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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 转录组测序开发ssr或snp标记的可行性，求指教！
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tea_gl9871

铜虫 (正式写手)

[交流] 转录组测序开发ssr或snp标记的可行性，求指教！

请问论坛里的虫友们，
我现在做了单一植物材料不同处理条件下的转录组测序RNA-SEQ，数据反馈了很多SNP位点，按道理来说应该不该有很多snp位点吧？如何证明这是测序错误还是真的snp位点？
另外，我还想通过测序开发SSR引物，不知道这是否可行？尤其是在群体遗传和基因定位中的可行性。
求教！求围观指点！
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1楼 2013-12-13 15:08:24
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jxgacw2011

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
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gyesang: 金币+2, 鼓励交流！ 2013-12-13 21:45:59
tea_gl9871: 金币+5 2014-01-06 17:26:53
把过滤的阈值设置高一点，SNP自然会低很多，测序可以开发SSR引物，但是要做实验验证
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2楼2013-12-13 16:45:27
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tea_gl9871

铜虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jxgacw2011 at 2013-12-13 16:45:27
把过滤的阈值设置高一点，SNP自然会低很多，测序可以开发SSR引物，但是要做实验验证

通过测序开发SSR引物在群体遗传和基因定位中应用，可行吗？求教
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3楼2013-12-13 20:44:56
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vanheco

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
开发SSR当然可行，你关注一下最近发表的一些文章/。
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4楼2014-01-12 22:53:07
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大爷给跪了

新虫 (小有名气)
可以  我已经做了
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5楼2014-05-02 22:00:20
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latchkeyboy

铜虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
2楼: Originally posted by jxgacw2011 at 2013-12-13 16:45:27
把过滤的阈值设置高一点，SNP自然会低很多，测序可以开发SSR引物，但是要做实验验证

这位虫友，我通过测序开发了5千多个ssr，难道每个都需要实验验证码，头疼啊
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林夕0825
6楼2014-10-23 13:38:36
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夏天_风

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
不用全做，选出十几到几十对有多态性的就能发文章了
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7楼2014-10-27 17:11:39
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林夕0825

金虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
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引用回帖:
6楼: Originally posted by latchkeyboy at 2014-10-23 13:38:36
这位虫友，我通过测序开发了5千多个ssr，难道每个都需要实验验证码，头疼啊...

我想请教一下，你的5000个SSR是怎么开发出来的，我现在有全基因组的序列，但是不知道应该怎么开发SSR位点，求指点
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8楼2016-01-10 20:22:14
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408小芒果

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
8楼: Originally posted by 林夕0825 at 2016-01-10 20:22:14
我想请教一下，你的5000个SSR是怎么开发出来的，我现在有全基因组的序列，但是不知道应该怎么开发SSR位点，求指点...

我也想开发SSR标记，求教

发自小木虫IOS客户端
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9楼2016-06-25 23:51:25
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