24小时热门版块排行榜    

查看: 3674  |  回复: 8
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

tea_gl9871

铜虫 (正式写手)


[交流] 转录组测序开发ssr或snp标记的可行性,求指教!

请问论坛里的虫友们,
我现在做了单一植物材料不同处理条件下的转录组测序RNA-SEQ,数据反馈了很多SNP位点,按道理来说应该不该有很多snp位点吧?如何证明这是测序错误还是真的snp位点?
另外,我还想通过测序开发SSR引物,不知道这是否可行?尤其是在群体遗传和基因定位中的可行性。
求教!求围观指点!
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

» 抢金币啦!回帖就可以得到:

查看全部散金贴

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

林夕0825

金虫 (初入文坛)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
送红花一朵
引用回帖:
6楼: Originally posted by latchkeyboy at 2014-10-23 13:38:36
这位虫友,我通过测序开发了5千多个ssr,难道每个都需要实验验证码,头疼啊...

我想请教一下,你的5000个SSR是怎么开发出来的,我现在有全基因组的序列,但是不知道应该怎么开发SSR位点,求指点
8楼2016-01-10 20:22:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 9 个回答

jxgacw2011

木虫 (正式写手)


★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
gyesang: 金币+2, 鼓励交流! 2013-12-13 21:45:59
tea_gl9871: 金币+5 2014-01-06 17:26:53
把过滤的阈值设置高一点,SNP自然会低很多,测序可以开发SSR引物,但是要做实验验证
2楼2013-12-13 16:45:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tea_gl9871

铜虫 (正式写手)


引用回帖:
2楼: Originally posted by jxgacw2011 at 2013-12-13 16:45:27
把过滤的阈值设置高一点,SNP自然会低很多,测序可以开发SSR引物,但是要做实验验证

通过测序开发SSR引物在群体遗传和基因定位中应用,可行吗?求教
3楼2013-12-13 20:44:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

vanheco

新虫 (初入文坛)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
开发SSR当然可行,你关注一下最近发表的一些文章/。
4楼2014-01-12 22:53:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 324求调剂 +3 lucky呀呀呀鸭 2026-03-20 3/150 2026-03-20 20:30 by JourneyLucky
[考研] 求调剂 +3 @taotao 2026-03-20 3/150 2026-03-20 19:35 by JourneyLucky
[考研] 求调剂 +3 eation27 2026-03-20 3/150 2026-03-20 19:32 by JourneyLucky
[考研] 一志愿南理工085701环境302求调剂院校 +3 葵梓卫队 2026-03-20 3/150 2026-03-20 19:28 by zhukairuo
[考研] 086500 325 求调剂 +3 领带小熊 2026-03-19 3/150 2026-03-20 18:38 by 尽舜尧1
[考研] 286分人工智能专业请求调剂愿意跨考! +3 lemonzzn 2026-03-17 4/200 2026-03-20 11:04 by lemonzzn
[考研] 材料专硕英一数二306 +6 z1z2z3879 2026-03-18 6/300 2026-03-20 08:49 by xingguangj
[考研] 288求调剂 +15 于海海海海 2026-03-19 15/750 2026-03-19 22:41 by 学员8dgXkO
[考研] 324分 085600材料化工求调剂 +3 llllkkkhh 2026-03-18 3/150 2026-03-19 14:22 by houyaoxu
[考研] 一志愿武理材料305分求调剂 +5 想上岸的鲤鱼 2026-03-18 6/300 2026-03-18 17:53 by 无际的草原
[考研] 311求调剂 +11 冬十三 2026-03-15 12/600 2026-03-18 14:36 by 星空星月
[考研] 0854可跨调剂,一作一项核心论文五项专利,省、国级证书40+数一英一287 +8 小李0854 2026-03-16 8/400 2026-03-18 14:35 by 搏击518
[考研] 收复试调剂生 +4 雨后秋荷 2026-03-18 4/200 2026-03-18 14:16 by elevennnne
[考研] 一志愿苏州大学材料工程(085601)专硕有科研经历三项国奖两个实用型专利一项省级立项 +6 大火山小火山 2026-03-16 8/400 2026-03-17 15:05 by 无懈可击111
[考研] 一志愿南京大学,080500材料科学与工程,调剂 +4 Jy? 2026-03-16 4/200 2026-03-17 11:02 by gaoqiong
[考研] 304求调剂 +5 素年祭语 2026-03-15 5/250 2026-03-16 17:00 by 我的船我的海
[考研] 304求调剂 +3 曼殊2266 2026-03-14 3/150 2026-03-16 16:39 by houyaoxu
[考研] 070305求调剂 +3 mlpqaz03 2026-03-14 4/200 2026-03-15 11:04 by peike
[考研] 本科南京大学一志愿川大药学327 +3 麦田耕者 2026-03-14 3/150 2026-03-14 20:04 by 外星文明
[考研] 一志愿哈工大材料324分求调剂 +5 闫旭东 2026-03-14 5/250 2026-03-14 14:53 by 木瓜膏
信息提示
请填处理意见