+1, 鼓励回帖交流 2014-08-19 20:39:00
引用回帖:
4楼: Originally posted by snoopytbw at 2014-08-16 22:48:32
测序是允许错误的，一般都有一点点错误率的哦，这个很正常的。你去生工测序，一般都是很多很多个单一起跑一个半导体芯片（二代测序），这个错误肯定不能避免的，一般不会给你再做一次毛细管电泳的。本来就便宜，做了 ...

构建质粒测序，走的是一代测序，也就是毛细管电泳，20多块钱野葛反应。建议楼主查看一下图谱，也就是ab1这个文件，看看是不是真的突变了，还是测序质量不高。
NCBI的序列是refseq，也就是说是参考序列，不一定要一模一样的。
赞一下 回复此楼
6楼2014-08-18 18:15:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chenyanzhen

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by BioChen at 2014-08-18 18:15:49
构建质粒测序，走的是一代测序，也就是毛细管电泳，20多块钱野葛反应。建议楼主查看一下图谱，也就是ab1这个文件，看看是不是真的突变了，还是测序质量不高。
NCBI的序列是refseq，也就是说是参考序列，不一定要一 ...

恩，明白了。谢谢
回复此楼
活在当下，充实自己
7楼2014-08-18 18:29:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

snoopytbw

荣誉版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
chenyanzhen(西门吹雪170代发): 金币+1, 鼓励回帖交流 2014-08-19 20:39:11
引用回帖:
6楼: Originally posted by BioChen at 2014-08-18 18:15:49
构建质粒测序，走的是一代测序，也就是毛细管电泳，20多块钱野葛反应。建议楼主查看一下图谱，也就是ab1这个文件，看看是不是真的突变了，还是测序质量不高。
NCBI的序列是refseq，也就是说是参考序列，不一定要一 ...

你说的不准确，如果是公司自己构建会用一代，如果是自己构建送过去，公司除非问你有什么要求，如果不提都是二代的。而且不是外包做测序也会先用二代测下再用一代补一遍。多年送检都这么干的。

[ 发自小木虫客户端 ]
赞一下 回复此楼
8楼2014-08-19 06:49:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

BioChen

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
chenyanzhen(西门吹雪170代发): 金币+1, 鼓励回帖交流 2014-08-19 20:39:23
引用回帖:
8楼: Originally posted by snoopytbw at 2014-08-19 06:49:50
你说的不准确，如果是公司自己构建会用一代，如果是自己构建送过去，公司除非问你有什么要求，如果不提都是二代的。而且不是外包做测序也会先用二代测下再用一代补一遍。多年送检都这么干的。
...

你送检什么样品？
二代测序通量太高，做这种质粒测序，我还没有听二代测序有成本优势的。我们曾经评估过MiSeq做一代测序样品的测序成本，远高于现有的一代测序。
二代测序结果，用一代测序验证，这个很常见。但是能用一代测序解决的，先用二代测序做，还请你具体讲一下。
赞一下 回复此楼
9楼2014-08-19 19:34:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 chenyanzhen 的主题更新
91/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[找工作] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 6/300 2026-08-29 11:51 by jCd0dEvKHShX
[考研] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +4 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 6/300 2026-08-29 11:40 by jCd0dEvKHShX
[找工作] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 6/300 2026-08-29 11:29 by jCd0dEvKHShX
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 8/400 2026-08-29 11:17 by jCd0dEvKHShX
[基金申请] 中青基了要发朋友圈吗？ +3 349506619 2026-08-28 3/150 2026-08-29 10:49 by 木风9012
[教师之家] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 7/350 2026-08-29 09:26 by G6APbkg8SA6w
[基金申请] 2026年叶企孙基金 +4 bud_bud 2026-08-27 7/350 2026-08-29 07:23 by foolishmani
[教师之家] 导师吐槽：我怎么摊上了这么个极品研究生！ +8 苏东坡二世 2026-08-23 8/400 2026-08-28 14:41 by lkforward
[基金申请] 麻烦专家们看看评委们的意见（F口面上） +4 gdd2018 2026-08-28 9/450 2026-08-28 14:22 by jklily
[基金申请] 怎么查啊 +6 huang1991js 2026-08-26 6/300 2026-08-28 08:42 by winsaint
[基金申请] 申请删除本帖 +6 lyz123lyz 2026-08-27 7/350 2026-08-27 17:31 by 宁静致远sy
[基金申请] 基金未中，这种答复是模板吗？ +5 zhaosm1982 2026-08-27 6/300 2026-08-27 16:00 by lfy8008
[文学芳草园] 梦想 +3 myrtle 2026-08-26 3/150 2026-08-27 10:01 by angelyueyi
[基金申请] 我不理解！ +15 Edward_pc 2026-08-26 23/1150 2026-08-26 20:34 by zzuzxg
[基金申请] 能否退出参与的面上项目解除限项 +23 koalala 2026-08-24 26/1300 2026-08-26 14:29 by 宝贝虫子
[基金申请] 国合里面能看到了 +7 一怀馨秋 2026-08-26 7/350 2026-08-26 11:23 by zhaosm1982
[基金申请] 项目信息和经费信息在系统里都可以看到了 +6 wittyboy 2026-08-26 14/700 2026-08-26 10:55 by wittyboy
[基金申请] 国合可查了 +3 paperzjh 2026-08-26 3/150 2026-08-26 10:41 by LemmonTr
[基金申请] 如果此刻你正在为国基感到焦虑，不妨来听听这首《基金之外》 +8 scalable 2026-08-24 8/400 2026-08-25 12:52 by jnhyjjm
[基金申请] 没有任何消息-是不是就凉了 +9 图啦图啦 2026-08-24 10/500 2026-08-25 11:59 by 南海小哥
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭