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raohuihua

新虫 (小有名气)

[求助] 粘性末端老是连接不上

小妹最近在做一个质粒与片段粘性末端连接,体系如下:
载体6055bp          3ul
片段1758bp          4ul
10xT4ligase buffer 1ul
T4 ligase (Takara)   1ul
PEG 4000              1ul.............................10ul,4°过夜,转化TOP10
片段是PCR扩增胶回收得到,载体和片段均用NcoI 酶切回收纯化,没有测浓度,但是有跑胶,亮度还行,载体是GN抗性的,片段是 tet 抗性,转化后我分别铺了tet 、tet+GN的板,都没有长,究竟是什么原因呢?附上我的电泳图,有哪位大侠能够指导一下?不甚感激。
后来又换了个体系,如下,还是没有连接成功
载体6055bp          2ul
片段1758bp          5ul
10xT4ligase buffer 1ul
T4 ligase (Takara)   1ul
ddH20                   1ul................10ul

粘性末端老是连接不上
w27h2626338_1404100224_785.jpg
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phytoman

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流! 2014-07-10 11:16:18
看看感受态的效率有没有问题,另外你做的是单酶切啊?
2楼2014-07-10 00:53:32
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raohuihua

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by phytoman at 2014-07-10 00:53:32
看看感受态的效率有没有问题,另外你做的是单酶切啊?

感受态是新做的,阴性阳性对照我都做过,都没问题;载体是单酶切的,片段扩增的上下游引物都含有相同的酶切位点,是不是单酶切效率不高?另外,我想问一下PCR后胶回收是不是会有影响啊?
3楼2014-07-10 09:02:51
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jamesfeng

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
raohuihua(西门吹雪170代发): 金币+1, 鼓励回帖交流 2014-07-11 11:08:45
温度太低了,不要加PEG4000,16度左右连接2h左右。转化的时候,多转点试试!
4楼2014-07-10 11:15:28
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393658000

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
raohuihua: 金币+5, 有帮助 2014-07-10 19:53:02
gyesang: 金币+4, 鼓励回帖交流! 2014-07-16 15:50:23
你这个设计有点坑,主要有以下2个原因:
1.载体自连,要去检测很容易,你铺一个GN抗性的平板,去转化一下就知道了,你就会知道这种单酶切的自连会有多严重,载体你可以做一个去磷酸化
2.你确定你PCR的时候加入了保护碱基?另外就算是你成功连接进去了,你去筛选还得筛方向。
相关建议:
1.载体总量放的少一些,相反的片段量多一些,这样会增加碰撞几率,有可能会连上。
2.至于你说的Tet和Tet-GN都不长,我想问一下,你的片段难道就是Tet抗性?你确定你做进去的这一段正确表达出Tet抗性?如果确定那没问题,如果不确定就会比较麻烦。
其他的你想知道的可以私信我
5楼2014-07-10 11:28:06
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raohuihua

新虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by jamesfeng at 2014-07-10 11:15:28
温度太低了,不要加PEG4000,16度左右连接2h左右。转化的时候,多转点试试!

我第二个体系就是没有加PEG4000的,16度和4度都试过,还是没有长
6楼2014-07-10 19:30:38
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jamesfeng

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

片段末端没有处理吧!
7楼2014-07-10 19:42:12
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raohuihua

新虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by 393658000 at 2014-07-10 11:28:06
你这个设计有点坑,主要有以下2个原因:
1.载体自连,要去检测很容易,你铺一个GN抗性的平板,去转化一下就知道了,你就会知道这种单酶切的自连会有多严重,载体你可以做一个去磷酸化
2.你确定你PCR的时候加入了保 ...

谢谢你的建议,TET的抗性片段是我从pEX18Tc上扩下来的,之前我师姐就是用这个片段与pJN105连接成功了,其实最开始我是想直接用我师姐构建好的这个质粒(pJN105-TET)与另外一个片段连接的,连接了两次没连接上,我就试着用酶切鉴定了pJN105-TET,发现在正确的条带之外还出现了另外不需要的条带,所以我决定自己再构建一次pJN105-TET,然后就出现了上述的情况。我现在又开始用我师姐的质粒与我自己的片段做连接了,发现在扩增片段的时候老是有非特异性条带,之前用相同的体系模板都不会,然后就用胶回收,又连接了几次,在GN的平板上长了好多,而TET的平板上都不长,很奇怪,按理说我用的双酶切,载体不会环化,如果万一环化了,它同时有GN和TET抗性,不可能GN上长,TET 上不长啊?我都纳闷死了
8楼2014-07-10 19:49:01
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raohuihua

新虫 (小有名气)

引用回帖:
7楼: Originally posted by jamesfeng at 2014-07-10 19:42:12
片段末端没有处理吧!

是没有处理,但如果是双酶切,末端可以不用处理吧?
9楼2014-07-10 20:02:50
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raohuihua

新虫 (小有名气)

raohuihua: 回帖置顶 2014-07-10 20:10:43
raohuihua: 取消置顶 2014-07-11 09:31:44
我不知道回帖评分帖子就变成【已完结】了其实还在求助当中啦。。。。。还需要各位大侠指点啊
10楼2014-07-10 20:10:36
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