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想做基因表达，扩增该基因全长cds，现引物设计上遇困难，求助各位虫友 已有1人参与
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这是该基因全长mRNA序列 gene 1..1628 CDS 1..1473 ORIGIN ：(((((((((( 1 atgcaggaag cgccggccgc gctgcccacg gagccgggcc ccagcccagt gcctgccttc 61 ctcggcaagt tatgggcgct ggtgggcgac ccgggcaccg accacctgat ccgctggagc 121 ccgagcggca ccagcttcct cgtgagcgac cagagccgct tcgccaagga ggtgctgccc 181 caatacttca agcacagcaa catggcaagc ttcgtgcggc aactcaatat gtacggtttt 241 cggaaggtgg tgagcatcga gcagggtggc ctgctgagac ccgaacggga tcacgtcgag 301 ttccagcacc cgagcttcgt acgcggccga gagcaactgc tggaacgcgt gcgccgcaag 361 gtgcccgcgc tgcgcggcga cgacggccgc tggcgccccg aggacctggg ccggctgctg 421 ggcgaggtgc aggcttttcg gggagtgcaa gagagcaccg aggcgcggct gcgggaactc 481 aggcagcaga acgagatcct gtggagggag gtggtcacgc tgcggcagag ccacggtcaa 541 cagcatcggg tcatcggcaa gctgatccag tgcctctttg ggccacttca ggctgggtct 601 ggcagcgcag gagctaagag gaagctgtcg ctgatgctgg atgaggggtg cccaacgcca 661 gccaaattca acgcctgccc cttacctggt gccctcctgc aggaccccta ctttatccag 721 tcgcccctcc cggagaccac gctgggcctc agcagccctc acagggccag gggccccatc 781 atctccgacc tcccggaaga ctctccttcc cctgaaggaa ccaggctttc cccctccagt 841 ggtggcagga gggagaaggg cctggcactg ctcaaagaag agccagccag cccagggggg 901 gaaggcgagg ccgggctggc cctggcccca aacgagtgtg acttctgcgt gacagcaccc 961 ccaccgctgc ctgtggctgt ggtgcaggcc atcctggagg ggaaggggag cttcagccct 1021 gaggggccca ggaatgccca acagcctgaa ccaagaggcc ccagggaggt tcctgacagg 1081 ggccctctgg acctggagaa gggaggccgg agcccagaca gtctgctgcc tccaatgctg 1141 cttcgggccc cccctgaaag tgtggagcct gcagggccac tggatgtgct gggccccagc 1201 ctccaagggc gggaatggac tctgatggac ttagacatgg agctgtccct gttgcagccc 1261 ttggttccag agaagggtga gactgagctg gcagttaagg ggttaaattc tccaggccca 1321 ggaaaggact ccacactcgg ggcaccactc ctgctggaca tcccagcgtc tttaggaggc 1381 ccagcgctca gcctgcctgg agctttaccc atttacagca gtcctgagag ccgggcctcc 1441 tacgtgggcg cgggaggcaa cccctccccc tga ))))))) gacaccc tccgctccga gccagccctg 1501 ctgaggggct ggccggcagt agcacgcccc gctcggcttc cttgagcccc ctggtggact 1561 ctgagtgaag ccccagttac ttggcagccc ctctccattc ccgagtcctg cataaaaccg 1621 catttttt 括号里的是cds序列，现在用cdna扩增这个基因序列，cds全长要包括进来，设计引物小虫本来就不熟， 起始密码子又是第一个 ，故求助各位虫友帮着设计设计，最好也能教会我，予人鱼不如予人渔嘛！ 先行谢过！其他不会的虫友也好学习！友善的小木虫论坛！    |
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首先，我看了你的序列，估计跟我的一样，很难扩。不过呢，不试不知道，搞不好就出来了。下面就按步骤给你说说怎么设计引物。 （1）把序列放到NCBI进行BLAST； (2)找到有100%相同的序列，可以是标签，也可以是mRNA； （3）找到后下载序列，把你的基因找出来，在左右两端设计引物； （4）看是否需要，设计的时候可以加酶切位点； 你的片段有GC含量有点高，特别是在前面一段，所以估计不好扩，要用特殊的酶去扩，你可以设计一个nested-PCR去试试。 具体怎么设计什么的应该没问题吧。 |
2楼2014-12-10 15:38:01