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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 转录组测序数据验证问题
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liuderong

铁杆木虫 (正式写手)
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10楼: Originally posted by 阿昌学习 at 2015-01-14 10:24:52
还是不懂，我是新手，能不能说具体点啊，就是引物是不是要根据cds设计？那些转录组拼接的序列cds是完整的？直接把拼接序列用软件设计引物就可以了？
...

这样说吧，无论通过什么方法都好，都要拿到目的基因的一个片段，有几百bp就行，可以是CDS片段，也可以mRNA片段。
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11楼2015-01-14 11:27:20
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阿昌学习

新虫 (小有名气)
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7楼: Originally posted by 阿昌学习 at 2015-01-13 17:22:07
基因组没有测通呢，能不能跟相似物种的比对下，看看能不能找到cds，然后再设计引物，
...

真的很谢谢你，我最近也查了查，我是做验证，只要有一段mrna序列就可以，多谢了，直接回答我这个新手

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12楼2015-01-14 12:18:04
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阿昌学习

新虫 (小有名气)
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11楼: Originally posted by liuderong at 2015-01-14 11:27:20
这样说吧，无论通过什么方法都好，都要拿到目的基因的一个片段，有几百bp就行，可以是CDS片段，也可以mRNA片段。...

又有个问题了，哈哈，我要设计跨内含子引物，可是我做半定量要验证的这些基因都还没有注册，怎么设计跨内含子引物啊，不胜感激，，，

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13楼2015-01-14 12:59:04
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liuderong

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
13楼: Originally posted by 阿昌学习 at 2015-01-14 12:59:04
又有个问题了，哈哈，我要设计跨内含子引物，可是我做半定量要验证的这些基因都还没有注册，怎么设计跨内含子引物啊，不胜感激，，，
...

那得先知道基因的基因组序列。有基因组序列和CDS或者蛋白序列可以推出内含子的位置。
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14楼2015-01-14 14:23:37
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阿昌学习

新虫 (小有名气)
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14楼: Originally posted by liuderong at 2015-01-14 14:23:37
那得先知道基因的基因组序列。有基因组序列和CDS或者蛋白序列可以推出内含子的位置。...

我知道啊，可是就是因为库里面没有基因组序列，转录组都是一段段序列拼接出来的，那一段段序列怎么知道内含子外显子

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15楼2015-01-14 17:25:55
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liuderong

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
15楼: Originally posted by 阿昌学习 at 2015-01-14 17:25:55
我知道啊，可是就是因为库里面没有基因组序列，转录组都是一段段序列拼接出来的，那一段段序列怎么知道内含子外显子
...

到这一步了可以用同源比对的方法推断内含子位置。到NCBI里结合使用blastx和blastn，运气好的话是可以找到内含子的。
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16楼2015-01-14 18:15:15
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阿昌学习

新虫 (小有名气)
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16楼: Originally posted by liuderong at 2015-01-14 18:15:15
到这一步了可以用同源比对的方法推断内含子位置。到NCBI里结合使用blastx和blastn，运气好的话是可以找到内含子的。...

啊，我想了想，也只有这样了，万分感谢，不倦怠回答我这新虫

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17楼2015-01-15 08:09:04
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