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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 专家会诊 » 蛋白质构象模拟
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liulovewang

新虫 (初入文坛)

[求助] 蛋白质构象模拟

打算做这种模拟：
1、先找出多肽链的最低能量下的构象，以及在该构象下的能量，确定该构象各原子的坐标
2、人为修改原子坐标位置，相当于多肽链在外载荷下发生了形变，达到一种新的构象，再模拟多肽链在该构象下的能量

请问上诉两个步骤用分子模拟软件能实现吗？比如NAMD？如能解答具体的方法，本人不胜感激！新人金币少，出手寒碜，还请见谅。
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1楼 2012-07-07 11:00:17
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

ChemiAndy

木虫 (正式写手)
★ ★
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-07-09 15:48:06
难道想做传说中的蛋白质的全局最优构象的从头预测？
这得看有多少残基了，话说十来个还行，
对于上百残基的蛋白来说基本是不可能的，
不是有人动用全世界空闲电脑做所谓格点计算，算了半年才找出来一个，有什么意义吗？——做实验的话，PCR合成一下，做个表面涂抹干燥结晶，X光一照，蛋白结构就出来了，比神马从头预测快多了。
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4楼2012-07-09 11:46:23
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普通回帖

ChemiAndy

木虫 (正式写手)
没有看懂你想干什么
似乎你已经知道了最低能构象，当然也就能计算出它的势能了；
然后你也知道了另外一种构象，想模拟出它的势能；
然后你说人为修改原子坐标，从最低能构象切换到另外一种，这里不知道你要干什么，或者你有什么问题
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liulovewang
2楼2012-07-09 10:54:34
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chaizhm

木虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by ChemiAndy at 2012-07-09 10:54:34
没有看懂你想干什么
似乎你已经知道了最低能构象，当然也就能计算出它的势能了；
然后你也知道了另外一种构象，想模拟出它的势能；
然后你说人为修改原子坐标，从最低能构象切换到另外一种，这里不知道你要干什么 ...

我大概知道他想干什么

他首先想求一个蛋白的构象，这个是他不知道的。这个做一下能量最小化就可以，分子模拟应该可以做，只要有合适的分子立场

然后想求改位置以后的能量。但是怎么改很有技巧，如果改不好可能根本收敛不了
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liulovewang
壁立万仞，无欲则刚
3楼2012-07-09 11:25:32
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liulovewang

新虫 (初入文坛)
送鲜花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by ChemiAndy at 2012-07-09 10:54:34
没有看懂你想干什么
似乎你已经知道了最低能构象，当然也就能计算出它的势能了；
然后你也知道了另外一种构象，想模拟出它的势能；
然后你说人为修改原子坐标，从最低能构象切换到另外一种，这里不知道你要干什么 ...

简单解释吧，某分子马达的旋转轴是α螺旋的多肽链，我想先求解出最低能量的构象作为初始状态，然后求出一系列扭转角度θ（相当于施加外载荷发生了形变，想通过修改原子坐标得到该过程）及其对应的能量E，E对θ二次微分得到扭转刚度。
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5楼2012-07-09 11:56:27
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liulovewang

新虫 (初入文坛)
送鲜花一朵
引用回帖:
3楼: Originally posted by chaizhm at 2012-07-09 11:25:32
我大概知道他想干什么

他首先想求一个蛋白的构象，这个是他不知道的。这个做一下能量最小化就可以，分子模拟应该可以做，只要有合适的分子立场

然后想求改位置以后的能量。但是怎么改很有技巧，如果改不好可 ...

简单解释吧，某分子马达的旋转轴是α螺旋的多肽链，我想先求解出最低能量的构象作为初始状态，然后求出一系列扭转角度θ（相当于施加外载荷发生了形变，想通过修改原子坐标得到该过程）及其对应的能量E，E对θ二次微分得到扭转刚度。
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6楼2012-07-09 11:58:35
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liulovewang

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by ChemiAndy at 2012-07-09 11:46:23
难道想做传说中的蛋白质的全局最优构象的从头预测？
这得看有多少残基了，话说十来个还行，
对于上百残基的蛋白来说基本是不可能的，
不是有人动用全世界空闲电脑做所谓格点计算，算了半年才找出来一个，有什么 ...

结构是已知的α螺旋
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7楼2012-07-09 11:59:03
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liulovewang

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by ChemiAndy at 2012-07-09 10:54:34
没有看懂你想干什么
似乎你已经知道了最低能构象，当然也就能计算出它的势能了；
然后你也知道了另外一种构象，想模拟出它的势能；
然后你说人为修改原子坐标，从最低能构象切换到另外一种，这里不知道你要干什么 ...

不知能否固定两段的原子坐标？
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8楼2012-07-09 12:01:00
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chaizhm

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
liulovewang: 金币+3, ★有帮助, 多谢 刚接触模拟软件 还没有熟悉 熟悉软件后我再试试 2012-07-09 16:39:06
引用回帖:
6楼: Originally posted by liulovewang at 2012-07-09 11:58:35
简单解释吧，某分子马达的旋转轴是α螺旋的多肽链，我想先求解出最低能量的构象作为初始状态，然后求出一系列扭转角度θ（相当于施加外载荷发生了形变，想通过修改原子坐标得到该过程）及其对应的能量E，E对θ二次 ...

我感觉是可以做的 你可以用分子力场跑一下能量最小化

你说的固定两端原子也是可以实现的
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壁立万仞，无欲则刚
9楼2012-07-09 15:50:06
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wally8962

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-07-10 17:28:20
引用回帖:
6楼: Originally posted by liulovewang at 2012-07-09 11:58:35
简单解释吧，某分子马达的旋转轴是α螺旋的多肽链，我想先求解出最低能量的构象作为初始状态，然后求出一系列扭转角度θ（相当于施加外载荷发生了形变，想通过修改原子坐标得到该过程）及其对应的能量E，E对θ二次 ...

讨论一下：
1 这种系统里决定结构运动趋势的是自由能，不是势能。直接用势能是否合适？
2 这根杆扭转时需要克服的阻力是不均匀的，取几个点恐怕太粗糙
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10楼2012-07-10 11:31:19
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