| 查看: 2334 | 回复: 12 | ||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||
liulovewang新虫 (初入文坛)
|
[求助]
蛋白质构象模拟
|
|
|
打算做这种模拟： 1、先找出多肽链的最低能量下的构象，以及在该构象下的能量，确定该构象各原子的坐标 2、人为修改原子坐标位置，相当于多肽链在外载荷下发生了形变，达到一种新的构象，再模拟多肽链在该构象下的能量 请问上诉两个步骤用分子模拟软件能实现吗？比如NAMD？如能解答具体的方法，本人不胜感激！新人金币少，出手寒碜，还请见谅。 |
回复此楼» 猜你喜欢
某些机构，以效率低为荣，以效率低作为存在感
已经有9人回复
-
今天务委会开完了，明天出结果吗
已经有3人回复
-
在坚冰还盖着北海的时候，我看到了怒放的梅花。
已经有6人回复
-
放榜前的不淡定
已经有18人回复
-
什么时候开奖？
已经有13人回复
-
如果此刻你正在为国基感到焦虑，不妨来听听这首《基金之外》
已经有8人回复
-
没有任何消息-是不是就凉了
已经有10人回复
-
人气不行了
已经有11人回复
-
2026国自然函评费到账
已经有22人回复
-
导师吐槽：我怎么摊上了这么个极品研究生！
已经有3人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 请问，蛋白质分子在不同温度下的构象能否模拟出来？
已经有8人回复
- 添加氨基酸残基
已经有7人回复
- 分子模拟时间越长越好吗？
已经有44人回复
- 什么原因可能会引起MD时蛋白构象没有变化？
已经有5人回复
- 【求助】蛋白质大分子的动力学模拟
已经有3人回复
- 【求助】大家好，vmd能看生物分子活性吗
已经有7人回复
- 【专家会诊】bay 讨论namd,gmx处理水溶液,蛋白等MD 模拟;讨论水及水通道
已经有50人回复
liulovewang
新虫 (初入文坛)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 104.2
- 帖子: 45
- 在线: 30.8小时
- 虫号: 1703913
- 注册: 2012-03-20
- 性别: GG
- 专业: 机械动力学
7楼2012-07-09 11:59:03
ChemiAndy
木虫 (正式写手)
- 模拟EPI: 40
- 应助: 52 (初中生)
- 金币: 2573.3
- 散金: 18
- 红花: 104
- 帖子: 590
- 在线: 553.8小时
- 虫号: 836907
- 注册: 2009-08-30
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
|
没有看懂你想干什么 似乎你已经知道了最低能构象，当然也就能计算出它的势能了； 然后你也知道了另外一种构象，想模拟出它的势能； 然后你说人为修改原子坐标，从最低能构象切换到另外一种，这里不知道你要干什么，或者你有什么问题 |
» 本帖已获得的红花（最新10朵）
liulovewang2楼2012-07-09 10:54:34
chaizhm
木虫 (著名写手)
- 模拟EPI: 2
- 应助: 123 (高中生)
- 贵宾: 0.25
- 金币: 4805.4
- 散金: 139
- 红花: 13
- 帖子: 1472
- 在线: 267.8小时
- 虫号: 1253209
- 注册: 2011-04-02
- 性别: GG
- 专业: 半导体材料
|
我大概知道他想干什么 他首先想求一个蛋白的构象，这个是他不知道的。这个做一下能量最小化就可以，分子模拟应该可以做，只要有合适的分子立场 然后想求改位置以后的能量。但是怎么改很有技巧，如果改不好可能根本收敛不了 |
» 本帖已获得的红花（最新10朵）
3楼2012-07-09 11:25:32
ChemiAndy
木虫 (正式写手)
- 模拟EPI: 40
- 应助: 52 (初中生)
- 金币: 2573.3
- 散金: 18
- 红花: 104
- 帖子: 590
- 在线: 553.8小时
- 虫号: 836907
- 注册: 2009-08-30
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
4楼2012-07-09 11:46:23
20