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呆呆呆呆

铁虫 (小有名气)

[求助] 关于PDB中蛋白结构

PDB中某一蛋白结构由许多链组成是什么意思啊，为什么每条链打氨基酸序列与蛋白质的序列不一致？求解
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1楼 2013-08-08 19:12:47
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ynkuaile

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
kx444555: 金币+2, 鼓励交流 2013-08-10 12:08:32
PDB中某一蛋白结构由许多链组成是什么意思啊.这情况复杂了，1“可能是个复合体的结构，肯定很多条链。2： 多亚基蛋白，一个完整的行使正常生理功能的时候，他是一个多亚基蛋白，一条亚基，就是一个多肽链； 3： 氨基酸序列完全一样，但是多条链。可能行使功能的时候是以多聚的形式存在，是个聚集体。或者由于某些作用力作用下，蛋白质形成规则的几聚体，这个形式与功能无关。与蛋白序列不一致，可能是某个结构域的结构，或者某些氨基酸没有衍射点。
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4楼2013-08-09 13:43:27
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fuyuandj86

版主 (著名写手)

己所不欲，勿施于人

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
呆呆呆呆: 金币+5 2013-08-09 09:23:43
kx444555: 金币+1, 鼓励交流 2013-08-10 12:08:25
一般一条链就是一个蛋白,有时候给出好几条链可能就是同一个蛋白在晶胞的不同位置.
比较常见的是某些链的氨基酸序列不是蛋白的全长序列,比如N端或者C端少了几个氨基酸
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The doer of good becomes good, the doer of evil becomes evil.
2楼2013-08-09 00:16:44
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呆呆呆呆

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by fuyuandj86 at 2013-08-09 00:16:44
一般一条链就是一个蛋白,有时候给出好几条链可能就是同一个蛋白在晶胞的不同位置.
比较常见的是某些链的氨基酸序列不是蛋白的全长序列,比如N端或者C端少了几个氨基酸

我用PyMOL软件打开下载的pdb，就出现了一些点状的，而不是条状的，这是怎么回事（我我这个结构是用冷冻电镜分析的蛋白结构）？
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3楼2013-08-09 09:23:15
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呆呆呆呆

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by ynkuaile at 2013-08-09 13:43:27
PDB中某一蛋白结构由许多链组成是什么意思啊.这情况复杂了，1“可能是个复合体的结构，肯定很多条链。2： 多亚基蛋白，一个完整的行使正常生理功能的时候，他是一个多亚基蛋白，一条亚基，就是一个多肽链； 3： 氨基 ...

这个蛋白确实是三聚体，那你能帮我看一下么，怎么感觉有氨基酸缺失，还是它利用冷冻电镜预测的不完整。PDB号是：3IYK
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5楼2013-08-09 21:13:50
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