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liulovewang

新虫 (初入文坛)

[求助] 蛋白质构象模拟

打算做这种模拟:
1、先找出多肽链的最低能量下的构象,以及在该构象下的能量,确定该构象各原子的坐标
2、人为修改原子坐标位置,相当于多肽链在外载荷下发生了形变,达到一种新的构象,再模拟多肽链在该构象下的能量

请问上诉两个步骤用分子模拟软件能实现吗?比如NAMD?如能解答具体的方法,本人不胜感激!新人金币少,出手寒碜,还请见谅。
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ChemiAndy

木虫 (正式写手)


★ ★
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-07-09 15:48:06
难道想做传说中的蛋白质的全局最优构象的从头预测?
这得看有多少残基了,话说十来个还行,
对于上百残基的蛋白来说基本是不可能的,
不是有人动用全世界空闲电脑做所谓格点计算,算了半年才找出来一个,有什么意义吗?——做实验的话,PCR合成一下,做个表面涂抹干燥结晶,X光一照,蛋白结构就出来了,比神马从头预测快多了。
4楼2012-07-09 11:46:23
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普通回帖

ChemiAndy

木虫 (正式写手)


没有看懂你想干什么
似乎你已经知道了最低能构象,当然也就能计算出它的势能了;
然后你也知道了另外一种构象,想模拟出它的势能;
然后你说人为修改原子坐标,从最低能构象切换到另外一种,这里不知道你要干什么,或者你有什么问题

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2楼2012-07-09 10:54:34
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chaizhm

木虫 (著名写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by ChemiAndy at 2012-07-09 10:54:34
没有看懂你想干什么
似乎你已经知道了最低能构象,当然也就能计算出它的势能了;
然后你也知道了另外一种构象,想模拟出它的势能;
然后你说人为修改原子坐标,从最低能构象切换到另外一种,这里不知道你要干什么 ...

我大概知道他想干什么

他首先想求一个蛋白的构象,这个是他不知道的。这个做一下能量最小化就可以,分子模拟应该可以做,只要有合适的分子立场

然后想求改位置以后的能量。但是怎么改很有技巧,如果改不好可能根本收敛不了

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

壁立万仞,无欲则刚
3楼2012-07-09 11:25:32
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liulovewang

新虫 (初入文坛)

送鲜花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by ChemiAndy at 2012-07-09 10:54:34
没有看懂你想干什么
似乎你已经知道了最低能构象,当然也就能计算出它的势能了;
然后你也知道了另外一种构象,想模拟出它的势能;
然后你说人为修改原子坐标,从最低能构象切换到另外一种,这里不知道你要干什么 ...

简单解释吧,某分子马达的旋转轴是α螺旋的多肽链,我想先求解出最低能量的构象作为初始状态,然后求出一系列扭转角度θ(相当于施加外载荷发生了形变,想通过修改原子坐标得到该过程)及其对应的能量E,E对θ二次微分得到扭转刚度。
5楼2012-07-09 11:56:27
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liulovewang

新虫 (初入文坛)

送鲜花一朵
引用回帖:
3楼: Originally posted by chaizhm at 2012-07-09 11:25:32
我大概知道他想干什么

他首先想求一个蛋白的构象,这个是他不知道的。这个做一下能量最小化就可以,分子模拟应该可以做,只要有合适的分子立场

然后想求改位置以后的能量。但是怎么改很有技巧,如果改不好可 ...

简单解释吧,某分子马达的旋转轴是α螺旋的多肽链,我想先求解出最低能量的构象作为初始状态,然后求出一系列扭转角度θ(相当于施加外载荷发生了形变,想通过修改原子坐标得到该过程)及其对应的能量E,E对θ二次微分得到扭转刚度。
6楼2012-07-09 11:58:35
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liulovewang

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by ChemiAndy at 2012-07-09 11:46:23
难道想做传说中的蛋白质的全局最优构象的从头预测?
这得看有多少残基了,话说十来个还行,
对于上百残基的蛋白来说基本是不可能的,
不是有人动用全世界空闲电脑做所谓格点计算,算了半年才找出来一个,有什么 ...

结构是已知的α螺旋
7楼2012-07-09 11:59:03
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liulovewang

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by ChemiAndy at 2012-07-09 10:54:34
没有看懂你想干什么
似乎你已经知道了最低能构象,当然也就能计算出它的势能了;
然后你也知道了另外一种构象,想模拟出它的势能;
然后你说人为修改原子坐标,从最低能构象切换到另外一种,这里不知道你要干什么 ...

不知能否固定两段的原子坐标?
8楼2012-07-09 12:01:00
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chaizhm

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
liulovewang: 金币+3, 有帮助, 多谢 刚接触模拟软件 还没有熟悉 熟悉软件后我再试试 2012-07-09 16:39:06
引用回帖:
6楼: Originally posted by liulovewang at 2012-07-09 11:58:35
简单解释吧,某分子马达的旋转轴是α螺旋的多肽链,我想先求解出最低能量的构象作为初始状态,然后求出一系列扭转角度θ(相当于施加外载荷发生了形变,想通过修改原子坐标得到该过程)及其对应的能量E,E对θ二次 ...

我感觉是可以做的 你可以用分子力场跑一下能量最小化

你说的固定两端原子也是可以实现的
壁立万仞,无欲则刚
9楼2012-07-09 15:50:06
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wally8962

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-07-10 17:28:20
引用回帖:
6楼: Originally posted by liulovewang at 2012-07-09 11:58:35
简单解释吧,某分子马达的旋转轴是α螺旋的多肽链,我想先求解出最低能量的构象作为初始状态,然后求出一系列扭转角度θ(相当于施加外载荷发生了形变,想通过修改原子坐标得到该过程)及其对应的能量E,E对θ二次 ...

讨论一下:
1 这种系统里决定结构运动趋势的是自由能,不是势能。直接用势能是否合适?
2 这根杆扭转时需要克服的阻力是不均匀的,取几个点恐怕太粗糙
10楼2012-07-10 11:31:19
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