应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » 新人求助：DGGE电泳问题，条带不够清晰
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
91/1返回列表
查看: 2703  |  回复: 8
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

小甜点fly

铁虫 (初入文坛)

[求助] 新人求助：DGGE电泳问题，条带不够清晰 已有2人参与

新人做DGGE，求助~~~
DGGE电泳分析大肠菌群。提取粪便DNA，引物：GC-F338,R518，片段230bp，50μPCR体系：Mix25μ，引物1μ*2，DNA模板1μ（400ng）。PCR程序：94℃ 2min；94℃ 30s，57℃ 30s，72℃ 30s，*30次循环；72℃ 2min。退火温度已经做过梯度，57和58度较好，但琼脂糖跑胶发现除230bp以外还有一50bp左右的杂带，应该是引物二聚体（温度梯度下引物二聚体的量并没有明显改变）。
10%胶浓度，40%-75%变性梯度（垂直电泳变性区域40%-70%），一般30或40μl上样，PCR产物：buffer=25：10。预电泳200V，20min-30min。电泳150V ，5h。
目前的主要问题:引物二聚体会不会影响DGGE效果？DGGE图有的条带都不是很清晰，不清晰分析也很成问题，正常应该是一条细细的条带，是PCR的问题还是胶有问题？还需要怎样优化？

新人求助：DGGE电泳问题，条带不够清晰
20140801 4样品.jpg
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2014-08-01 22:31:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

小甜点fly

铁虫 (初入文坛)
有没有做过相关课题的前辈啊？
赞一下 回复此楼
2楼2014-08-01 22:45:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

爱睡猪

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
小甜点fly(西门吹雪170代发): 金币+2, 鼓励回帖交流 2014-08-03 19:04:25
说明菌丰度差距很大啊，有的已经很亮了，有的还是很淡的，考虑增加循环数到35试试，200V完了之后电压低点跑久点，你的条带还离点样孔很近，说不定还有没出来或者没分开的
赞一下(1人) 回复此楼
ControlMyself
3楼2014-08-03 10:38:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

小甜点fly

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 爱睡猪 at 2014-08-03 10:38:00
说明菌丰度差距很大啊，有的已经很亮了，有的还是很淡的，考虑增加循环数到35试试，200V完了之后电压低点跑久点，你的条带还离点样孔很近，说不定还有没出来或者没分开的

恩恩，好的，非常感谢。以后确定条件了可以过夜跑，电压低效果应该会好些。还请问下引物二聚体对DGGE会不会有影响？
赞一下 回复此楼
4楼2014-08-04 09:22:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yuheng19831123

新虫 (初入文坛)
★
小甜点fly(西门吹雪170代发): 金币+1, 鼓励回帖交流 2014-08-20 20:10:45
变性剂范围可以缩小不啊   可以尝试低电压长时间  试试   


银染要清晰些吧
赞一下 回复此楼
5楼2014-08-20 19:15:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

biolinker

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
4楼: Originally posted by 小甜点fly at 2014-08-04 09:22:28
恩恩，好的，非常感谢。以后确定条件了可以过夜跑，电压低效果应该会好些。还请问下引物二聚体对DGGE会不会有影响？...

引物二聚体对后面跑DGGE胶是有影响的。
赞一下 回复此楼
6楼2014-08-21 13:16:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

小甜点fly

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by yuheng19831123 at 2014-08-20 19:15:43
变性剂范围可以缩小不啊   可以尝试低电压长时间  试试   


银染要清晰些吧

变形梯度的确定是之前做了一个垂直电泳，S型曲线，然后确定了变形梯度是40-70%，之后按照这个范围试了几次有35%-75%、35%-70%、40%-75%，发现40-75%的好些。垂直电泳做出来的不是很准确么？而且我觉得虽然确定了梯度但是每次做出来也都不太一样。
赞一下 回复此楼
7楼2014-08-23 14:16:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

小甜点fly

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by biolinker at 2014-08-21 13:16:58
引物二聚体对后面跑DGGE胶是有影响的。...

好的，谢谢。目前现在通过优化PCR条件不能去除引物二聚体，请问您有什么建议么？引物是按照看过的文献里面选择合成的。
赞一下 回复此楼
8楼2014-08-23 14:19:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Shiong1314

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 小甜点fly at 2014-08-23 14:16:50
变形梯度的确定是之前做了一个垂直电泳，S型曲线，然后确定了变形梯度是40-70%，之后按照这个范围试了几次有35%-75%、35%-70%、40%-75%，发现40-75%的好些。垂直电泳做出来的不是很准确么？而且我觉得虽然确定了梯 ...

LZ，我想问一下，我要配置35%-75%、35%-70%、40%-75%这些梯度的胶应该怎么配啊
赞一下 回复此楼
9楼2017-06-30 15:11:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 小甜点fly 的主题更新
91/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 一志愿北交大材料工程总分358求调剂 +6 cs0106 2026-04-05 6/300 2026-04-06 08:48 by jj987
[考研] 302分求调剂 一志愿安徽大学085601 +8 zyx上岸！ 2026-04-04 8/400 2026-04-05 23:08 by lbsjt
[考研] 283求调剂 +5 baiiyu 2026-04-05 6/300 2026-04-05 20:35 by 啵啵啵0119
[考研] 一志愿同济大学323分（080500）求调剂 +8 yikeniu 2026-04-01 8/400 2026-04-05 18:15 by cql1109
[考研] 0817化学工程与技术求调剂，一志愿中海洋319 +13 lv945 2026-04-04 13/650 2026-04-05 18:14 by 猪会飞
[考研] 考研调剂 +6 15615482637 2026-04-04 6/300 2026-04-04 22:43 by yu221
[考研] 320求调剂 +3 一样圆 2026-04-04 3/150 2026-04-04 22:29 by 啵啵啵0119
[考研] 一志愿华北电力大学（北京），材料科学与工程学硕265，求调剂 +11 yelck 2026-04-03 12/600 2026-04-04 19:52 by dongzh2009
[考研] 085602 找调剂 +4 逆时针快乐 2026-04-02 4/200 2026-04-04 19:32 by 蓝云思雨
[考研] 325求调剂 +4 春风不借意 2026-04-04 4/200 2026-04-04 14:46 by 湘农储能材料
[考研] 0856调剂 +8 曲听筠 2026-03-30 8/400 2026-04-04 08:46 by tianyyysss
[考研] 317分 一志愿江南大学 化学工程学硕 求调剂 +6 YinTai 2026-04-03 6/300 2026-04-03 22:30 by 无际的草原
[考研] 320调剂 +4 农业工程与信息� 2026-04-03 4/200 2026-04-03 21:40 by lbsjt
[考研] 一志愿山东大学化学与化工学院材料与化工专硕，360分求调剂 +4 不愿透露姓名的� 2026-04-02 4/200 2026-04-03 09:29 by 遗忘消失的灆
[考研] 296求调剂 +4 sdhu 2026-04-02 4/200 2026-04-02 21:29 by baoball
[考研] 调剂 +3 好好读书。 2026-04-01 6/300 2026-04-02 15:49 by liumengping
[考研] 085601一志愿中山大学深圳材料工程330求调剂 +8 pipiver 2026-03-30 8/400 2026-04-02 12:01 by ms629
[考研] 一志愿西电085401数一英一299求调剂 六级521 +4 爱吃大鸭梨 2026-03-31 4/200 2026-03-31 11:51 by 搏击518
[考研] 262求调剂 +7 ZZ..000 2026-03-30 8/400 2026-03-31 10:05 by cal0306
[考研] 083000环境科学与工程调剂，总分281 +4 橙子（胜意） 2026-03-30 4/200 2026-03-31 00:44 by Linzejun
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭