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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 大家在做蛋白同源模拟的时候，如何把不同结构域的分别建模连接到一起？
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shenrenren
21楼2014-05-21 11:42:12
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kingki
22楼2014-05-21 11:45:12
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henry835
23楼2014-05-21 12:00:57
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zhen_fang

银虫 (正式写手)
顶，不要灌水
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24楼2014-05-21 17:31:41
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younghe

铁虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
Modeller貌似可以多模版建模吧
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25楼2014-05-22 15:16:35
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zhen_fang

银虫 (正式写手)
引用回帖:
25楼: Originally posted by younghe at 2014-05-22 15:16:35
Modeller貌似可以多模版建模吧

对呀，可以多模块，可是没有把多个模块连在一起的功能，或者我不会这样的功能。。。
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26楼2014-05-22 16:34:13
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boyuehu
27楼2014-05-22 16:59:40
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basaga

铜虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
同在学同源建模。顶一个。
我有个想法，就是把B蛋白对得上的部分剪出来（直接用写字板打开PDB文件然后删除不要的ATOM，或者在pymol或者DS里打开PDB，把不要的选中然后删除，另存为PDB），然后再用modeller进行多模版建模。
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28楼2014-05-23 17:32:46
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黑藻先生

银虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
不需要分开吧 直接用MODELLER模建整个蛋白 模板多选几个它自己能ALIGN上去
或者
分开模建 模好了用一些可视化软件自己连起来（比如说一些LOOP ） 然后反正你也要跑MD 优化一下就可以  连起来PYMOL就可以做
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zhen_fang
29楼2014-05-23 17:50:57
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zhen_fang

银虫 (正式写手)
送红花一朵
引用回帖:
29楼: Originally posted by 黑藻先生 at 2014-05-23 17:50:57
不需要分开吧 直接用MODELLER模建整个蛋白 模板多选几个它自己能ALIGN上去
或者
分开模建 模好了用一些可视化软件自己连起来（比如说一些LOOP ） 然后反正你也要跑MD 优化一下就可以  连起来PYMOL就可以做

请问，使用pyMOl如何把两个蛋白连起来呢？最近一直琢磨，没有突破，很捉急，谢谢帮忙了
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30楼2014-05-25 09:34:57
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