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liulovewang新虫 (初入文坛)
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[求助]
蛋白质构象模拟
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打算做这种模拟： 1、先找出多肽链的最低能量下的构象，以及在该构象下的能量，确定该构象各原子的坐标 2、人为修改原子坐标位置，相当于多肽链在外载荷下发生了形变，达到一种新的构象，再模拟多肽链在该构象下的能量 请问上诉两个步骤用分子模拟软件能实现吗？比如NAMD？如能解答具体的方法，本人不胜感激！新人金币少，出手寒碜，还请见谅。 |
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liulovewang
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6楼2012-07-09 11:58:35
ChemiAndy
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没有看懂你想干什么 似乎你已经知道了最低能构象，当然也就能计算出它的势能了； 然后你也知道了另外一种构象，想模拟出它的势能； 然后你说人为修改原子坐标，从最低能构象切换到另外一种，这里不知道你要干什么，或者你有什么问题 |
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2楼2012-07-09 10:54:34
chaizhm
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我大概知道他想干什么 他首先想求一个蛋白的构象，这个是他不知道的。这个做一下能量最小化就可以，分子模拟应该可以做，只要有合适的分子立场 然后想求改位置以后的能量。但是怎么改很有技巧，如果改不好可能根本收敛不了 |
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3楼2012-07-09 11:25:32
ChemiAndy
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4楼2012-07-09 11:46:23