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qPCR引物设计问题
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qPCR采用的是SYBR Green法。图为准备做qPCR的几个基因，在正式做前先做了常规PCR检测，结果如下，共5个基因，每个分别做了cDNA plus 和cDNA minus 及water三个孔。请问，（1）孔4,5,6,7,8,10,11,12,13,14,15出现的分别是primer dimer么？（2）除孔13未扩增出目的基因外，孔1,4,7,10均是目的基因，片段大小大概大约70-90bp之间，但孔1,4,7均出现了除引物二聚体外的其他片段大小的杂带；（3）water孔比如孔6,12,15，既然无任何样品在内，为何仍出现primer dime？说明一下，我做的马铃薯，下载下来transcripts 序列后，采用primer 3在线设计的引物，再用netprimer 对所得序列进行参数评价，选择的评分最高的，但仍不可避免带有self dimer和cross dimer，我挑选了Cytochrome_B561做了qPCR，扩增曲线和溶解曲线分别如图2和图3，是不是我所有的引物都要重新设计。本人第一次接触qPCR，真的不知道怎么办，谢谢各位解答。 2014.10.02 pm_副本_副本.jpg  Amplification Plot_YWI152_Cytochrome.jpg  Melt Curve_YWI152_Cytochrome.jpg |
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