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liulovewang

新虫 (初入文坛)

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[求助] 蛋白质构象模拟

打算做这种模拟：
1、先找出多肽链的最低能量下的构象，以及在该构象下的能量，确定该构象各原子的坐标
2、人为修改原子坐标位置，相当于多肽链在外载荷下发生了形变，达到一种新的构象，再模拟多肽链在该构象下的能量

请问上诉两个步骤用分子模拟软件能实现吗？比如NAMD？如能解答具体的方法，本人不胜感激！新人金币少，出手寒碜，还请见谅。

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1楼 2012-07-07 11:00:17

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liulovewang

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引用回帖:

2楼: Originally posted by ChemiAndy at 2012-07-09 10:54:34
没有看懂你想干什么
似乎你已经知道了最低能构象，当然也就能计算出它的势能了；
然后你也知道了另外一种构象，想模拟出它的势能；
然后你说人为修改原子坐标，从最低能构象切换到另外一种，这里不知道你要干什么 ...

简单解释吧，某分子马达的旋转轴是α螺旋的多肽链，我想先求解出最低能量的构象作为初始状态，然后求出一系列扭转角度θ（相当于施加外载荷发生了形变，想通过修改原子坐标得到该过程）及其对应的能量E，E对θ二次微分得到扭转刚度。