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chenyanzhen

铁虫 (小有名气)

[求助] 测序后发现碱基不一样了 已有5人参与

构建质粒成功后去生工测序,测序结果中CCTCAGTGAGATTGTAGTGCTTGCTTAACAATGGGTTTTGGCTGCAAGTGCAATAATTCTTGCTTTGTGTGCCAGTTTTTATGTGGACATTTGATTACCTTTGCAC
变成了CCTCAGTGAGATTGTAGTGCTTGCTTAACAATGGGTTTTGGCTGCAAGTGCAATAATTCTTGCTTTGTGTGCCCGTTTTTATGTGGACATTTGATTACCTTTGCAC.在nvbi中对这两条序列进行BLAST,发现英文名称不一样,我要的是塔玛亚历山大藻四型,出现这种结果该怎么办啊?
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snoopytbw

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chenyanzhen(西门吹雪170代发): 金币+1, 鼓励回帖交流 2014-08-19 20:38:46
测序是允许错误的,一般都有一点点错误率的哦,这个很正常的。你去生工测序,一般都是很多很多个单一起跑一个半导体芯片(二代测序),这个错误肯定不能避免的,一般不会给你再做一次毛细管电泳的。本来就便宜,做了不亏本哇。大家都这样过来的。一个碱基而已哇。
4楼2014-08-16 22:48:32
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snoopytbw

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chenyanzhen(西门吹雪170代发): 金币+1, 鼓励回帖交流 2014-08-19 20:39:11
引用回帖:
6楼: Originally posted by BioChen at 2014-08-18 18:15:49
构建质粒测序,走的是一代测序,也就是毛细管电泳,20多块钱野葛反应。建议楼主查看一下图谱,也就是ab1这个文件,看看是不是真的突变了,还是测序质量不高。
NCBI的序列是refseq,也就是说是参考序列,不一定要一 ...

你说的不准确,如果是公司自己构建会用一代,如果是自己构建送过去,公司除非问你有什么要求,如果不提都是二代的。而且不是外包做测序也会先用二代测下再用一代补一遍。多年送检都这么干的。

[ 发自小木虫客户端 ]
8楼2014-08-19 06:49:50
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