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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 求助一个蛋白结构模拟方面的问题
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嘟嘟哒

金虫 (小有名气)

[求助] 求助一个蛋白结构模拟方面的问题 已有6人参与

实验需要，我设计了一段氨基酸序列，想预测它所表达的蛋白结构，不知道分子模拟软件能否预测，如果可以，有没有什么简单易操作的软件，毕竟在这方面是外行。谢谢，谢谢，非常感谢！！
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1楼 2013-12-28 00:11:07
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lkui486

至尊木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2013-12-31 16:31:39
嘟嘟哒(月只蓝代发): 金币+3, 鼓励交流！ 2014-05-31 20:45:15
同学你好你是想模拟由氨基酸组装为蛋白质的过程？这是有难度的。单纯的计算发的paper就不低。你要从一个一维结构到三级甚至四级结构是一个分子动力学的过程。这个首先得有服务器来算。PC是不可能的。另外你得有正版软件。比如DS。这个计算没有个几百个核是很难跑的。所以你得先做评估。当然本研究室具备这样的计算能力和水平。所以如果能共同通讯合作发paper可以帮你算。你可以先考虑一下。

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2楼2013-12-28 00:37:43
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iovvoi

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 感谢指导。 2013-12-31 16:31:45
嘟嘟哒(月只蓝代发): 金币+3, 鼓励交流！ 2014-05-31 20:45:20
学术软件MODELLER，学术软件只是一段程序代码，你懂得，操作绝对不简易

商业软件DS Modeler ，图形化界面，只需输入序列，马上出来结构。商业软件，你懂得，需要钱的。
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3楼2013-12-28 12:25:50
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3115321

铁虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2013-12-31 16:31:49
嘟嘟哒(月只蓝代发): 金币+2, 鼓励交流！ 2014-05-31 20:45:28
同源建模，swissmodel先搜索,在建模，都自动化的。要是你水平高也可以用些别的更学术的
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4楼2013-12-29 18:11:41
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ningll10

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
月只蓝: 金币+2, 感谢指导。 2014-01-03 17:07:57
嘟嘟哒(月只蓝代发): 金币+2, 鼓励交流！ 2014-05-31 20:45:36
用副本交换的分子动力学模拟，进行充分的 构象搜索，聚类出主流构象，不过不太好做，需要的计算量很大，如果是fast folding的蛋白还好，如果蛋白本身折叠比较慢的话，模拟的时间尺度就是个问题。
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5楼2014-01-03 15:45:20
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ferlich

禁虫 (小有名气)
★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2014-01-03 17:08:04
本帖内容被屏蔽
6楼2014-01-03 16:56:14
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黑藻先生

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
月只蓝: 金币+2, 鼓励交流 2014-01-12 08:30:44
月只蓝: 金币+3, 鼓励交流！ 2014-05-31 20:45:43
先看序列长度 然后先看看二级结构
很小的话用一些模拟小分子的软件
一般的话先BLAST找有没有同源序列
如果有可以当做模板 或者是分段模板
如果只是简单预测不用跑分子动力学
基本上MODELLER就可以 虽然是代码其实也不难 TUTORIAL写的很详细
而且本身包括小的动力学模拟
SWISSMODEL有在线全自动版本的 也很简单 输入序列直接等结果（前提是能同源模建）
其他一些软件可以参考http://en.wikipedia.org/wiki/Pro ... prediction_software
如果是序列很长 拆分一下 LOOP先不用管 看看有么有DOMAIN
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7楼2014-01-11 08:41:08
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