应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 转录组测序开发ssr或snp标记的可行性，求指教！
91/1返回列表
查看: 3647  |  回复: 8
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

tea_gl9871

铜虫 (正式写手)

[交流] 转录组测序开发ssr或snp标记的可行性，求指教！

请问论坛里的虫友们，
我现在做了单一植物材料不同处理条件下的转录组测序RNA-SEQ，数据反馈了很多SNP位点，按道理来说应该不该有很多snp位点吧？如何证明这是测序错误还是真的snp位点？
另外，我还想通过测序开发SSR引物，不知道这是否可行？尤其是在群体遗传和基因定位中的可行性。
求教！求围观指点！
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼 2013-12-13 15:08:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jxgacw2011

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
gyesang: 金币+2, 鼓励交流！ 2013-12-13 21:45:59
tea_gl9871: 金币+5 2014-01-06 17:26:53
把过滤的阈值设置高一点，SNP自然会低很多，测序可以开发SSR引物，但是要做实验验证
赞一下 回复此楼
2楼2013-12-13 16:45:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tea_gl9871

铜虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jxgacw2011 at 2013-12-13 16:45:27
把过滤的阈值设置高一点，SNP自然会低很多，测序可以开发SSR引物，但是要做实验验证

通过测序开发SSR引物在群体遗传和基因定位中应用，可行吗？求教
赞一下 回复此楼
3楼2013-12-13 20:44:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

vanheco

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
开发SSR当然可行，你关注一下最近发表的一些文章/。
赞一下 回复此楼
4楼2014-01-12 22:53:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

大爷给跪了

新虫 (小有名气)
可以  我已经做了
回复此楼
5楼2014-05-02 22:00:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

latchkeyboy

铜虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
2楼: Originally posted by jxgacw2011 at 2013-12-13 16:45:27
把过滤的阈值设置高一点，SNP自然会低很多，测序可以开发SSR引物，但是要做实验验证

这位虫友，我通过测序开发了5千多个ssr，难道每个都需要实验验证码，头疼啊
赞一下 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

林夕0825
6楼2014-10-23 13:38:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

夏天_风

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
不用全做，选出十几到几十对有多态性的就能发文章了
赞一下 回复此楼
7楼2014-10-27 17:11:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

林夕0825

金虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
送红花一朵
引用回帖:
6楼: Originally posted by latchkeyboy at 2014-10-23 13:38:36
这位虫友，我通过测序开发了5千多个ssr，难道每个都需要实验验证码，头疼啊...

我想请教一下，你的5000个SSR是怎么开发出来的，我现在有全基因组的序列，但是不知道应该怎么开发SSR位点，求指点
赞一下 回复此楼
8楼2016-01-10 20:22:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

408小芒果

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
8楼: Originally posted by 林夕0825 at 2016-01-10 20:22:14
我想请教一下，你的5000个SSR是怎么开发出来的，我现在有全基因组的序列，但是不知道应该怎么开发SSR位点，求指点...

我也想开发SSR标记，求教

发自小木虫IOS客户端
赞一下 回复此楼
9楼2016-06-25 23:51:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 tea_gl9871 的主题更新
91/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 考研化学学硕调剂，一志愿985 +3 张vvvv 2026-03-15 4/200 2026-03-16 17:55 by 张vvvv
[考研] 梁成伟老师课题组欢迎你的加入 +8 一鸭鸭哟 2026-03-14 9/450 2026-03-16 17:35 by 沐霖12138
[考研] 一志愿985，本科211，0817化学工程与技术319求调剂 +5 Liwangman 2026-03-15 5/250 2026-03-16 17:10 by 我的船我的海
[考研] 304求调剂 +5 素年祭语 2026-03-15 5/250 2026-03-16 17:00 by 我的船我的海
[考研] 0703化学调剂 +6 妮妮ninicgb 2026-03-15 9/450 2026-03-16 16:40 by houyaoxu
[考研] 304求调剂 +3 曼殊2266 2026-03-14 3/150 2026-03-16 16:39 by houyaoxu
[考研] 材料与化工求调剂 +3 为学666 2026-03-16 3/150 2026-03-16 15:09 by 加号+
[考研] 304求调剂 +6 小熊joy 2026-03-14 6/300 2026-03-16 12:59 by Iveryant
[考研] 070305求调剂 +3 mlpqaz03 2026-03-14 4/200 2026-03-15 11:04 by peike
[考研] 289求调剂 +4 这么名字咋样 2026-03-14 6/300 2026-03-14 18:58 by userper
[考研] 295复试调剂 +5 简木ChuFront 2026-03-09 5/250 2026-03-14 01:29 by JourneyLucky
[考研] 一志愿安徽大学材料工程专硕313分，求调剂的学校 +8 Yu先生 2026-03-10 10/500 2026-03-14 01:04 by JourneyLucky
[考研] 337一志愿华南理工0805材料求调剂 +7 mysdl 2026-03-11 9/450 2026-03-13 22:43 by JourneyLucky
[考研] 0703化学调剂 +4 快乐的香蕉 2026-03-11 4/200 2026-03-13 22:41 by JourneyLucky
[考研] 315求调剂 +9 小羊小羊_ 2026-03-11 10/500 2026-03-13 21:13 by SXNU李老师
[考研] 308求调剂 +3 是Lupa啊 2026-03-12 3/150 2026-03-13 14:30 by 求调剂zz
[考研] 0856化工原理 +6 z2839474511 2026-03-10 6/300 2026-03-13 10:41 by houyaoxu
[考博] 读博申请 +5 感dd 2026-03-10 7/350 2026-03-11 17:02 by QGZDSYS
[基金申请] 提交后的基金本子，已让学校撤回了，可否换口子提交 +3 dut_pfx 2026-03-10 3/150 2026-03-11 08:38 by kudofaye
[考研] 调剂 +5 呵唔哦豁 2026-03-10 5/250 2026-03-10 22:00 by 28375m
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭