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zhen_fang

银虫 (正式写手)

[交流] 大家在做蛋白同源模拟的时候,如何把不同结构域的分别建模连接到一起?

我正在学习做同源建模,目标序列比对时,发现前面300多氨基酸与A蛋白有最高47%相似性,而后面100个氨基酸与B蛋白有较高的相似性36%。我的蛋白有两个区域,前面300个氨基酸和后面100个氨基酸。请问这种情况,我如果选择根据AB蛋白分别建模,获得的不同区域结构模型,我如何将他们连在一起?然后可以继续做MD等后续工作。
有什么方法或者软件可以完成?谢谢了。easymodeller我也在用,可是里面的aglinment在序列比对时,后面的100氨基酸结构总不能和目标序列重合比对。。。
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黑藻先生

银虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
不需要分开吧 直接用MODELLER模建整个蛋白 模板多选几个它自己能ALIGN上去
或者
分开模建 模好了用一些可视化软件自己连起来(比如说一些LOOP ) 然后反正你也要跑MD 优化一下就可以  连起来PYMOL就可以做

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29楼2014-05-23 17:50:57
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zhen_fang(金币+1): 谢谢参与
2楼2014-05-21 10:52:37
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3楼2014-05-21 10:57:47
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4楼2014-05-21 11:03:30
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god0729

铁虫 (知名作家)


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Good luck
5楼2014-05-21 11:07:14
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6楼2014-05-21 11:07:27
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ttmany7788

铁虫 (知名作家)


zhen_fang(金币+1): 谢谢参与
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7楼2014-05-21 11:08:14
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gitme3388

铁虫 (知名作家)


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8楼2014-05-21 11:08:14
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freedom767

铁虫 (知名作家)


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9楼2014-05-21 11:08:18
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zhen_fang(金币+1): 谢谢参与
10楼2014-05-21 11:09:05
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