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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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tea_gl9871

铜虫 (正式写手)


[交流] 转录组测序开发ssr或snp标记的可行性,求指教!

请问论坛里的虫友们,
我现在做了单一植物材料不同处理条件下的转录组测序RNA-SEQ,数据反馈了很多SNP位点,按道理来说应该不该有很多snp位点吧?如何证明这是测序错误还是真的snp位点?
另外,我还想通过测序开发SSR引物,不知道这是否可行?尤其是在群体遗传和基因定位中的可行性。
求教!求围观指点!
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jxgacw2011

木虫 (正式写手)


★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
gyesang: 金币+2, 鼓励交流! 2013-12-13 21:45:59
tea_gl9871: 金币+5 2014-01-06 17:26:53
把过滤的阈值设置高一点,SNP自然会低很多,测序可以开发SSR引物,但是要做实验验证
2楼2013-12-13 16:45:27
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tea_gl9871

铜虫 (正式写手)


引用回帖:
2楼: Originally posted by jxgacw2011 at 2013-12-13 16:45:27
把过滤的阈值设置高一点,SNP自然会低很多,测序可以开发SSR引物,但是要做实验验证

通过测序开发SSR引物在群体遗传和基因定位中应用,可行吗?求教
3楼2013-12-13 20:44:56
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vanheco

新虫 (初入文坛)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
开发SSR当然可行,你关注一下最近发表的一些文章/。
4楼2014-01-12 22:53:07
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大爷给跪了

新虫 (小有名气)


可以  我已经做了
5楼2014-05-02 22:00:20
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latchkeyboy

铜虫 (小有名气)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
2楼: Originally posted by jxgacw2011 at 2013-12-13 16:45:27
把过滤的阈值设置高一点,SNP自然会低很多,测序可以开发SSR引物,但是要做实验验证

这位虫友,我通过测序开发了5千多个ssr,难道每个都需要实验验证码,头疼啊

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

6楼2014-10-23 13:38:36
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夏天_风

新虫 (初入文坛)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
不用全做,选出十几到几十对有多态性的就能发文章了
7楼2014-10-27 17:11:39
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林夕0825

金虫 (初入文坛)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
送红花一朵
引用回帖:
6楼: Originally posted by latchkeyboy at 2014-10-23 13:38:36
这位虫友,我通过测序开发了5千多个ssr,难道每个都需要实验验证码,头疼啊...

我想请教一下,你的5000个SSR是怎么开发出来的,我现在有全基因组的序列,但是不知道应该怎么开发SSR位点,求指点
8楼2016-01-10 20:22:14
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408小芒果

新虫 (初入文坛)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
8楼: Originally posted by 林夕0825 at 2016-01-10 20:22:14
我想请教一下,你的5000个SSR是怎么开发出来的,我现在有全基因组的序列,但是不知道应该怎么开发SSR位点,求指点...

我也想开发SSR标记,求教

发自小木虫IOS客户端
9楼2016-06-25 23:51:25
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