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asd724210

银虫 (初入文坛)

[求助] 知道cDNA序列,如何知道它的编码区和非编码区

我从genebank上面得到一段序列,我想知道它所编码的蛋白质,
但我不会推测这个cDNA的非编码区。。
求助。。
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八戒八戒

银虫 (小有名气)

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CDNA是由原DNA序列上的编码区转录生成的RNA反转录生成的,所以CDNA都是编码区
2楼2012-08-02 09:55:46
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hongqifei

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
引用回帖:
2楼: Originally posted by 八戒八戒 at 2012-08-02 09:55:46
CDNA是由原DNA序列上的编码区转录生成的RNA反转录生成的,所以CDNA都是编码区

cDNA除了编码区还有5‘和3’调控区。
你从genebank上面得到一段序列,首先应该明确是基因组DNA还是cDNA,然后去看相关注释或者用生物信息学工具去预测(例如http://www.cbs.dtu.dk/services/)。
何须剑道争锋?千人指,万人封,可问江湖鼎峰,三尺秋水尘不染,天下无双。
3楼2012-08-02 14:31:29
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asd724210

银虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by hongqifei at 2012-08-02 14:31:29
cDNA除了编码区还有5‘和3’调控区。
你从genebank上面得到一段序列,首先应该明确是基因组DNA还是cDNA,然后去看相关注释或者用生物信息学工具去预测(例如http://www.cbs.dtu.dk/services/)。...

查到的是est
4楼2012-08-02 16:26:53
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hongqifei

木虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by asd724210 at 2012-08-02 16:26:53
查到的是est...

EST拼起来就是cDNA。编码区就是从ATG开始,一直到终止密码子(TAG、TAA、TGA),很多工具都可以分析。
何须剑道争锋?千人指,万人封,可问江湖鼎峰,三尺秋水尘不染,天下无双。
5楼2012-08-02 16:42:49
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robert-RBT

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


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asd724210: 金币+1, 有帮助 2012-08-03 08:38:40
cDNA不一定都是编码区,完整的cDNA还包括UTR。EST一般都不是完整的cDNA,可以用VectorNT软件,结合blastX注释结果,找到与翻译一致的氨基酸序列,就是可能的编码区,其它部分就是非编码区。
6楼2012-08-02 21:13:06
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

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EST是expression sequence tag,所以肯定是编码区了。
7楼2012-08-03 08:23:04
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伤何处

木虫 (正式写手)

cDNA是mRNA经反转录形成的DNA,一般不仅包含编码区,还包括5‘UTR与3’UTR。反转录形成的cDNA常常会发生末端的缺失,而EST(表达序列标签)一般是这些不完整的cDNA,可以用Vector NTI软件的 find ORF ,找到可能的开放阅读框,然后筛选出正确的ORF,转换成氨基酸序列。当然,网上还有很多软件可以去预测编码区~
对也罢,错也罢;正也罢,逆也罢;通途也好,崎岖无妨……但问,吾心坚否?若坚,纵使歧路,以铁心,贯穿而过,亦为大道!不坚,便是坦途,也难登临绝顶,观险峰
8楼2012-08-03 11:52:51
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asd724210

银虫 (初入文坛)

引用回帖:
8楼: Originally posted by 伤何处 at 2012-08-03 11:52:51
cDNA是mRNA经反转录形成的DNA,一般不仅包含编码区,还包括5‘UTR与3’UTR。反转录形成的cDNA常常会发生末端的缺失,而EST(表达序列标签)一般是这些不完整的cDNA,可以用Vector NTI软件的 find ORF ,找到可能的开 ...

可以告诉我有哪一些软件吗
谢谢
9楼2012-08-03 14:48:43
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伤何处

木虫 (正式写手)

引用回帖:
9楼: Originally posted by asd724210 at 2012-08-03 14:48:43
可以告诉我有哪一些软件吗
谢谢...

软件有Vector NTI,BioEdit等,也可以在NCBI上直接分析。
步骤:1.打开网址:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/gorf/
         2.输入序列或注册号,选择密码表
         3.显示结果,进行选择
         4.翻译为蛋白质
对也罢,错也罢;正也罢,逆也罢;通途也好,崎岖无妨……但问,吾心坚否?若坚,纵使歧路,以铁心,贯穿而过,亦为大道!不坚,便是坦途,也难登临绝顶,观险峰
10楼2012-08-03 15:46:31
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