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呆呆呆呆

铁虫 (小有名气)

[求助] 关于PDB中蛋白结构

PDB中某一蛋白结构由许多链组成是什么意思啊,为什么每条链打氨基酸序列与蛋白质的序列不一致?求解
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fuyuandj86

版主 (著名写手)

己所不欲,勿施于人

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
呆呆呆呆: 金币+5 2013-08-09 09:23:43
kx444555: 金币+1, 鼓励交流 2013-08-10 12:08:25
一般一条链就是一个蛋白,有时候给出好几条链可能就是同一个蛋白在晶胞的不同位置.
比较常见的是某些链的氨基酸序列不是蛋白的全长序列,比如N端或者C端少了几个氨基酸
The doer of good becomes good, the doer of evil becomes evil.
2楼2013-08-09 00:16:44
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呆呆呆呆

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by fuyuandj86 at 2013-08-09 00:16:44
一般一条链就是一个蛋白,有时候给出好几条链可能就是同一个蛋白在晶胞的不同位置.
比较常见的是某些链的氨基酸序列不是蛋白的全长序列,比如N端或者C端少了几个氨基酸

我用PyMOL软件打开下载的pdb,就出现了一些点状的,而不是条状的,这是怎么回事(我我这个结构是用冷冻电镜分析的蛋白结构)?
3楼2013-08-09 09:23:15
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ynkuaile

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
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kx444555: 金币+2, 鼓励交流 2013-08-10 12:08:32
PDB中某一蛋白结构由许多链组成是什么意思啊.这情况复杂了,1“可能是个复合体的结构,肯定很多条链。2: 多亚基蛋白,一个完整的行使正常生理功能的时候,他是一个多亚基蛋白,一条亚基,就是一个多肽链; 3: 氨基酸序列完全一样,但是多条链。可能行使功能的时候是以多聚的形式存在,是个聚集体。或者由于某些作用力作用下,蛋白质形成规则的几聚体,这个形式与功能无关。与蛋白序列不一致,可能是某个结构域的结构,或者某些氨基酸没有衍射点。
4楼2013-08-09 13:43:27
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呆呆呆呆

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by ynkuaile at 2013-08-09 13:43:27
PDB中某一蛋白结构由许多链组成是什么意思啊.这情况复杂了,1“可能是个复合体的结构,肯定很多条链。2: 多亚基蛋白,一个完整的行使正常生理功能的时候,他是一个多亚基蛋白,一条亚基,就是一个多肽链; 3: 氨基 ...

这个蛋白确实是三聚体,那你能帮我看一下么,怎么感觉有氨基酸缺失,还是它利用冷冻电镜预测的不完整。PDB号是:3IYK
5楼2013-08-09 21:13:50
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