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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » 测序后发现碱基不一样了
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chenyanzhen

铁虫 (小有名气)

[求助] 测序后发现碱基不一样了 已有5人参与

构建质粒成功后去生工测序，测序结果中CCTCAGTGAGATTGTAGTGCTTGCTTAACAATGGGTTTTGGCTGCAAGTGCAATAATTCTTGCTTTGTGTGCCAGTTTTTATGTGGACATTTGATTACCTTTGCAC
变成了CCTCAGTGAGATTGTAGTGCTTGCTTAACAATGGGTTTTGGCTGCAAGTGCAATAATTCTTGCTTTGTGTGCCCGTTTTTATGTGGACATTTGATTACCTTTGCAC.在nvbi中对这两条序列进行BLAST，发现英文名称不一样，我要的是塔玛亚历山大藻四型，出现这种结果该怎么办啊？
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1楼 2014-08-15 17:06:56
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BioChen

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
chenyanzhen(西门吹雪170代发): 金币+1, 鼓励回帖交流 2014-08-19 20:39:00
引用回帖:
4楼: Originally posted by snoopytbw at 2014-08-16 22:48:32
测序是允许错误的，一般都有一点点错误率的哦，这个很正常的。你去生工测序，一般都是很多很多个单一起跑一个半导体芯片（二代测序），这个错误肯定不能避免的，一般不会给你再做一次毛细管电泳的。本来就便宜，做了 ...

构建质粒测序，走的是一代测序，也就是毛细管电泳，20多块钱野葛反应。建议楼主查看一下图谱，也就是ab1这个文件，看看是不是真的突变了，还是测序质量不高。
NCBI的序列是refseq，也就是说是参考序列，不一定要一模一样的。
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6楼2014-08-18 18:15:49
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BioChen

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
chenyanzhen(西门吹雪170代发): 金币+1, 鼓励回帖交流 2014-08-19 20:39:23
引用回帖:
8楼: Originally posted by snoopytbw at 2014-08-19 06:49:50
你说的不准确，如果是公司自己构建会用一代，如果是自己构建送过去，公司除非问你有什么要求，如果不提都是二代的。而且不是外包做测序也会先用二代测下再用一代补一遍。多年送检都这么干的。
...

你送检什么样品？
二代测序通量太高，做这种质粒测序，我还没有听二代测序有成本优势的。我们曾经评估过MiSeq做一代测序样品的测序成本，远高于现有的一代测序。
二代测序结果，用一代测序验证，这个很常见。但是能用一代测序解决的，先用二代测序做，还请你具体讲一下。
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9楼2014-08-19 19:34:42
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