| 查看: 3586 | 回复: 30 | |||
zhen_fang银虫 (正式写手)
|
[交流]
大家在做蛋白同源模拟的时候，如何把不同结构域的分别建模连接到一起？
|
||
|
我正在学习做同源建模，目标序列比对时，发现前面300多氨基酸与A蛋白有最高47%相似性，而后面100个氨基酸与B蛋白有较高的相似性36%。我的蛋白有两个区域，前面300个氨基酸和后面100个氨基酸。请问这种情况，我如果选择根据AB蛋白分别建模，获得的不同区域结构模型，我如何将他们连在一起？然后可以继续做MD等后续工作。 有什么方法或者软件可以完成？谢谢了。easymodeller我也在用，可是里面的aglinment在序列比对时，后面的100氨基酸结构总不能和目标序列重合比对。。。 |
回复此楼» 猜你喜欢
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
候选抗病ESTblastx后，怎么知道是否含有抗病基因保守结构域NBS、LRR之类？
已经有8人回复
- 求助！蛋白质同源建模，模板不是同工酶，而且相似性低于30%，下一步怎么办？
已经有12人回复
- 蛋白质三级结构结构模建
已经有3人回复
- 怎样对一个酶进行同源建模，能分析出合理的突变位点
已经有11人回复
- 关于PDB中蛋白结构
已经有4人回复
- 怎样进行蛋白质高级结构的比对分析
已经有7人回复
- 同源建模时怎样计算一致性和相似性
已经有4人回复
- 蛋白的同源建模
已经有5人回复
- 同源建模之----分别建模
已经有7人回复
- 求助，已有PDB结构的DS同源建模步骤，谢谢
已经有11人回复
- 同源建模，希望建的蛋白质结构，N端和C端分别使用不同的蛋白模版，请教
已经有11人回复
- 求助：本人新手，想分段同源建模，不知道用什么软件和方法？
已经有11人回复
- 请教大家，跨膜蛋白的同源建模，遇到了困难
已经有3人回复
- 关于同源建模预测蛋白三维结构
已经有4人回复
- swiss model上怎么做二聚体的同源建模
已经有5人回复
- 【求助】在swiss model 同源建模以后得到的结果怎么分析
已经有8人回复
- 【求助】从同源建模开始，一个完整的分子对接实验需要多久？
已经有7人回复
- 【讨论】分子模拟还是同源建模
已经有16人回复
- 【求助】modeller同源建模结果选择
已经有10人回复
- 【求助】蛋白质建模没有同源模板怎么解决？
已经有11人回复
- 【讨论】同一蛋白质分成不同部分建模得到的结构如何生成一个结构?
已经有9人回复
zhen_fang29楼2014-05-23 17:50:57
★
zhen_fang(金币+1): 谢谢参与
zhen_fang(金币+1): 谢谢参与
 |
2楼2014-05-21 10:52:37
★
zhen_fang(金币+1): 谢谢参与
zhen_fang(金币+1): 谢谢参与
|
|
3楼2014-05-21 10:57:47
★
zhen_fang(金币+1): 谢谢参与
zhen_fang(金币+1): 谢谢参与
 |
4楼2014-05-21 11:03:30
5楼2014-05-21 11:07:14
★
zhen_fang(金币+1): 谢谢参与
zhen_fang(金币+1): 谢谢参与
|
|
6楼2014-05-21 11:07:27
ttmany7788
铁虫 (知名作家)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 6408.5
- 红花: 3
- 帖子: 7308
- 在线: 50.2小时
- 虫号: 2607370
- 注册: 2013-08-20
- 专业: 电路与系统
7楼2014-05-21 11:08:14
gitme3388
铁虫 (知名作家)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 6337.6
- 红花: 2
- 帖子: 7309
- 在线: 49小时
- 虫号: 2607600
- 注册: 2013-08-20
- 专业: 无机合成和制备化学
8楼2014-05-21 11:08:14
freedom767
铁虫 (知名作家)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 6425.3
- 红花: 2
- 帖子: 7369
- 在线: 50.3小时
- 虫号: 2606677
- 注册: 2013-08-20
- 专业: 高分子合成化学
9楼2014-05-21 11:08:18
★
zhen_fang(金币+1): 谢谢参与
zhen_fang(金币+1): 谢谢参与
|
|
10楼2014-05-21 11:09:05
