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Crescendo

铁杆木虫 (著名写手)

应助: 32 (小学生)
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帖子: 1309
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虫号: 989569
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性别: GG
专业: 植物病理学

[求助] RACE获得的cDNA序列没有3‘非翻译区已有1人参与

利用SMART RACE克隆某保守基因，1220bp，拼接后获得了其mRNA序列。
然而orf finder结果显示从序列第65个碱基（ATG）开始一直翻译到整个序列的第30个A尾，也就是说无法确定3’端的UTR。
重复了3‘RACE过程，结果依然；又设计了包含5‘-UTR和接近A尾前面序列的引物进行PCR检测，结果依然。
不知道哪儿出错了？
求教！谢谢！

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日拱一卒，功不唐捐

1楼 2014-07-26 10:03:42

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Neo2000

木虫 (著名写手)

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【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
kx444555: 金币+2, 鼓励交流 2014-07-29 10:12:53
Crescendo: 金币+7, ★有帮助, 不好意思，最近忙其他事情了。重复第三次结果依然存在，原因并非您所说的。暂时不想再做了。 2014-09-17 17:25:54

首先，确定是不是orf预测错了，用softberry的bestorf试试，然后检查下拼接过程

[ 发自小木虫客户端 ]

2楼2014-07-28 21:55:38

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niil

金虫 (正式写手)

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★ ★ ★
kx444555: 金币+3, 鼓励交流 2014-07-29 10:12:57

也有可能是你没有克隆到真正的3' 末端。
cDNA制备的过程中，oligo dT可能会和基因内部的寡聚A结合，进行反转录。
可以再在新克隆出来的序列上设计新的引物，继续向下延伸，看能不能克隆出来更长的片段去测序看看。
最好再重新制备cDNA。

赞一下(2人)

Stop fighting,let it flow.

3楼2014-07-29 09:51:27

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