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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 转录组测序数据验证问题
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tea_gl9871

铜虫 (正式写手)

[求助] 转录组测序数据验证问题 已有1人参与

做了转录组测序，也挑选了一些基因做定量验证了。我的问题是怎么把定量验证结果和测序数据做相关性分析，有高手给指点一下吗？具体怎么操作。急啊！
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1楼 2014-07-22 15:35:03
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liuderong

铁杆木虫 (正式写手)
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10楼: Originally posted by 阿昌学习 at 2015-01-14 10:24:52
还是不懂，我是新手，能不能说具体点啊，就是引物是不是要根据cds设计？那些转录组拼接的序列cds是完整的？直接把拼接序列用软件设计引物就可以了？
...

这样说吧，无论通过什么方法都好，都要拿到目的基因的一个片段，有几百bp就行，可以是CDS片段，也可以mRNA片段。
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11楼2015-01-14 11:27:20
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liuderong

铁杆木虫 (正式写手)
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13楼: Originally posted by 阿昌学习 at 2015-01-14 12:59:04
又有个问题了，哈哈，我要设计跨内含子引物，可是我做半定量要验证的这些基因都还没有注册，怎么设计跨内含子引物啊，不胜感激，，，
...

那得先知道基因的基因组序列。有基因组序列和CDS或者蛋白序列可以推出内含子的位置。
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14楼2015-01-14 14:23:37
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liuderong

铁杆木虫 (正式写手)
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15楼: Originally posted by 阿昌学习 at 2015-01-14 17:25:55
我知道啊，可是就是因为库里面没有基因组序列，转录组都是一段段序列拼接出来的，那一段段序列怎么知道内含子外显子
...

到这一步了可以用同源比对的方法推断内含子位置。到NCBI里结合使用blastx和blastn，运气好的话是可以找到内含子的。
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16楼2015-01-14 18:15:15
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liuderong

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流！ 2014-07-22 18:14:57
转录组和定量之间的比较，有点类似于定量和western的比较，它们两两之间是没有绝对的对应关系的，只能看趋势，比如转录组中某个基因在A处理中比B处理中高，定量也是A处理中比B处理中高，那就是对应得上，绝对的量化比较是没有意义的，我也没看到过那篇文献讨论这种量化对比。
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2楼2014-07-22 17:22:37
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tea_gl9871

铜虫 (正式写手)
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2楼: Originally posted by liuderong at 2014-07-22 17:22:37
转录组和定量之间的比较，有点类似于定量和western的比较，它们两两之间是没有绝对的对应关系的，只能看趋势，比如转录组中某个基因在A处理中比B处理中高，定量也是A处理中比B处理中高，那就是对应得上，绝对的量化 ...

有没有详细的方法啊？
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3楼2014-07-25 20:29:09
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阿昌学习

新虫 (小有名气)
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2楼: Originally posted by liuderong at 2014-07-22 17:22:37
转录组和定量之间的比较，有点类似于定量和western的比较，它们两两之间是没有绝对的对应关系的，只能看趋势，比如转录组中某个基因在A处理中比B处理中高，定量也是A处理中比B处理中高，那就是对应得上，绝对的量化 ...

怎么用转录组测序所得到的序列设计引物进行验证啊，也就是做半定量PCR
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4楼2015-01-12 20:31:13
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阿昌学习

新虫 (小有名气)
楼主，怎么根据转录组序列设计的验证引物啊，最近也想验证一下，但是不知道怎么做
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5楼2015-01-12 20:34:30
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liuderong

铁杆木虫 (正式写手)
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4楼: Originally posted by 阿昌学习 at 2015-01-12 20:31:13
怎么用转录组测序所得到的序列设计引物进行验证啊，也就是做半定量PCR...

这个得看你有没有目标基因的CDS，要是有就根据CDS设计引物。要是物种的基因组还没有测序就麻烦些。
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6楼2015-01-12 22:06:49
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阿昌学习

新虫 (小有名气)
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6楼: Originally posted by liuderong at 2015-01-12 22:06:49
这个得看你有没有目标基因的CDS，要是有就根据CDS设计引物。要是物种的基因组还没有测序就麻烦些。...

基因组没有测通呢，能不能跟相似物种的比对下，看看能不能找到cds，然后再设计引物，

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7楼2015-01-13 17:22:07
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444565008qq

新虫 (小有名气)
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7楼: Originally posted by 阿昌学习 at 2015-01-13 17:22:07
基因组没有测通呢，能不能跟相似物种的比对下，看看能不能找到cds，然后再设计引物，
...

相同问题，如果没有基因组呢，
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8楼2015-01-13 18:29:52
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liuderong

铁杆木虫 (正式写手)
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7楼: Originally posted by 阿昌学习 at 2015-01-13 17:22:07
基因组没有测通呢，能不能跟相似物种的比对下，看看能不能找到cds，然后再设计引物，
...

基因组不需要测通，你的目标基因测出来就行了，或者有目标基因的某个长一点的片段也行。要是没有基因序列，那可以看看能不能由转录组的序列组装一段目标基因的序列，测转录组的公司可能会提供这种服务。要是组装不起来，那就得通过其他方法确定基因序列。不建议通过同源比对的方法选用引物，比如你想半定量A基因，而B、C基因和A相似性很高，那通过同源比对选取的引物可能和B、C有交叉。
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9楼2015-01-13 20:47:23
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阿昌学习

新虫 (小有名气)
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9楼: Originally posted by liuderong at 2015-01-13 20:47:23
基因组不需要测通，你的目标基因测出来就行了，或者有目标基因的某个长一点的片段也行。要是没有基因序列，那可以看看能不能由转录组的序列组装一段目标基因的序列，测转录组的公司可能会提供这种服务。要是组装不 ...

还是不懂，我是新手，能不能说具体点啊，就是引物是不是要根据cds设计？那些转录组拼接的序列cds是完整的？直接把拼接序列用软件设计引物就可以了？

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10楼2015-01-14 10:24:52
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