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zhouxw1987

铁虫 (初入文坛)

[求助] 用DNaseⅠ处理RNA中混有的DNA后续操作如何进行? 已有1人参与

用Trizol抽提水稻叶片RNA,电泳检测后发现有很多的DNA污染,打算用DNaseⅠ进行处理除去残留的DNA。DNaseⅠ说明书上说的是处理完后可以用RNA纯化试剂盒进行纯化(这个试剂盒实验室没有,所以不用该方法),或者加入一定量的EDTA终止反应并65℃加热10min,但这种方法会有残留有各种离子。现在我想问的是:这个EDTA是如何配制才能保证不含有RNase,同时残留的各种离子是否会对后续的反转录和RT-PCR有影响??或者可否不用EDTA,而直接将DNaseⅠ处理的RNA溶液80℃处理10min以便去除DNaseⅠ(网上显示该酶在80摄氏度处理10分钟后将永久灭活)。
请问大家是如何处理RNA中混有的DNA呢??谢谢各位了·····
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atlanticwi

金虫 (正式写手)

琴美喜欢发呆 不喜欢发脾气

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
小丹木木: 金币+2, 鼓励交流经验,热心应助 2012-09-17 13:56:02
嗯.................
       是这样的,用EDTA终止法并加热,我们实验室一般不用,因为我们认为若是有一点残留RNAse的话,65度下10min是非常危险的。所以一般灭活法采用酚氯仿抽提两次,然后醇低温沉淀回收RNA。具体使用方法请移步至:
       http://www.takara.com.cn/explain/B/D2270A.pdf
Let God do with it as He wills
3楼2012-09-16 12:21:40
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普通回帖

gwd0312

木虫 (正式写手)

“无冕之王”

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
你买的专门去除DNA的试剂盒里就有啊!
持之以恒、永不放弃!
2楼2012-09-16 11:17:06
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zhouxw1987

铁虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by gwd0312 at 2012-09-16 11:17:06
你买的专门去除DNA的试剂盒里就有啊!

里面没有EDTA,那个貌似要自己配的····
4楼2012-09-16 15:28:40
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zhouxw1987

铁虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by atlanticwi at 2012-09-16 12:21:40
嗯.................
       是这样的,用EDTA终止法并加热,我们实验室一般不用,因为我们认为若是有一点残留RNAse的话,65度下10min是非常危险的。所以一般灭活法采用酚氯仿抽提两次,然后醇低温沉淀回收RNA。具 ...

我去看看,万分感谢····
5楼2012-09-16 15:29:28
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zhouxw1987

铁虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by atlanticwi at 2012-09-16 12:21:40
嗯.................
       是这样的,用EDTA终止法并加热,我们实验室一般不用,因为我们认为若是有一点残留RNAse的话,65度下10min是非常危险的。所以一般灭活法采用酚氯仿抽提两次,然后醇低温沉淀回收RNA。具 ...

谢谢,不过貌似这里面也有同一个问题,那就是3M的醋酸钠如何配制???这个应该也是要无RNase的吧???
6楼2012-09-16 15:36:46
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atlanticwi

金虫 (正式写手)

琴美喜欢发呆 不喜欢发脾气

引用回帖:
6楼: Originally posted by zhouxw1987 at 2012-09-16 15:36:46
谢谢,不过貌似这里面也有同一个问题,那就是3M的醋酸钠如何配制???这个应该也是要无RNase的吧???...

嗯........................
       肯定需要无RNase的,具体处理应该使用DEPC,你可以问问经常手提RNA的师兄师姐,这个要加多少合适我已经忘了,好久都没做了。
Let God do with it as He wills
7楼2012-09-16 18:00:47
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272401213

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
据说invitrogen的产品~只要加进去,让消化就好了,消化完直接可以用!无需其他处理!不过貌似有点小贵
YNWA
8楼2012-09-17 07:38:15
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wanghh_lzu

银虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
takara上有DNAase的说明书,我们实验室用DEPC水配的EDTA和NaAC   配完灭菌 分装,再根据说明书上的步骤走就可以了 效果一直不错
9楼2012-09-17 09:56:19
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zhouxw1987

铁虫 (初入文坛)

引用回帖:
9楼: Originally posted by wanghh_lzu at 2012-09-17 09:56:19
takara上有DNAase的说明书,我们实验室用DEPC水配的EDTA和NaAC   配完灭菌 分装,再根据说明书上的步骤走就可以了 效果一直不错

好吧,谢谢!不过我想问问这个DEPC水,是经过高压处理后的,还是直接新配的?另外NaAC和EDTA高压灭菌后不会对药品本身性质有影响么???谢谢·····
10楼2012-09-17 20:38:19
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