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博克侬浮码

银虫 (小有名气)

[求助] 克隆载体连接不上 已有1人参与

最近做克隆,目的片段1700bp,载体10.4k,分别单酶切后连接一直连接不上,不知道哪里出了问题,单酶切完全,就是胶回收率不高,用的QIAEXII试剂盒回收的载体,回收的浓度不高,才10ng/ul,  听说用醇浓缩可以提高浓度,不知道单酶切后可以直接醇浓缩载体吗,如果可以,具体步骤是什么,做了三个多月了,一直连接不上,请前辈们支支招。
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博克侬浮码

银虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by usky_4 at 2014-07-25 02:18:45
其实你先不用换试剂盒,可以试试直接用你切胶的试剂盒,但是不要跑胶就行了。理论上来讲,从溶液回收和从胶回收除了第一步以外都是一样的。回收溶液的buffer不一定能回收胶,但是回收胶的应该可以回收溶液。切胶回 ...

好的,谢谢,我试试
7楼2014-07-25 22:13:07
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usky_4

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
博克侬浮码(西门吹雪170代发): 金币+4, 鼓励回帖交流 2014-07-22 20:40:11
博克侬浮码: 金币+6, ★★★★★最佳答案 2014-07-25 22:13:22
1. 10ng/ul的确太少了,试着加大酶切载体量。单酶切回收没有必要用切胶回收,用一般的DNA回收试剂盒(洗脱柱)就没问题。也要考虑DNA洗脱柱的所能回收片段的最大值,确定你的载体大小没有超过上限

2.楼主说单酶切,是指你的目的片段和载体的两端都是同一位点对吧?比如片段是EcoRI-insert-EcoRI,然后载体单切后线性成EcoRI-vector-EcoRI。如果是这样的话,最好将你的载体做一下去磷酸化。用磷酸酶Alkaline Phosphatase处理一下(37° 1h),然后再回收。有些AP是可以直接在内切酶Buffer使用的,尤其是内切酶和AP是同一个公司的话。这样你就可以酶切后直接加AP,然后再回收,少一次损耗
注:只用AP处理你的载体,不要处理目的片段。粘性末端的连接是需要磷酸基的,用AP除去磷酸基团是为了防止你的质粒重新自连。如果不用AP处理,你加入连接酶后载体会重新自连,片段无法插入。但是如果你用AP把片段也处理的话,就没有磷酸基用了,所以只用处理质粒就行。

3. 注意目的片段和载体的数量比,一般是3:1-5:1.如果连接困难,可以试着加大目的片段量。
下次再见面的时候,我们一定会笑着相遇吧
2楼2014-07-22 19:01:34
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博克侬浮码

银虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by usky_4 at 2014-07-22 19:01:34
1. 10ng/ul的确太少了,试着加大酶切载体量。单酶切回收没有必要用切胶回收,用一般的DNA回收试剂盒(洗脱柱)就没问题。也要考虑DNA洗脱柱的所能回收片段的最大值,确定你的载体大小没有超过上限

2.楼主说单酶切 ...

我的载体是10.4K,用哪家公司的回收试剂盒好啊,之前老师给买的QIAEXII的,这个是要切胶的,每次回收的量都几乎没有,也不知道哪家公司回收效果好
3楼2014-07-23 15:19:04
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usky_4

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by 博克侬浮码 at 2014-07-23 15:19:04
我的载体是10.4K,用哪家公司的回收试剂盒好啊,之前老师给买的QIAEXII的,这个是要切胶的,每次回收的量都几乎没有,也不知道哪家公司回收效果好...

这个是Qiagen的试剂盒吧?我平时用的是他家的PCR purification kit和Gel purification kit。两者其实是一样的只是一个需要溶胶一个不用。不过你这个似乎载体比较大,PCR的那个好像10k以上就不行了,你可以试试QIAEX II Suspension,跟你的应该是一个系列的,只是不用切胶,直接溶液回收。我没用过不知道如何,但应该没有问题。
下次再见面的时候,我们一定会笑着相遇吧
4楼2014-07-24 21:58:46
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