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romantic昊

新虫 (初入文坛)

[求助] 用DNase除RNA里的DNA,可是RNA也会降解,求解答。 已有3人参与

我一般用OMEGA的试剂盒提取棉花子叶的RNA,严格按照它的流程操作,可是依旧有DNA污染。然后用全式金的DNase,buffer,没有rna酶的dd水去除DNA,在除之前测了rna浓度是567ng,可是除完以后就剩下68ng。我是想要做PT-PCR的,现在停在了这一步。只要除DNA,RNA的损耗也很大,要想逆转录成功的话,rna的浓度不得到100以上吗?跪求高手给个解答啊,我把流程贴一下:一、DNase处理残留RNA
处理体系的建立:
         45微升:总RNA20微升,buffer4.5微升,DNase4.0微升,没有RNA酶的dd水补齐。然后37°抽提1个小时,
二、处理后DNA的纯化
1.        首先加入200ul的DEPC 处理水(增加抽提的体积,以减少抽提过程中RNA的损失量)。
2.        加等体积的氯仿,充分颠倒混匀,12500g, 离心5min,吸取上清至另一新的1.5ml的离心管中。
3.        加2倍体积的异丙醇,冰上20min(也可-20℃,20min)。
4.        13000g, 离心5min,小心弃上清,加400ul的无水乙醇,颠倒混匀。
5.        13000g, 离心5min,小心弃上清,再瞬时离心,吸去残留的无水乙醇,RNA沉淀至通风橱中干燥。
6.        加适当体积的DEPC 处理水溶解沉淀(按照上面体积,则可加13ul的DEPC 处理水)。   
注:步骤1是优化后自行加入的,因为这样扩大了抽提的总体积,在离心后吸取上清液时较容易,并且减少了RNA的损失量。
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Neo2000

木虫 (著名写手)

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感谢参与,应助指数 +1
romantic昊(西门吹雪170代发): 金币+1, 鼓励回帖交流 2014-11-16 22:24:06
RNA酶没除净你就上DNA酶,跑个胶不就明白怎么回事了

[ 发自小木虫客户端 ]
2楼2014-11-15 13:16:37
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bio_sci

捐助贵宾 (正式写手)


【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
romantic昊(西门吹雪170代发): 金币+1, 鼓励回帖交流 2014-11-16 22:24:18
dna酶也有部分降解rna的活性

[ 发自小木虫客户端 ]
3楼2014-11-15 14:48:07
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zshw_001

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
romantic昊(西门吹雪170代发): 金币+1, 鼓励回帖交流 2014-11-16 22:24:28
DNase和buffer的量适当少一些试一试吧。
永远相信未知的总是美好的!
4楼2014-11-15 15:08:17
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romantic昊

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by zshw_001 at 2014-11-15 15:08:17
DNase和buffer的量适当少一些试一试吧。

恩,那我试试吧
5楼2014-11-15 19:07:45
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romantic昊

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by bio_sci at 2014-11-15 14:48:07
dna酶也有部分降解rna的活性

那也不至于把500多ng的rna除的还剩下五六十吧
6楼2014-11-15 19:09:12
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romantic昊

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by bio_sci at 2014-11-15 14:48:07
dna酶也有部分降解rna的活性

什么意思?
7楼2014-11-15 19:09:37
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bio_sci

捐助贵宾 (正式写手)


【答案】应助回帖

引用回帖:
7楼: Originally posted by romantic昊 at 2014-11-15 19:09:37
什么意思?...

dna酶活性不够专一,或者你的酶质量不够高,参杂有rna酶

[ 发自小木虫客户端 ]
8楼2014-11-15 21:52:30
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