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箫渡肚

新虫 (初入文坛)

[求助] 求助,3’RACE无目的条带只有2000bp左右的非特异性条带扩增!

情况是这样的,这个基因的外显子我师姐已经扩出来了,只差3‘端序列,我就根据她已得到的cDNA序列设计了五个特异性引物去跑3’RACE,目的条带大概就150-500bp左右,但PCR跑完之后看胶,其中4个引物在2500bp左右出现了很明显很亮的条带,但目的基因可能出现的区域什么都没有,还有一个引物只有引物二聚体的样子。但是我这个基因cDNA全长也就不到1000bp,完全不知道这个条带哪里来的……师兄表示没遇见过这种情况,我真的有点束手无策啊……
新人各种求教,求解惑!大概可能是哪个环节出的问题……
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箫渡肚

新虫 (初入文坛)

还有,我做的是温度梯度,100微升体系分成8个管每管12.5微升,跑的8个温度梯度
但是每个温度下面的情况都差不多哦,只有两千多的那一条极亮带……
2楼2013-11-13 22:55:16
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匿名

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3楼2013-11-28 16:27:16
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zhuht1983

新虫 (初入文坛)


【答案】应助回帖

可能的原因:1. 引物不特异;2. 这个基因存在可变剪辑。
4楼2013-11-28 16:51:49
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