24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
汕头大学海洋科学接受调剂
查看: 5200  |  回复: 9

asd724210

银虫 (初入文坛)

[求助] 知道cDNA序列,如何知道它的编码区和非编码区

我从genebank上面得到一段序列,我想知道它所编码的蛋白质,
但我不会推测这个cDNA的非编码区。。
求助。。
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

八戒八戒

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
CDNA是由原DNA序列上的编码区转录生成的RNA反转录生成的,所以CDNA都是编码区
2楼2012-08-02 09:55:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hongqifei

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
引用回帖:
2楼: Originally posted by 八戒八戒 at 2012-08-02 09:55:46
CDNA是由原DNA序列上的编码区转录生成的RNA反转录生成的,所以CDNA都是编码区

cDNA除了编码区还有5‘和3’调控区。
你从genebank上面得到一段序列,首先应该明确是基因组DNA还是cDNA,然后去看相关注释或者用生物信息学工具去预测(例如http://www.cbs.dtu.dk/services/)。
何须剑道争锋?千人指,万人封,可问江湖鼎峰,三尺秋水尘不染,天下无双。
3楼2012-08-02 14:31:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

asd724210

银虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by hongqifei at 2012-08-02 14:31:29
cDNA除了编码区还有5‘和3’调控区。
你从genebank上面得到一段序列,首先应该明确是基因组DNA还是cDNA,然后去看相关注释或者用生物信息学工具去预测(例如http://www.cbs.dtu.dk/services/)。...

查到的是est
4楼2012-08-02 16:26:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hongqifei

木虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by asd724210 at 2012-08-02 16:26:53
查到的是est...

EST拼起来就是cDNA。编码区就是从ATG开始,一直到终止密码子(TAG、TAA、TGA),很多工具都可以分析。
何须剑道争锋?千人指,万人封,可问江湖鼎峰,三尺秋水尘不染,天下无双。
5楼2012-08-02 16:42:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

robert-RBT

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
asd724210: 金币+1, 有帮助 2012-08-03 08:38:40
cDNA不一定都是编码区,完整的cDNA还包括UTR。EST一般都不是完整的cDNA,可以用VectorNT软件,结合blastX注释结果,找到与翻译一致的氨基酸序列,就是可能的编码区,其它部分就是非编码区。
6楼2012-08-02 21:13:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
EST是expression sequence tag,所以肯定是编码区了。
7楼2012-08-03 08:23:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

伤何处

木虫 (正式写手)

cDNA是mRNA经反转录形成的DNA,一般不仅包含编码区,还包括5‘UTR与3’UTR。反转录形成的cDNA常常会发生末端的缺失,而EST(表达序列标签)一般是这些不完整的cDNA,可以用Vector NTI软件的 find ORF ,找到可能的开放阅读框,然后筛选出正确的ORF,转换成氨基酸序列。当然,网上还有很多软件可以去预测编码区~
对也罢,错也罢;正也罢,逆也罢;通途也好,崎岖无妨……但问,吾心坚否?若坚,纵使歧路,以铁心,贯穿而过,亦为大道!不坚,便是坦途,也难登临绝顶,观险峰
8楼2012-08-03 11:52:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

asd724210

银虫 (初入文坛)

引用回帖:
8楼: Originally posted by 伤何处 at 2012-08-03 11:52:51
cDNA是mRNA经反转录形成的DNA,一般不仅包含编码区,还包括5‘UTR与3’UTR。反转录形成的cDNA常常会发生末端的缺失,而EST(表达序列标签)一般是这些不完整的cDNA,可以用Vector NTI软件的 find ORF ,找到可能的开 ...

可以告诉我有哪一些软件吗
谢谢
9楼2012-08-03 14:48:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

伤何处

木虫 (正式写手)

引用回帖:
9楼: Originally posted by asd724210 at 2012-08-03 14:48:43
可以告诉我有哪一些软件吗
谢谢...

软件有Vector NTI,BioEdit等,也可以在NCBI上直接分析。
步骤:1.打开网址:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/gorf/
         2.输入序列或注册号,选择密码表
         3.显示结果,进行选择
         4.翻译为蛋白质
对也罢,错也罢;正也罢,逆也罢;通途也好,崎岖无妨……但问,吾心坚否?若坚,纵使歧路,以铁心,贯穿而过,亦为大道!不坚,便是坦途,也难登临绝顶,观险峰
10楼2012-08-03 15:46:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 asd724210 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 考研求调剂 +12 子木呐 2026-04-12 13/650 2026-04-14 01:19 by 王珺璞
[考研] 求助调剂,跨调 +14 X十甫寸Y 2026-04-11 15/750 2026-04-14 00:36 by 王珺璞
[考研] 085600材料与化工,求调剂 +14 won_qii 2026-04-07 14/700 2026-04-13 22:21 by pies112
[考研] 材料085601调剂 +31 何润采123 2026-04-10 33/1650 2026-04-13 21:42 by 学员JpLReM
[考研] 一志愿211 0703化学 346分求调剂 +26 土豆er? 2026-04-09 29/1450 2026-04-13 15:15 by 独醉梦孤城
[考研] 一志愿鲁东大学071000生物学学硕初试分数276求调剂 +8 慕绝cc 2026-04-09 8/400 2026-04-13 14:08 by 张zhihao
[考研] 0831一轮调剂失败求助 +10 小熊睿睿_s 2026-04-11 10/500 2026-04-12 22:43 by 长弓傲
[考研] 269求调剂 +11 啊啊我我 2026-04-07 11/550 2026-04-11 16:45 by vgtyfty
[考研] 机械专硕270求调剂,接受跨专业 +12 老师看看我吧aba 2026-04-09 14/700 2026-04-11 10:21 by laoshidan
[考研] 调剂 化学 307 +21 73372112 2026-04-09 23/1150 2026-04-10 23:53 by wj165256
[考研] 265求调剂 +12 风说她早忘了 2026-04-10 13/650 2026-04-10 18:56 by chemisry
[考研] 机械专368 有去处吗 +4 种大树 2026-04-10 4/200 2026-04-10 15:31 by jiajinhpu
[考研] 344求调剂 +7 丶风雪夜归人丶 2026-04-09 7/350 2026-04-10 12:05 by pengliang8036
[考研] 292求调剂 +9 笑笑袁 2026-04-09 9/450 2026-04-10 10:05 by LHGeng
[考研] 化学工程与技术专业一志愿哈工程 291分B区 国家级大创负责人 有一作论文 +13 Emmy~ 2026-04-09 13/650 2026-04-09 14:47 by only周
[考研] 一志愿西南大学生物学学硕344 求生物学相关调剂/生物与医药 +7 超人不会飞@ 2026-04-08 7/350 2026-04-09 09:35 by gong120082
[考研] 334求调剂 +16 Riot2025 2026-04-08 17/850 2026-04-09 09:28 by wdyheheeh
[考研] 296求调剂 +3 汪!?! 2026-04-08 3/150 2026-04-08 22:00 by zhouyuwinner
[考研] 电子信息346 +4 zuoshaodian 2026-04-08 4/200 2026-04-08 11:54 by zzucheup
[考研] 313求调剂 +3 十六拾陆 2026-04-07 3/150 2026-04-07 23:20 by lbsjt
信息提示
请填处理意见