应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 知道cDNA序列，如何知道它的编码区和非编码区
101/1返回列表
查看: 5477  |  回复: 9
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

asd724210

银虫 (初入文坛)

[求助] 知道cDNA序列，如何知道它的编码区和非编码区

我从genebank上面得到一段序列，我想知道它所编码的蛋白质，
但我不会推测这个cDNA的非编码区。。
求助。。
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2012-08-02 09:20:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

八戒八戒

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
CDNA是由原DNA序列上的编码区转录生成的RNA反转录生成的，所以CDNA都是编码区
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2012-08-02 09:55:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hongqifei

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
引用回帖:
2楼: Originally posted by 八戒八戒 at 2012-08-02 09:55:46
CDNA是由原DNA序列上的编码区转录生成的RNA反转录生成的，所以CDNA都是编码区

cDNA除了编码区还有5‘和3’调控区。
你从genebank上面得到一段序列，首先应该明确是基因组DNA还是cDNA，然后去看相关注释或者用生物信息学工具去预测（例如http://www.cbs.dtu.dk/services/）。
赞一下 回复此楼
何须剑道争锋？千人指，万人封，可问江湖鼎峰，三尺秋水尘不染，天下无双。
3楼2012-08-02 14:31:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

asd724210

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by hongqifei at 2012-08-02 14:31:29
cDNA除了编码区还有5‘和3’调控区。
你从genebank上面得到一段序列，首先应该明确是基因组DNA还是cDNA，然后去看相关注释或者用生物信息学工具去预测（例如http://www.cbs.dtu.dk/services/）。...

查到的是est
回复此楼
4楼2012-08-02 16:26:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hongqifei

木虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by asd724210 at 2012-08-02 16:26:53
查到的是est...

EST拼起来就是cDNA。编码区就是从ATG开始，一直到终止密码子（TAG、TAA、TGA），很多工具都可以分析。
赞一下 回复此楼
何须剑道争锋？千人指，万人封，可问江湖鼎峰，三尺秋水尘不染，天下无双。
5楼2012-08-02 16:42:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

robert-RBT

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
asd724210: 金币+1, ★有帮助 2012-08-03 08:38:40
cDNA不一定都是编码区，完整的cDNA还包括UTR。EST一般都不是完整的cDNA，可以用VectorNT软件，结合blastX注释结果，找到与翻译一致的氨基酸序列，就是可能的编码区，其它部分就是非编码区。
赞一下 回复此楼
6楼2012-08-02 21:13:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
EST是expression sequence tag，所以肯定是编码区了。
赞一下 回复此楼
7楼2012-08-03 08:23:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

伤何处

木虫 (正式写手)
cDNA是mRNA经反转录形成的DNA，一般不仅包含编码区，还包括5‘UTR与3’UTR。反转录形成的cDNA常常会发生末端的缺失，而EST（表达序列标签）一般是这些不完整的cDNA，可以用Vector NTI软件的 find ORF ，找到可能的开放阅读框，然后筛选出正确的ORF，转换成氨基酸序列。当然，网上还有很多软件可以去预测编码区~
赞一下 回复此楼
对也罢，错也罢；正也罢，逆也罢；通途也好，崎岖无妨……但问，吾心坚否？若坚，纵使歧路，以铁心，贯穿而过，亦为大道！不坚，便是坦途，也难登临绝顶，观险峰
8楼2012-08-03 11:52:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

asd724210

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 伤何处 at 2012-08-03 11:52:51
cDNA是mRNA经反转录形成的DNA，一般不仅包含编码区，还包括5‘UTR与3’UTR。反转录形成的cDNA常常会发生末端的缺失，而EST（表达序列标签）一般是这些不完整的cDNA，可以用Vector NTI软件的 find ORF ，找到可能的开 ...

可以告诉我有哪一些软件吗
谢谢
赞一下 回复此楼
9楼2012-08-03 14:48:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

伤何处

木虫 (正式写手)
引用回帖:
9楼: Originally posted by asd724210 at 2012-08-03 14:48:43
可以告诉我有哪一些软件吗
谢谢...

软件有Vector NTI,BioEdit等，也可以在NCBI上直接分析。
步骤：1.打开网址：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/gorf/
         2.输入序列或注册号，选择密码表
         3.显示结果，进行选择
         4.翻译为蛋白质
赞一下 回复此楼
对也罢，错也罢；正也罢，逆也罢；通途也好，崎岖无妨……但问，吾心坚否？若坚，纵使歧路，以铁心，贯穿而过，亦为大道！不坚，便是坦途，也难登临绝顶，观险峰
10楼2012-08-03 15:46:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 asd724210 的主题更新
101/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[公派出国] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 OEbVnUOu01ol 2026-08-22 5/250 2026-08-23 21:35 by 1iADQrSZC7R6
[博后之家] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +4 h4CP7TrQR8Lg 2026-08-22 4/200 2026-08-23 20:46 by 0p9y1isJp2jM
[基金申请] 让我中一个面上吧！ +12 大萍1987 2026-08-20 15/750 2026-08-23 20:44 by 大萍1987
[考研] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 DpSrDtM079iu 2026-08-22 3/150 2026-08-23 19:55 by lXgU0RvNTDC9
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 2JOx3r2CYEgw 2026-08-22 4/200 2026-08-23 19:34 by lXgU0RvNTDC9
[公派出国] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +4 2JOx3r2CYEgw 2026-08-21 7/350 2026-08-23 19:10 by lXgU0RvNTDC9
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 2JOx3r2CYEgw 2026-08-21 5/250 2026-08-23 14:33 by KM5EcsNQRBPn
[论文投稿] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 2JOx3r2CYEgw 2026-08-22 5/250 2026-08-23 03:52 by OEbVnUOu01ol
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 2JOx3r2CYEgw 2026-08-22 6/300 2026-08-23 03:40 by OEbVnUOu01ol
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 QTy3jDtz1uLt 2026-08-21 9/450 2026-08-23 03:04 by OEbVnUOu01ol
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +4 QTy3jDtz1uLt 2026-08-21 11/550 2026-08-23 02:55 by OEbVnUOu01ol
[考博] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 DpSrDtM079iu 2026-08-22 3/150 2026-08-23 00:55 by OEbVnUOu01ol
[基金申请] 93BebMhtakh前后11位开头都是大写 +7 且听虎啸 2026-08-17 8/400 2026-08-22 21:55 by 医学老男孩
[基金申请] 人气不行了 +8 fansofjerry 2026-08-21 8/400 2026-08-22 16:30 by zyqchem
[基金申请] 时间戳今天，20号变了 +5 archvillain 2026-08-20 5/250 2026-08-22 06:12 by hui_daxiao
[基金申请] 科研孤儿太难了 +17 我4大白菜 2026-08-20 18/900 2026-08-21 20:57 by zhangev
[基金申请] 应该是下周三26日公布了吧？ +4 哈哈蛤？ 2026-08-21 4/200 2026-08-21 10:58 by Vivilian
[论文投稿] 投稿咨询 +5 wwm09 2026-08-17 7/350 2026-08-21 10:11 by 期刊论文帮手
[基金申请] 朋友圈看到的 +6 wangzilk 2026-08-18 8/400 2026-08-19 10:55 by Haru815
[基金申请] 今天维护系统维护 祝所有人 高中 +8 gjjjzhong 2026-08-18 9/450 2026-08-18 13:01 by 家与远方
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭