应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 专家会诊 » 蛋白质构象模拟
131/2返回列表12下一页
查看: 2343  |  回复: 12
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

liulovewang

新虫 (初入文坛)

[求助] 蛋白质构象模拟

打算做这种模拟：
1、先找出多肽链的最低能量下的构象，以及在该构象下的能量，确定该构象各原子的坐标
2、人为修改原子坐标位置，相当于多肽链在外载荷下发生了形变，达到一种新的构象，再模拟多肽链在该构象下的能量

请问上诉两个步骤用分子模拟软件能实现吗？比如NAMD？如能解答具体的方法，本人不胜感激！新人金币少，出手寒碜，还请见谅。
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2012-07-07 11:00:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

ChemiAndy

木虫 (正式写手)
★ ★
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-07-09 15:48:06
难道想做传说中的蛋白质的全局最优构象的从头预测？
这得看有多少残基了，话说十来个还行，
对于上百残基的蛋白来说基本是不可能的，
不是有人动用全世界空闲电脑做所谓格点计算，算了半年才找出来一个，有什么意义吗？——做实验的话，PCR合成一下，做个表面涂抹干燥结晶，X光一照，蛋白结构就出来了，比神马从头预测快多了。
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2012-07-09 11:46:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

ChemiAndy

木虫 (正式写手)
没有看懂你想干什么
似乎你已经知道了最低能构象，当然也就能计算出它的势能了；
然后你也知道了另外一种构象，想模拟出它的势能；
然后你说人为修改原子坐标，从最低能构象切换到另外一种，这里不知道你要干什么，或者你有什么问题
赞一下 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

liulovewang
2楼2012-07-09 10:54:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chaizhm

木虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by ChemiAndy at 2012-07-09 10:54:34
没有看懂你想干什么
似乎你已经知道了最低能构象，当然也就能计算出它的势能了；
然后你也知道了另外一种构象，想模拟出它的势能；
然后你说人为修改原子坐标，从最低能构象切换到另外一种，这里不知道你要干什么 ...

我大概知道他想干什么

他首先想求一个蛋白的构象，这个是他不知道的。这个做一下能量最小化就可以，分子模拟应该可以做，只要有合适的分子立场

然后想求改位置以后的能量。但是怎么改很有技巧，如果改不好可能根本收敛不了
赞一下 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

liulovewang
壁立万仞，无欲则刚
3楼2012-07-09 11:25:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liulovewang

新虫 (初入文坛)
送鲜花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by ChemiAndy at 2012-07-09 10:54:34
没有看懂你想干什么
似乎你已经知道了最低能构象，当然也就能计算出它的势能了；
然后你也知道了另外一种构象，想模拟出它的势能；
然后你说人为修改原子坐标，从最低能构象切换到另外一种，这里不知道你要干什么 ...

简单解释吧，某分子马达的旋转轴是α螺旋的多肽链，我想先求解出最低能量的构象作为初始状态，然后求出一系列扭转角度θ（相当于施加外载荷发生了形变，想通过修改原子坐标得到该过程）及其对应的能量E，E对θ二次微分得到扭转刚度。
赞一下 回复此楼
5楼2012-07-09 11:56:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liulovewang

新虫 (初入文坛)
送鲜花一朵
引用回帖:
3楼: Originally posted by chaizhm at 2012-07-09 11:25:32
我大概知道他想干什么

他首先想求一个蛋白的构象，这个是他不知道的。这个做一下能量最小化就可以，分子模拟应该可以做，只要有合适的分子立场

然后想求改位置以后的能量。但是怎么改很有技巧，如果改不好可 ...

简单解释吧，某分子马达的旋转轴是α螺旋的多肽链，我想先求解出最低能量的构象作为初始状态，然后求出一系列扭转角度θ（相当于施加外载荷发生了形变，想通过修改原子坐标得到该过程）及其对应的能量E，E对θ二次微分得到扭转刚度。
赞一下 回复此楼
6楼2012-07-09 11:58:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liulovewang

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by ChemiAndy at 2012-07-09 11:46:23
难道想做传说中的蛋白质的全局最优构象的从头预测？
这得看有多少残基了，话说十来个还行，
对于上百残基的蛋白来说基本是不可能的，
不是有人动用全世界空闲电脑做所谓格点计算，算了半年才找出来一个，有什么 ...

结构是已知的α螺旋
赞一下 回复此楼
7楼2012-07-09 11:59:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liulovewang

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by ChemiAndy at 2012-07-09 10:54:34
没有看懂你想干什么
似乎你已经知道了最低能构象，当然也就能计算出它的势能了；
然后你也知道了另外一种构象，想模拟出它的势能；
然后你说人为修改原子坐标，从最低能构象切换到另外一种，这里不知道你要干什么 ...

不知能否固定两段的原子坐标？
赞一下 回复此楼
8楼2012-07-09 12:01:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chaizhm

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
liulovewang: 金币+3, ★有帮助, 多谢 刚接触模拟软件 还没有熟悉 熟悉软件后我再试试 2012-07-09 16:39:06
引用回帖:
6楼: Originally posted by liulovewang at 2012-07-09 11:58:35
简单解释吧，某分子马达的旋转轴是α螺旋的多肽链，我想先求解出最低能量的构象作为初始状态，然后求出一系列扭转角度θ（相当于施加外载荷发生了形变，想通过修改原子坐标得到该过程）及其对应的能量E，E对θ二次 ...

我感觉是可以做的 你可以用分子力场跑一下能量最小化

你说的固定两端原子也是可以实现的
赞一下 回复此楼
壁立万仞，无欲则刚
9楼2012-07-09 15:50:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wally8962

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-07-10 17:28:20
引用回帖:
6楼: Originally posted by liulovewang at 2012-07-09 11:58:35
简单解释吧，某分子马达的旋转轴是α螺旋的多肽链，我想先求解出最低能量的构象作为初始状态，然后求出一系列扭转角度θ（相当于施加外载荷发生了形变，想通过修改原子坐标得到该过程）及其对应的能量E，E对θ二次 ...

讨论一下：
1 这种系统里决定结构运动趋势的是自由能，不是势能。直接用势能是否合适？
2 这根杆扭转时需要克服的阻力是不均匀的，取几个点恐怕太粗糙
赞一下 回复此楼
10楼2012-07-10 11:31:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 liulovewang 的主题更新
131/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[文学芳草园] 梦想 +5 myrtle 2026-08-26 7/350 2026-09-01 15:18 by myrtle
[基金申请] 学科评审组评审是指会评吗？ +4 瞬息宇宙 2026-08-31 4/200 2026-09-01 14:58 by jiaoxg
[基金申请] 面上函评意见出来了，像什么等级？ 20+4 Tsingking1 2026-08-27 15/750 2026-09-01 12:23 by icm639
[论文投稿] 小白求助 投论文要求的highlights应该如何写 5+3 l1963982152 2026-08-29 4/200 2026-09-01 09:04 by 北京莱茵编辑
[基金申请] 麻烦专家们看看评委们的意见（F口面上） +7 gdd2018 2026-08-28 12/600 2026-09-01 08:32 by 尼古拉斯小虫
[基金申请] 投票:  有多少人是今天查系统知道结果的？ +17 爱看书的可乐 2026-08-26 19/950 2026-08-31 21:30 by xiangy672
[基金申请] 哪位高人中了，把查询到的截图贴出来让我看看，让我长长见识 +6 yuleib84 2026-08-26 7/350 2026-08-31 19:46 by 鱼翔浅底1
[基金申请] 能否申诉？ +7 echo8914667 2026-08-30 8/400 2026-08-31 17:00 by yihongxu
[基金申请] 29号明天会评吗 +4 笨笨唐 2026-08-28 4/200 2026-08-31 09:30 by huixian257
[基金申请] 为什么到现在没收到通知？ +5 tannykie 2026-08-29 5/250 2026-08-30 21:05 by purplejack
[考博] 找导师 +6 yuanjiabao 2026-08-29 7/350 2026-08-30 14:40 by 生科新手
[基金申请] 国自然面上复盘~欢迎讨论 (金币+15) +15 晴天加油 2026-08-26 16/800 2026-08-29 18:28 by symmetry
[基金申请] 2026年叶企孙基金 +4 bud_bud 2026-08-27 7/350 2026-08-29 07:23 by foolishmani
[基金申请] 系统查不到 +11 董八千 2026-08-26 11/550 2026-08-28 18:06 by Leogzhya
[基金申请] 怎么查啊 +6 huang1991js 2026-08-26 6/300 2026-08-28 08:42 by winsaint
[基金申请] 我不理解！ +15 Edward_pc 2026-08-26 23/1150 2026-08-26 20:34 by zzuzxg
[基金申请] 出来了 +9 trojank 2026-08-26 9/450 2026-08-26 14:25 by 宝贝虫子
[基金申请] 国合里面能看到了 +7 一怀馨秋 2026-08-26 7/350 2026-08-26 11:23 by zhaosm1982
[基金申请] 系统进不去 +4 yanglien 2026-08-26 5/250 2026-08-26 11:10 by wenfengw83
[基金申请] 牛来！米来！面来！ +8 beefly 2026-08-26 8/400 2026-08-26 08:37 by xuzhipiao
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭