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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 知道cDNA序列，如何知道它的编码区和非编码区
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asd724210

银虫 (初入文坛)

[求助] 知道cDNA序列，如何知道它的编码区和非编码区

我从genebank上面得到一段序列，我想知道它所编码的蛋白质，
但我不会推测这个cDNA的非编码区。。
求助。。
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1楼 2012-08-02 09:20:39
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八戒八戒

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
CDNA是由原DNA序列上的编码区转录生成的RNA反转录生成的，所以CDNA都是编码区
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2楼2012-08-02 09:55:46
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hongqifei

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
引用回帖:
2楼: Originally posted by 八戒八戒 at 2012-08-02 09:55:46
CDNA是由原DNA序列上的编码区转录生成的RNA反转录生成的，所以CDNA都是编码区

cDNA除了编码区还有5‘和3’调控区。
你从genebank上面得到一段序列，首先应该明确是基因组DNA还是cDNA，然后去看相关注释或者用生物信息学工具去预测（例如http://www.cbs.dtu.dk/services/）。
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何须剑道争锋？千人指，万人封，可问江湖鼎峰，三尺秋水尘不染，天下无双。
3楼2012-08-02 14:31:29
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asd724210

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by hongqifei at 2012-08-02 14:31:29
cDNA除了编码区还有5‘和3’调控区。
你从genebank上面得到一段序列，首先应该明确是基因组DNA还是cDNA，然后去看相关注释或者用生物信息学工具去预测（例如http://www.cbs.dtu.dk/services/）。...

查到的是est
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4楼2012-08-02 16:26:53
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hongqifei

木虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by asd724210 at 2012-08-02 16:26:53
查到的是est...

EST拼起来就是cDNA。编码区就是从ATG开始，一直到终止密码子（TAG、TAA、TGA），很多工具都可以分析。
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何须剑道争锋？千人指，万人封，可问江湖鼎峰，三尺秋水尘不染，天下无双。
5楼2012-08-02 16:42:49
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robert-RBT

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
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asd724210: 金币+1, ★有帮助 2012-08-03 08:38:40
cDNA不一定都是编码区，完整的cDNA还包括UTR。EST一般都不是完整的cDNA，可以用VectorNT软件，结合blastX注释结果，找到与翻译一致的氨基酸序列，就是可能的编码区，其它部分就是非编码区。
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6楼2012-08-02 21:13:06
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
EST是expression sequence tag，所以肯定是编码区了。
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7楼2012-08-03 08:23:04
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伤何处

木虫 (正式写手)
cDNA是mRNA经反转录形成的DNA，一般不仅包含编码区，还包括5‘UTR与3’UTR。反转录形成的cDNA常常会发生末端的缺失，而EST（表达序列标签）一般是这些不完整的cDNA，可以用Vector NTI软件的 find ORF ，找到可能的开放阅读框，然后筛选出正确的ORF，转换成氨基酸序列。当然，网上还有很多软件可以去预测编码区~
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对也罢，错也罢；正也罢，逆也罢；通途也好，崎岖无妨……但问，吾心坚否？若坚，纵使歧路，以铁心，贯穿而过，亦为大道！不坚，便是坦途，也难登临绝顶，观险峰
8楼2012-08-03 11:52:51
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asd724210

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 伤何处 at 2012-08-03 11:52:51
cDNA是mRNA经反转录形成的DNA，一般不仅包含编码区，还包括5‘UTR与3’UTR。反转录形成的cDNA常常会发生末端的缺失，而EST（表达序列标签）一般是这些不完整的cDNA，可以用Vector NTI软件的 find ORF ，找到可能的开 ...

可以告诉我有哪一些软件吗
谢谢
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9楼2012-08-03 14:48:43
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伤何处

木虫 (正式写手)
引用回帖:
9楼: Originally posted by asd724210 at 2012-08-03 14:48:43
可以告诉我有哪一些软件吗
谢谢...

软件有Vector NTI,BioEdit等，也可以在NCBI上直接分析。
步骤：1.打开网址：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/gorf/
         2.输入序列或注册号，选择密码表
         3.显示结果，进行选择
         4.翻译为蛋白质
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对也罢，错也罢；正也罢，逆也罢；通途也好，崎岖无妨……但问，吾心坚否？若坚，纵使歧路，以铁心，贯穿而过，亦为大道！不坚，便是坦途，也难登临绝顶，观险峰
10楼2012-08-03 15:46:31
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