应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 蛋白质三级结构结构模建
41/1返回列表
查看: 1341  |  回复: 3
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

黑藻先生

银虫 (小有名气)

[交流] 蛋白质三级结构结构模建

是不是目前大部分都只能用PROCHECK进行评估？

顺带交流一下有没有专门做模建的~
正常来说如果专注一个蛋白模建后再跑动力学比较靠谱
我手头目前是要建某菌种所有蛋白的结构数据库
虽然个人觉得模建的结构拿来用都不靠谱.....

MODELLER自带CHARMM力场能进行小部分的优化
但是跟专门的动力学不能比吧
大规模的数据也不可能集体去跑动力学

想了很久确实现在这块的地位有点尴尬的样子
总觉得这方面很“憋屈”
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼 2014-01-18 00:50:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mzhyan

至尊木虫 (文坛精英)
blessing
回复此楼
2楼2014-01-18 07:20:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

870277182

铁虫 (小有名气)
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
黑藻先生: 金币+1, 谢谢交流 2014-01-19 00:45:15
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-01-19 09:44:12
如果你模建的模板序列一致度高的话，其实模建的还是不错的
如果你都要挨个跑动力学的话，那计算量就略微有点大了，而且现在做结构出成绩的，主要还是靠NMR或者衍射，考模建得到的结构毕竟太简单了
赞一下 回复此楼
3楼2014-01-18 10:15:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

黑藻先生

银虫 (小有名气)
★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-01-19 09:46:03
引用回帖:
3楼: Originally posted by 870277182 at 2014-01-18 10:15:23
如果你模建的模板序列一致度高的话，其实模建的还是不错的
如果你都要挨个跑动力学的话，那计算量就略微有点大了，而且现在做结构出成绩的，主要还是靠NMR或者衍射，考模建得到的结构毕竟太简单了

感谢回复
一个菌种里的所有蛋白不可能全部一致度都高

我只是在想 所谓的结构生物信息学 我们到底能用结构做什么
研究分子进化？还是什么别的？

而不是只是把它当做一种辅助工具用一下完事。
赞一下 回复此楼
4楼2014-01-19 00:45:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 黑藻先生 的主题更新
41/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭