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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » 新人求助：DGGE电泳问题，条带不够清晰
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小甜点fly

铁虫 (初入文坛)

[求助] 新人求助：DGGE电泳问题，条带不够清晰已有2人参与

新人做DGGE，求助~~~
DGGE电泳分析大肠菌群。提取粪便DNA，引物：GC-F338,R518，片段230bp，50μPCR体系：Mix25μ，引物1μ*2，DNA模板1μ（400ng）。PCR程序：94℃ 2min；94℃ 30s，57℃ 30s，72℃ 30s，*30次循环；72℃ 2min。退火温度已经做过梯度，57和58度较好，但琼脂糖跑胶发现除230bp以外还有一50bp左右的杂带，应该是引物二聚体（温度梯度下引物二聚体的量并没有明显改变）。
10%胶浓度，40%-75%变性梯度（垂直电泳变性区域40%-70%），一般30或40μl上样，PCR产物：buffer=25：10。预电泳200V，20min-30min。电泳150V ，5h。
目前的主要问题:引物二聚体会不会影响DGGE效果？DGGE图有的条带都不是很清晰，不清晰分析也很成问题，正常应该是一条细细的条带，是PCR的问题还是胶有问题？还需要怎样优化？

新人求助：DGGE电泳问题，条带不够清晰
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1楼2014-08-01 22:31:08
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小甜点fly

铁虫 (初入文坛)

爱睡猪

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

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小甜点fly(西门吹雪170代发): 金币+2, 鼓励回帖交流 2014-08-03 19:04:25

小甜点fly

铁虫 (初入文坛)

yuheng19831123

新虫 (初入文坛)
★
小甜点fly(西门吹雪170代发): 金币+1, 鼓励回帖交流 2014-08-20 20:10:45

biolinker

金虫 (小有名气)

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小甜点fly

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小甜点fly

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Shiong1314

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