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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 求助，3’RACE无目的条带只有2000bp左右的非特异性条带扩增！
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箫渡肚

新虫 (初入文坛)

[求助] 求助，3’RACE无目的条带只有2000bp左右的非特异性条带扩增！

情况是这样的，这个基因的外显子我师姐已经扩出来了，只差3‘端序列，我就根据她已得到的cDNA序列设计了五个特异性引物去跑3’RACE，目的条带大概就150-500bp左右，但PCR跑完之后看胶，其中4个引物在2500bp左右出现了很明显很亮的条带，但目的基因可能出现的区域什么都没有，还有一个引物只有引物二聚体的样子。但是我这个基因cDNA全长也就不到1000bp，完全不知道这个条带哪里来的……师兄表示没遇见过这种情况，我真的有点束手无策啊……
新人各种求教，求解惑！大概可能是哪个环节出的问题……
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1楼 2013-11-13 22:50:04
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箫渡肚

新虫 (初入文坛)
还有，我做的是温度梯度，100微升体系分成8个管每管12.5微升，跑的8个温度梯度
但是每个温度下面的情况都差不多哦，只有两千多的那一条极亮带……
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2楼2013-11-13 22:55:16
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匿名

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3楼2013-11-28 16:27:16
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zhuht1983

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

可能的原因：1. 引物不特异；2. 这个基因存在可变剪辑。
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4楼2013-11-28 16:51:49
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