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liuderong

铁杆木虫 (正式写手)

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10楼: Originally posted by 阿昌学习 at 2015-01-14 10:24:52
还是不懂,我是新手,能不能说具体点啊,就是引物是不是要根据cds设计?那些转录组拼接的序列cds是完整的?直接把拼接序列用软件设计引物就可以了?
...

这样说吧,无论通过什么方法都好,都要拿到目的基因的一个片段,有几百bp就行,可以是CDS片段,也可以mRNA片段。
11楼2015-01-14 11:27:20
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阿昌学习

新虫 (小有名气)

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7楼: Originally posted by 阿昌学习 at 2015-01-13 17:22:07
基因组没有测通呢,能不能跟相似物种的比对下,看看能不能找到cds,然后再设计引物,
...

真的很谢谢你,我最近也查了查,我是做验证,只要有一段mrna序列就可以,多谢了,直接回答我这个新手

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12楼2015-01-14 12:18:04
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阿昌学习

新虫 (小有名气)

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11楼: Originally posted by liuderong at 2015-01-14 11:27:20
这样说吧,无论通过什么方法都好,都要拿到目的基因的一个片段,有几百bp就行,可以是CDS片段,也可以mRNA片段。...

又有个问题了,哈哈,我要设计跨内含子引物,可是我做半定量要验证的这些基因都还没有注册,怎么设计跨内含子引物啊,不胜感激,,,

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13楼2015-01-14 12:59:04
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liuderong

铁杆木虫 (正式写手)

引用回帖:
13楼: Originally posted by 阿昌学习 at 2015-01-14 12:59:04
又有个问题了,哈哈,我要设计跨内含子引物,可是我做半定量要验证的这些基因都还没有注册,怎么设计跨内含子引物啊,不胜感激,,,
...

那得先知道基因的基因组序列。有基因组序列和CDS或者蛋白序列可以推出内含子的位置。
14楼2015-01-14 14:23:37
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阿昌学习

新虫 (小有名气)

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14楼: Originally posted by liuderong at 2015-01-14 14:23:37
那得先知道基因的基因组序列。有基因组序列和CDS或者蛋白序列可以推出内含子的位置。...

我知道啊,可是就是因为库里面没有基因组序列,转录组都是一段段序列拼接出来的,那一段段序列怎么知道内含子外显子

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15楼2015-01-14 17:25:55
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liuderong

铁杆木虫 (正式写手)

引用回帖:
15楼: Originally posted by 阿昌学习 at 2015-01-14 17:25:55
我知道啊,可是就是因为库里面没有基因组序列,转录组都是一段段序列拼接出来的,那一段段序列怎么知道内含子外显子
...

到这一步了可以用同源比对的方法推断内含子位置。到NCBI里结合使用blastx和blastn,运气好的话是可以找到内含子的。
16楼2015-01-14 18:15:15
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阿昌学习

新虫 (小有名气)

引用回帖:
16楼: Originally posted by liuderong at 2015-01-14 18:15:15
到这一步了可以用同源比对的方法推断内含子位置。到NCBI里结合使用blastx和blastn,运气好的话是可以找到内含子的。...

啊,我想了想,也只有这样了,万分感谢,不倦怠回答我这新虫

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17楼2015-01-15 08:09:04
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