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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 蛋白质三级结构结构模建
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黑藻先生

银虫 (小有名气)

[交流] 蛋白质三级结构结构模建

是不是目前大部分都只能用PROCHECK进行评估？

顺带交流一下有没有专门做模建的~
正常来说如果专注一个蛋白模建后再跑动力学比较靠谱
我手头目前是要建某菌种所有蛋白的结构数据库
虽然个人觉得模建的结构拿来用都不靠谱.....

MODELLER自带CHARMM力场能进行小部分的优化
但是跟专门的动力学不能比吧
大规模的数据也不可能集体去跑动力学

想了很久确实现在这块的地位有点尴尬的样子
总觉得这方面很“憋屈”
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1楼 2014-01-18 00:50:10
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mzhyan

至尊木虫 (文坛精英)
blessing
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2楼2014-01-18 07:20:39
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870277182

铁虫 (小有名气)
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
黑藻先生: 金币+1, 谢谢交流 2014-01-19 00:45:15
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-01-19 09:44:12
如果你模建的模板序列一致度高的话，其实模建的还是不错的
如果你都要挨个跑动力学的话，那计算量就略微有点大了，而且现在做结构出成绩的，主要还是靠NMR或者衍射，考模建得到的结构毕竟太简单了
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3楼2014-01-18 10:15:23
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黑藻先生

银虫 (小有名气)
★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-01-19 09:46:03
引用回帖:
3楼: Originally posted by 870277182 at 2014-01-18 10:15:23
如果你模建的模板序列一致度高的话，其实模建的还是不错的
如果你都要挨个跑动力学的话，那计算量就略微有点大了，而且现在做结构出成绩的，主要还是靠NMR或者衍射，考模建得到的结构毕竟太简单了

感谢回复
一个菌种里的所有蛋白不可能全部一致度都高

我只是在想 所谓的结构生物信息学 我们到底能用结构做什么
研究分子进化？还是什么别的？

而不是只是把它当做一种辅助工具用一下完事。
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4楼2014-01-19 00:45:05
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