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求助一个蛋白结构模拟方面的问题 已有6人参与
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| 实验需要，我设计了一段氨基酸序列，想预测它所表达的蛋白结构，不知道分子模拟软件能否预测，如果可以，有没有什么简单易操作的软件，毕竟在这方面是外行。谢谢，谢谢，非常感谢！！ |
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lkui486
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【答案】应助回帖
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同学你好你是想模拟由氨基酸组装为蛋白质的过程？这是有难度的。单纯的计算发的paper就不低。你要从一个一维结构到三级甚至四级结构是一个分子动力学的过程。这个首先得有服务器来算。PC是不可能的。另外你得有正版软件。比如DS。这个计算没有个几百个核是很难跑的。所以你得先做评估。当然本研究室具备这样的计算能力和水平。所以如果能共同通讯合作发paper可以帮你算。你可以先考虑一下。 [ 发自小木虫客户端 ] |
2楼2013-12-28 00:37:43
iovvoi
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6楼2014-01-03 16:56:14
【答案】应助回帖
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先看序列长度 然后先看看二级结构 很小的话用一些模拟小分子的软件 一般的话先BLAST找有没有同源序列 如果有可以当做模板 或者是分段模板 如果只是简单预测不用跑分子动力学 基本上MODELLER就可以 虽然是代码其实也不难 TUTORIAL写的很详细 而且本身包括小的动力学模拟 SWISSMODEL有在线全自动版本的 也很简单 输入序列直接等结果（前提是能同源模建） 其他一些软件可以参考http://en.wikipedia.org/wiki/Pro ... prediction_software 如果是序列很长 拆分一下 LOOP先不用管 看看有么有DOMAIN |
7楼2014-01-11 08:41:08
50